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- PDB-9ljr: Structural insights into the polymerase catalyzed FAD-capping of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ljr
タイトルStructural insights into the polymerase catalyzed FAD-capping of hepatitis C viral RNA
要素
  • RNA (5'-R(P*CP*GP*U)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase
キーワードVIRAL PROTEIN / hepatitis C virus / RNA polymerase / complex / FAD cap
機能・相同性
機能・相同性情報


hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / Dectin-2 family / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / Dectin-2 family / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral nucleocapsid / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / serine-type endopeptidase activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : ...Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / RNA / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus JFH-1 (C型肝炎ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Wang, D.P. / Zhao, R. / Hu, W.S. / Li, H.N. / Cao, J.M. / Zhou, X. / Xiang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32401055, 31925023, 21827810, 31861143027 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into polymerase-catalyzed FAD capping of hepatitis C virus RNA.
著者: Wang, D.P. / Zhao, R. / Hu, W.S. / Li, H.N. / Cao, J.M. / Zhou, X. / Xiang, Y.
履歴
登録2025年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase
T: RNA (5'-R(P*CP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1016
ポリマ－62,8032
非ポリマー1,2994
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area23510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.876, 138.876, 93.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AT

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase / NS5B / p68


分子量: 61891.078 Da / 分子数: 1 / 変異: S15G/E86Q/E87Q/C223H/V321I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis C virus JFH-1 (C型肝炎ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99IB8, RNA-directed RNA polymerase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*GP*U)-3')


分子量: 911.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 122分子

#3: 化合物 ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 403.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O11P2
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.23 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 3350, 100 mM Bis-Tris propane/ hydrochloric acid, pH 8.5, 200 mM Sodium malonate dibasic precipitant.

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データ収集

回折平均測定温度: 289.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→73.67 Å / Num. obs: 26892 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.192 / Net I/σ(I): 11.94
反射 シェル解像度: 2.74→2.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.58 / Num. unique obs: 4339 / CC1/2: 0.848 / Rrim(I) all: 0.925

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.74→69.44 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 23.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2193 3873 -
Rwork0.1721 --
obs-26882 98.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→69.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4341 63 80 118 4602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.986279
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0291716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051706
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009776
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.74-2.770.39191350.29561692X-RAY DIFFRACTION98
2.77-2.810.31781360.28751688X-RAY DIFFRACTION97
2.81-2.850.30151410.26981745X-RAY DIFFRACTION98
2.85-2.880.3471350.26031705X-RAY DIFFRACTION98
2.88-2.930.3261390.24141737X-RAY DIFFRACTION98
2.93-2.970.26571350.24031685X-RAY DIFFRACTION99
2.97-3.020.29681470.22011736X-RAY DIFFRACTION98
3.02-3.060.25681320.21431691X-RAY DIFFRACTION99
3.06-3.120.23461400.21591760X-RAY DIFFRACTION98
3.12-3.170.25171440.20721704X-RAY DIFFRACTION99
3.17-3.230.25281420.20491766X-RAY DIFFRACTION99
3.24-3.30.23861340.19171689X-RAY DIFFRACTION99
3.3-3.370.25591360.18961744X-RAY DIFFRACTION99
3.37-3.450.26871450.18811719X-RAY DIFFRACTION99
3.45-3.540.25281350.18121744X-RAY DIFFRACTION99
3.54-3.630.22151470.16281736X-RAY DIFFRACTION99
3.63-3.740.20051380.16041724X-RAY DIFFRACTION99
3.74-3.860.20041340.14771753X-RAY DIFFRACTION100
3.86-40.18731460.13471708X-RAY DIFFRACTION99
4-4.160.21061360.13651739X-RAY DIFFRACTION99
4.16-4.350.1551380.12851702X-RAY DIFFRACTION99
4.35-4.580.15711370.13711744X-RAY DIFFRACTION99
4.58-4.860.17831360.13191727X-RAY DIFFRACTION99
4.87-5.240.18881330.13921718X-RAY DIFFRACTION98
5.24-5.770.17581450.1611728X-RAY DIFFRACTION99
5.77-6.590.20591400.18061699X-RAY DIFFRACTION98
6.6-8.310.17741380.14811721X-RAY DIFFRACTION98
8.33-69.440.19011320.13941671X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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