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- PDB-9lht: Cryo-EM structure of inhibitor E3 bound human urea transporter A2. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lht
タイトルCryo-EM structure of inhibitor E3 bound human urea transporter A2.
要素Urea transporter 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Urea transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


urea transport / Transport of bile salts and organic acids, metal ions and amine compounds / urea transmembrane transporter activity / urea transmembrane transport / cell adhesion molecule binding / transmembrane transport / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Urea transporter / Urea transporter / Ammonium/urea transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Urea transporter 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Huang, S. / Liu, L. / Sun, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82304601 中国
引用ジャーナル: Acta Pharmacol Sin / 年: 2025
タイトル: Structural characterization of the urea transporter bound to the orally bioavailable inhibitor E3.
著者: Shen-Ming Huang / Bo-Yang Cai / Lei Liu / Le-Jin Yang / Zhi Li / Chao Zhang / Meng-Yao Xiong / Hang Zhang / Yan-Rong Li / Zhi-Zhen Huang / Ying Sun / Bao-Xue Yang / Jin-Peng Sun /
要旨: Orally bioavailable inhibitors targeting the kidney urea transporter (UT) have the potential to serve as salt-sparing diuretics by employing a urea-selective diuretic mechanism of action distinct ...Orally bioavailable inhibitors targeting the kidney urea transporter (UT) have the potential to serve as salt-sparing diuretics by employing a urea-selective diuretic mechanism of action distinct from that of diuretics targeting salt transporters. To elucidate the mechanism by which oral inhibitors interact with UTs, we solved the structure of a newly developed inhibitor, E3, with UT-A2 using cryo-electron microscopy. Through structural analysis and binding free energy calculations, we not only revealed the binding mode of E3 to UT-A2 but also clarified the structural basis by which E3 serves as a common competitive inhibitor of human, mouse and rat UT-A/UT-B. E3 exerts its inhibitory effect by competitively binding to the conserved Q-T-T-Q motif in the urea binding pockets of the transport channel. Moreover, we discovered that the BSBP region of UT can serve as a key region for enhancing the inhibitory potency of E3 with different UTs, which provides valuable structural insights for designing and modifying high-affinity UT inhibitors that act as diuretics.
履歴
登録2025年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urea transporter 2
B: Urea transporter 2
C: Urea transporter 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,5669
ポリマ－130,2593
非ポリマー2,3066
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Urea transporter 2 / Solute carrier family 14 member 2 / Urea transporter / kidney


分子量: 43419.789 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC14A2, HUT2, UT2
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q15849
#2: 化合物
ChemComp-A1EJ7 / 5-ethanoyl-~{N}-[3-(phenylsulfonylamino)phenyl]furan-2-carboxamide


分子量: 384.406 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16N2O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Homotrimer complex of human urea transporter / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: FREON 12

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 956530 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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