PDB-9ldp: Zn-Carbonic Anhydrase II soaked with 3NT under 15 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ldp

タイトル

Zn-Carbonic Anhydrase II soaked with 3NT under 15 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Carbonic Anhydrase / enzyme mechanism / metalloenzymes

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.14 Å

データ登録者

Kim, C.U. / Kim, J.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Temperature series of human Carbonic Anhydrase II with photolysis of caged CO2
著者: Kim, C.U. / Kim, J.K.

履歴

登録	2025年1月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ldp.cif.gz	167.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ldp.ent.gz	99.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ldp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ldp_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ldp_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9ldp_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	9ldp_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/9ldp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/9ldp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7y2aC 7y2cC 7y2eC 7y2fC 7y2gC 7y2hC 7y2iC 7y2jC 7y2kC 7y2lC 7y2mC 7y2nC 7y2oC 7y2qC 7y2rC 7y2sC 7y2tC 7y2uC 7y2vC 7y2wC 7y2xC 8wepC 8werC 8wesC 9l2xC 9l2yC 9l2zC 9l30C 9l31C 9l32C 9l33C 9ldoC 9lr6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.787, 41.202, 71.952
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.082, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素分子量: 44.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月14日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.14→30 Å / Num. obs: 85689 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 34.8
反射シェル	解像度: 1.14→1.16 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 4251 / CC_1/2: 0.903 / CC star: 0.974 / R_pim(I) all: 0.16 / R_rim(I) all: 0.412 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0430	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.14→28.911 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.046 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.175	4178	4.878 %
R_work	0.1524	81468	-
all	0.153	-	-
obs	-	85646	98.759 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.087 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.323 Å²	0 Å²	-0.081 Å²
2-	-	-0.227 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.049 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.14→28.911 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	7	248	2304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.062	1.817	3045
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.73	1.781	4755
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.884	5	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.661	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.853	10	373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.786	10	105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2668
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	499
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.12	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.072	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.273	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.274	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.138	1.154	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.109	1.153	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.418	2.079	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.419	2.08	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.953	1.322	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.931	1.322	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.413	2.317	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.394	2.318	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.937	14.576	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.707	13.694	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.33	3	4268

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.14-1.17	0.22	324	0.204	5936	0.205	6354	0.974	0.979	98.5206	0.174
1.17-1.202	0.195	307	0.179	5849	0.179	6243	0.978	0.981	98.6064	0.149
1.202-1.236	0.185	311	0.161	5589	0.162	6002	0.977	0.983	98.3006	0.135
1.236-1.274	0.183	285	0.151	5490	0.153	5894	0.977	0.984	97.981	0.128
1.274-1.316	0.166	316	0.137	5249	0.138	5674	0.983	0.988	98.079	0.117
1.316-1.362	0.172	263	0.132	5150	0.134	5525	0.981	0.989	97.9729	0.113
1.362-1.413	0.166	219	0.137	4998	0.139	5301	0.981	0.988	98.4154	0.118
1.413-1.471	0.159	251	0.126	4798	0.128	5113	0.984	0.99	98.7483	0.11
1.471-1.536	0.171	242	0.131	4651	0.133	4930	0.98	0.989	99.2495	0.117
1.536-1.611	0.159	231	0.125	4420	0.126	4679	0.985	0.991	99.4016	0.115
1.611-1.698	0.166	201	0.126	4245	0.128	4460	0.983	0.99	99.6861	0.118
1.698-1.8	0.154	213	0.134	4039	0.135	4268	0.985	0.989	99.6251	0.13
1.8-1.924	0.168	207	0.138	3750	0.139	3968	0.984	0.988	99.7228	0.139
1.924-2.078	0.166	170	0.144	3547	0.145	3733	0.982	0.988	99.5714	0.151
2.078-2.275	0.156	170	0.147	3253	0.147	3430	0.986	0.987	99.7959	0.157
2.275-2.541	0.18	143	0.161	2944	0.162	3098	0.978	0.984	99.6449	0.177
2.541-2.931	0.194	107	0.176	2660	0.177	2769	0.98	0.98	99.9278	0.201
2.931-3.58	0.193	88	0.173	2252	0.174	2340	0.973	0.981	100	0.205
3.58-5.025	0.184	74	0.154	1752	0.155	1829	0.983	0.988	99.836	0.19
5.025-28.911	0.184	56	0.208	881	0.206	1084	0.98	0.978	86.4391	0.252

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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