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万見
- PDB-9lc0: tail complex of mature phage N4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lc0
タイトルtail complex of mature phage N4
要素
  • 30 kDa protein
  • 60 kDa protein
  • Gp54
  • Gp64
  • Non-contractile tail sheath
キーワードVIRAL PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell
類似検索 - 分子機能
: / : / Non-contractile tail sheath N-terminal domain / Non-contractile tail sheath protein TIM barrel / : / SU10 adaptor protein / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
Gp64 / Non-contractile tail sheath / 60 kDa protein / 30 kDa protein / Gp54
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage N4 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liu, H. / Chen, W.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)12034006 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32430020 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071209 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200994 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32401014 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271329 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071262 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Asymmetric structure of podophage N4 from the Schitoviridae family reveals a type of tube-sheath short-tail architecture.
著者: Jing Zheng / Hao Pang / Hao Xiao / Junquan Zhou / Zhonghua Liu / Wenyuan Chen / Hongrong Liu /
要旨: The tails of the majority of reported podophages are typically composed of an adaptor, a nozzle, and a needle, and flanked by six or twelve fibers. However, the Schitoviridae family, as represented ...The tails of the majority of reported podophages are typically composed of an adaptor, a nozzle, and a needle, and flanked by six or twelve fibers. However, the Schitoviridae family, as represented by podophage N4, exhibits a different tail architecture that remains poorly understood. In this study, we employed cryoelectron microscopy (cryo-EM) to determine the atomic structures of mature and empty podophage N4 particles. The N4 tail, which is connected to the head by a portal and flanked by 12 fibers, comprises an adaptor, a 12-fold extended tail tube encircled by a 6-fold tail sheath, and a plug. The extended tail sheath is composed of two proteins, gp65 and gp64. Furthermore, we identified two distinct tail conformations in the mature podophage N4. Our structures provide insights into the mechanisms of ejection and early transcription of podophage N4, as well as for N4-like phages and CrAssphages.
履歴
登録2025年1月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 60 kDa protein
B: 60 kDa protein
C: 60 kDa protein
D: 60 kDa protein
E: 60 kDa protein
F: 60 kDa protein
G: 60 kDa protein
L: 60 kDa protein
Q: 60 kDa protein
V: 60 kDa protein
a: 60 kDa protein
f: 60 kDa protein
M: Gp64
R: Gp64
I: Non-contractile tail sheath
N: Non-contractile tail sheath
J: 30 kDa protein
O: 30 kDa protein
S: 30 kDa protein
H: 30 kDa protein
K: Gp54
P: Gp54
T: Gp54
U: Gp54


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,350,56224
ポリマ－1,350,56224
非ポリマー00
水00
1
A: 60 kDa protein
B: 60 kDa protein
C: 60 kDa protein
D: 60 kDa protein
E: 60 kDa protein
F: 60 kDa protein
G: 60 kDa protein
L: 60 kDa protein
Q: 60 kDa protein
V: 60 kDa protein
a: 60 kDa protein
f: 60 kDa protein
M: Gp64
R: Gp64
I: Non-contractile tail sheath
N: Non-contractile tail sheath
J: 30 kDa protein
O: 30 kDa protein
S: 30 kDa protein
H: 30 kDa protein
K: Gp54
P: Gp54
T: Gp54
U: Gp54

A: 60 kDa protein
B: 60 kDa protein
C: 60 kDa protein
D: 60 kDa protein
E: 60 kDa protein
F: 60 kDa protein
G: 60 kDa protein
L: 60 kDa protein
Q: 60 kDa protein
V: 60 kDa protein
a: 60 kDa protein
f: 60 kDa protein
M: Gp64
R: Gp64
I: Non-contractile tail sheath
N: Non-contractile tail sheath
J: 30 kDa protein
O: 30 kDa protein
S: 30 kDa protein
H: 30 kDa protein
K: Gp54
P: Gp54
T: Gp54
U: Gp54

A: 60 kDa protein
B: 60 kDa protein
C: 60 kDa protein
D: 60 kDa protein
E: 60 kDa protein
F: 60 kDa protein
G: 60 kDa protein
L: 60 kDa protein
Q: 60 kDa protein
V: 60 kDa protein
a: 60 kDa protein
f: 60 kDa protein
M: Gp64
R: Gp64
I: Non-contractile tail sheath
N: Non-contractile tail sheath
J: 30 kDa protein
O: 30 kDa protein
S: 30 kDa protein
H: 30 kDa protein
K: Gp54
P: Gp54
T: Gp54
U: Gp54


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,051,68672
ポリマ－4,051,68672
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation2
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C3 (3回回転対称))

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要素

#1: タンパク質
60 kDa protein / gp66


分子量: 58943.914 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage N4 (ファージ) / 参照: UniProt: A0MZE8
#2: タンパク質 Gp64


分子量: 48100.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage N4 (ファージ) / 参照: UniProt: A0MZE6
#3: タンパク質 Non-contractile tail sheath / Gene product 65 / Gp65


分子量: 154255.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage N4 (ファージ) / 参照: UniProt: A0MZE7
#4: タンパク質
30 kDa protein / gp67


分子量: 27192.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage N4 (ファージ) / 参照: UniProt: A0MZE9
#5: タンパク質
Gp54


分子量: 32438.443 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage N4 (ファージ) / 参照: UniProt: Q859Q3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Escherichia phage N4 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia phage N4 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 32 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47179 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.2 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00452951
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.58472054
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.9587059
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0448003
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0069334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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