PDB-9lbv: Pseudomonas aeruginosa Histidinol dehydrogenase with ADPP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lbv

タイトル

Pseudomonas aeruginosa Histidinol dehydrogenase with ADPP

要素

Histidinol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Histidinol dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

histidinol dehydrogenase / histidinol dehydrogenase activity / L-histidine biosynthetic process / NAD binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Choudhury, G.B. / Chatterjee, R. / Datta, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Crystal structure-guided revelation of metal ion-dependent functional ambiguity in Pseudomonas aeruginosa histidinol dehydrogenase.
著者: Basu Choudhury, G. / Chatterjee, R. / Saha, A. / Sarkar, D.J. / Das, B.K. / Datta, S.

履歴

登録	2025年1月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lbv.cif.gz	181.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lbv.ent.gz	141.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lbv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9lbv_validation.pdf.gz	767.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9lbv_full_validation.pdf.gz	776.8 KB	表示
XML形式データ	9lbv_validation.xml.gz	40.3 KB	表示
CIF形式データ	9lbv_validation.cif.gz	55.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/9lbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/9lbv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xsqSC 9ivyC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidinol dehydrogenase

B: Histidinol dehydrogenase

ヘテロ分子

94.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.117, 89.153, 140.875
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Histidinol dehydrogenase / HDH 分子量: 46997.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: hisD, CAZ10_21075, IPC1295_15380, L4V69_30215, PAERUG_P19_London_7_VIM_2_05_10_06424 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZEH5, histidinol dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 12% PEG 8000, 100 mM Na-Acetate pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→29.65 Å / Num. obs: 159588 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 1.6
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / Num. unique obs: 6125 / CC_1/2: 0.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8XSQ

8xsq

解像度: 1.85→29.08 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2663	3819	2.49 %
R_work	0.2266	-	-
obs	0.2276	153560	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6468	0	27	384	6879

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6608
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.89	8989
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.308	942
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1035
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1188

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.88	0.349	141	0.3747	5503	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.91	0.4137	145	0.3563	5657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.94	0.3804	138	0.3449	5518	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.3649	142	0.3163	5632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.01	0.32	141	0.3008	5561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.04	0.3403	142	0.2903	5636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.08	0.3254	142	0.286	5566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.13	0.3066	140	0.2772	5586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.17	0.3504	147	0.2558	5610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.22	0.3136	143	0.2551	5608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.28	0.3354	145	0.2634	5623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.34	0.3156	141	0.2382	5554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.41	0.3089	142	0.2258	5616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.49	0.2428	143	0.2231	5636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.57	0.2446	145	0.2114	5554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.68	0.2588	138	0.207	5605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.8	0.2543	142	0.2096	5602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.95	0.281	143	0.2057	5595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.13	0.2629	145	0.2037	5563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.37	0.2324	141	0.2004	5634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.71	0.2161	140	0.1765	5605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-4.25	0.2017	142	0.1579	5582	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-5.34	0.1822	147	0.1554	5582	X-RAY DIFFRACTION	100
5.35-29.08	0.2019	144	0.1752	5575	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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