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- PDB-9laf: Crystal structure of Elongin BC-EPOP peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9laf
タイトルCrystal structure of Elongin BC-EPOP peptide
要素
  • Elongin BC and Polycomb repressive complex 2-associated protein
  • Elongin-B
  • Elongin-C
キーワードTRANSCRIPTION / EPOP / Elongin B / Elongin C
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron fate commitment / ESC/E(Z) complex / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery ...neuron fate commitment / ESC/E(Z) complex / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription corepressor binding / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / stem cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / chromosome / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Elongin BC and Polycomb repressive complex 2-associated protein EPOP / Elongin BC and Polycomb repressive complex 2-associated protein / : / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily ...Elongin BC and Polycomb repressive complex 2-associated protein EPOP / Elongin BC and Polycomb repressive complex 2-associated protein / : / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongin BC and Polycomb repressive complex 2-associated protein / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Kim, S. / Lee, B.I.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
Other government2310200
Other government2510731
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2023-NR076355 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2025
タイトル: Structural analysis of EPOP BC-box binding to the elongin BC complex.
著者: Kim, S. / Yeo, H. / Lee, B.I.
履歴
登録2025年1月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Elongin-B
C: Elongin-C
A: Elongin BC and Polycomb repressive complex 2-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5513
ポリマ－25,5513
非ポリマー00
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.151, 156.613, 36.817
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-208-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / プラスミド: pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / プラスミド: pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質・ペプチド Elongin BC and Polycomb repressive complex 2-associated protein / Proline-rich protein 28


分子量: 2959.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPOP, C17orf96, PRR28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A6NHQ4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.39 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% v/v 2-Propanol, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 10% w/v Polyethylene glycol 10,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 19316 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 16.25
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / Num. unique obs: 788 / CC1/2: 0.878

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→47.88 Å / SU ML: 0.1948 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.6697
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 1907 10.01 %
Rwork0.1925 17139 -
obs0.1964 19046 96.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→47.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1540 0 0 104 1644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00731566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80042108
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0523245
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067266
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8645586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.20.25811020.2092914X-RAY DIFFRACTION74.05
2.2-2.260.26631300.19591170X-RAY DIFFRACTION95.24
2.26-2.320.2391370.1861234X-RAY DIFFRACTION98.14
2.32-2.40.2341360.19681223X-RAY DIFFRACTION98.84
2.4-2.480.23791360.19671230X-RAY DIFFRACTION99.13
2.48-2.580.23891370.19321221X-RAY DIFFRACTION98.26
2.58-2.70.24491400.20811257X-RAY DIFFRACTION99.79
2.7-2.840.2231400.19341263X-RAY DIFFRACTION99.79
2.84-3.020.26321380.2111237X-RAY DIFFRACTION99.28
3.02-3.250.24811360.20461231X-RAY DIFFRACTION98.7
3.25-3.580.23811410.19621268X-RAY DIFFRACTION99.58
3.58-4.10.22151430.16921277X-RAY DIFFRACTION98.2
4.1-5.160.18771400.16661268X-RAY DIFFRACTION98.6
5.17-47.880.22911510.21441346X-RAY DIFFRACTION97.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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