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- PDB-9l3b: Crystal structure of AnAChE N267D-Y269W mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l3b
タイトルCrystal structure of AnAChE N267D-Y269W mutant
要素Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase
キーワードHYDROLASE / Acetylcholinesterase / SGNH hydrolase / GDSL family / Ser34-His270-Asp267 catalytic triad
機能・相同性: / GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase superfamily / hydrolase activity, acting on ester bonds / Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase
機能・相同性情報
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Xing, S.Q. / Hu, G.L. / He, L.P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870002 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Heterologous expression of a novel acetylcholinesterase from the fungus Aspergillus niger GZUF36: identification, determination of the catalytic triad, kinetic analysis, ...タイトル: Heterologous expression of a novel acetylcholinesterase from the fungus Aspergillus niger GZUF36: identification, determination of the catalytic triad, kinetic analysis, crystallization, crystal structure of the ligand complex, catalytic mechanism, and analysis of its mechanism for acylated choline specificity
著者: Xing, S.Q. / Hu, G.L. / Xie, W. / Wang, L. / Tian, G.H. / Yuan, Y. / Gao, F.L. / Wang, X. / Li, C.Q. / He, L.P.
履歴
登録2024年12月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4011
ポリマ－32,4011
非ポリマー00
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.123, 79.123, 92.084
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-355-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase / acetylcholinesterase (AnAChE)


分子量: 32400.859 Da / 分子数: 1 / 変異: N267D,Y269W / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank: ULM60884.1 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 株: GZUF36 / 遺伝子: CAN33_0018055 / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A254UBZ6, acetylcholinesterase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris(hydroxymethyl)aminomethane-HCl, pH 8.5
PH範囲: 8-9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→54.97 Å / Num. obs: 33489 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.76→1.8 Å / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 1886 / CC1/2: 0.955 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSJan 10, 2022データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT4.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 9L1R

9l1r


解像度: 1.76→54.97 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1641 1696 5.07 %
Rwork0.137 --
obs0.1383 33450 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→54.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2109 0 0 325 2434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112216
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0543038
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.62305
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009399
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.810.19641500.15722568X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.870.18541290.13772649X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.940.18591340.14842612X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.020.20551630.13722597X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.110.1751490.132580X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.220.15541310.12362638X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.360.16871280.14042658X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.540.161250.13272666X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.80.17281580.1442623X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.20.15231510.13422652X-RAY DIFFRACTION100
3.2-4.030.13981440.12422698X-RAY DIFFRACTION100
4.03-54.970.16541340.14822813X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5677-0.25-0.26671.38781.12212.10040.0126-0.00470.09920.02-0.01040.065-0.1067-0.12770.02680.12410.00510.01090.11810.00530.125730.310710.84976.1177
20.56880.0662-0.09690.67090.05210.7230.027-0.00940.0383-0.0299-0.01790.0102-0.0525-0.058-0.01080.15180.01140.00040.1481-0.00140.145528.83197.52156.5935
31.3028-1.3063-0.20356.67061.02761.02650.01550.0629-0.0883-0.077-0.08450.34330.03-0.22810.11710.1457-0.014-0.02550.22320.00170.173416.3003-1.24790.1867
43.1263-2.4304-0.68553.32570.69860.9613-0.1234-0.1218-0.1093-0.01880.09980.06710.0413-0.06320.05060.1646-0.00190.02080.1395-0.00370.144432.8494-2.8124-3.0946
54.881-4.28090.37756.6249-0.27421.14450.10630.2071-0.134-0.4017-0.13760.13210.0864-0.11570.02090.1898-0.0302-0.00080.1673-0.01650.125424.5881-6.0911-8.5185
62.9192-1.6982-0.37611.9834-0.01270.49950.02270.1591-0.0181-0.2094-0.0296-0.038-0.0743-0.0884-0.01560.217-0.0085-0.00150.1772-0.01040.137232.25153.0169-10.2949
71.5794-0.1734-0.62160.96550.37931.4863-0.04810.00210.0014-0.07730.0386-0.14420.01390.1210.0060.1715-0.00680.02640.1479-0.00570.171243.2184.1768-4.434
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 42 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 150 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 151 through 172 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 173 through 195 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 196 through 224 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 225 through 243 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 244 through 293 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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