PDB-9l37: Crystal structure of AnAChE N267D-A101F mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9l37

タイトル

Crystal structure of AnAChE N267D-A101F mutant

要素

Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase

キーワード

HYDROLASE / Acetylcholinesterase / SGNH hydrolase / GDSL family / Ser34-His270-Asp267 catalytic triad

機能・相同性

: / GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase superfamily / hydrolase activity, acting on ester bonds / Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase

機能・相同性情報

生物種

Aspergillus niger (黒麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Xing, S.Q. / Hu, G.L. / He, L.P.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Heterologous expression of a novel acetylcholinesterase from the fungus Aspergillus niger GZUF36: identification, determination of the catalytic triad, kinetic analysis, ...
著者: Xing, S.Q. / Hu, G.L. / Xie, W. / Wang, L. / Tian, G.H. / Yuan, Y. / Gao, F.L. / Wang, X. / Li, C.Q. / He, L.P.

履歴

登録	2024年12月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9l37.cif.gz	129.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9l37.ent.gz	98.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9l37.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9l37_validation.pdf.gz	403.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9l37_full_validation.pdf.gz	403.3 KB	表示
XML形式データ	9l37_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	9l37_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/9l37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/9l37	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9l1rSC 9l1tC 9l27C 9l2aC 9l2bC 9l2cC 9l2hC 9l2jC 9l2mC 9l2pC 9l34C 9l39C 9l3aC 9l3bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase

32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.234, 79.234, 92.052
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase / acetylcholinesterase (AnAChE) 分子量: 32453.918 Da / 分子数: 1 / 変異: N267D,A101F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank: ULM60884.1 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 株: GZUF36 / 遺伝子: CAN33_0018055 / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A254UBZ6, acetylcholinesterase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris(hydroxymethyl)aminomethane-HCl, pH 8.5 PH範囲: 8-9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→68.62 Å / Num. obs: 60907 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.8 % / B_iso Wilson estimate: 14.56 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	解像度: 1.44→1.46 Å / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3018 / CC_1/2: 0.714 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS	Jan 10, 2022	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	4.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 9L1R

9l1r

解像度: 1.44→68.62 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 15.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1719	3064	5.04 %
R_work	0.1518	-	-
obs	0.1528	60818	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→68.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2113	0	0	477	2590

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2212
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.196	3031
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.637	306
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.101	322
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	397

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.44-1.46	0.2842	146	0.2571	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.46-1.49	0.2507	137	0.2216	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.51	0.2122	133	0.1991	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.54	0.1897	143	0.1895	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.57	0.2166	153	0.1722	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.6	0.1688	124	0.16	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.64	0.1806	126	0.1595	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.67	0.2016	144	0.1544	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.72	0.1735	150	0.1613	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.76	0.1923	135	0.1611	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.81	0.1987	125	0.1664	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.87	0.2479	149	0.1818	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.94	0.171	118	0.1565	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.02	0.1721	168	0.1351	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.11	0.1535	156	0.1417	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.22	0.1721	141	0.1365	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.36	0.1521	130	0.1461	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.54	0.1554	134	0.1453	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.8	0.1689	158	0.1547	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.2	0.1585	118	0.1492	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-4.03	0.1673	149	0.1302	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-68.62	0.1383	127	0.1471	2814	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3645	-1.0457	-0.1302	2.0153	1.1492	1.6814	0.0154	-0.0225	0.1125	-0.0387	-0.0246	-0.0188	-0.0386	0.0775	0.0316	0.0842	-0.0091	0.0176	0.1134	-0.0014	0.103	30.4386	10.8847	5.9922
2	0.5347	0.2015	-0.1067	0.388	0.0769	0.5953	0.0298	-0.0303	0.0237	-0.0036	0.0063	-0.038	-0.041	0.0915	-0.0296	0.1016	0.0074	0.0042	0.1405	-0.006	0.1123	33.6757	9.4091	7.1192
3	0.9946	-0.5455	-0.0128	3.0376	-0.6095	1.3452	-0.0062	-0.1135	0.0473	0.0809	-0.0178	0.0654	-0.1051	0.0282	0.0023	0.088	0.0058	-0.0051	0.1196	-0.0065	0.097	20.1371	10.6686	11.7353
4	0.7746	-0.2488	-0.2104	1.0393	0.0363	0.8321	-0.0222	-0.0037	-0.0619	-0.0819	0.0116	0.0445	0.1123	-0.0241	0.0089	0.111	0.0029	-0.0071	0.0942	0.0022	0.0826	24.997	-1.1209	-0.4582
5	3.8224	-3.3098	0.339	4.7912	-0.4729	0.8292	0.0765	0.1221	-0.1667	-0.3143	-0.0936	0.0772	0.1072	-0.0417	0.0249	0.1708	-0.0117	0.0035	0.1112	-0.0172	0.1014	24.9734	-6.2743	-8.2059
6	1.0723	-0.1747	-0.5168	0.7096	0.2742	0.9553	-0.0203	0.0042	0.004	-0.0968	0.0225	-0.1262	0.0198	0.1759	-0.0015	0.1169	0.0022	0.0228	0.1347	-0.0002	0.1019	40.2404	3.7389	-6.2071

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 105 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 106 through 124 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 125 through 195 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 196 through 224 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 225 through 293 )

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