PDB-9l34: Crystal structure of AnAChE H270A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9l34

タイトル

Crystal structure of AnAChE H270A mutant

要素

Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase

キーワード

HYDROLASE / Acetylcholinesterase / SGNH hydrolase / GDSL family / H270A

機能・相同性

: / GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase superfamily / hydrolase activity, acting on ester bonds / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase

機能・相同性情報

生物種

Aspergillus niger (黒麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Xing, S.Q. / Hu, G.L. / He, L.P.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Heterologous expression of a novel acetylcholinesterase from the fungus Aspergillus niger GZUF36: identification, determination of the catalytic triad, kinetic analysis, ...
著者: Xing, S.Q. / Hu, G.L. / Xie, W. / Wang, L. / Tian, G.H. / Yuan, Y. / Gao, F.L. / Wang, X. / Li, C.Q. / He, L.P.

履歴

登録	2024年12月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9l34.cif.gz	132.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9l34.ent.gz	100.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9l34.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9l34_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9l34_full_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示
XML形式データ	9l34_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	9l34_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/9l34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/9l34	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9l1rSC 9l1tC 9l27C 9l2aC 9l2bC 9l2cC 9l2hC 9l2jC 9l2mC 9l2pC 9l37C 9l39C 9l3aC 9l3bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase

ヘテロ分子

32.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.032, 79.032, 91.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-679- HOH

#1: タンパク質	Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase / acetylcholinesterase (AnAChE) 分子量: 32309.770 Da / 分子数: 1 / 変異: H270A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank: ULM60884.1 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 株: GZUF36 / 遺伝子: CAN33_0018055 / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A254UBZ6, acetylcholinesterase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE 分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 10%(v/v) 1,4-dioxane, 0.1 M 2-Morpholinoethanesulphonic acid, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→45.91 Å / Num. obs: 36592 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 18.4 % / R_merge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 1904 / CC_1/2: 0.941 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS	Jan 10, 2022	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	4.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 9L1R

9l1r

解像度: 1.71→38.12 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1645	1894	5.18 %
R_work	0.1436	-	-
obs	0.1447	36538	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→38.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2102	0	23	461	2586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2220
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.919	3043
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.486	319
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	325
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	395

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.71-1.75	0.2306	150	0.1909	2406	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.8	0.2133	100	0.1677	2496	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.85	0.1855	126	0.1622	2437	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.91	0.1967	132	0.152	2424	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.98	0.1906	151	0.1601	2445	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.06	0.1816	132	0.1411	2452	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.15	0.1719	169	0.1415	2421	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.26	0.1637	119	0.137	2477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.4	0.166	151	0.1437	2469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.59	0.177	107	0.1415	2476	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.85	0.1526	139	0.1565	2498	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.26	0.1789	139	0.1485	2502	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-4.11	0.1362	135	0.1261	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-38.12	0.1475	144	0.1374	2625	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9853	0.7479	-1.3794	1.579	0.5145	2.0318	-0.0113	0.0808	0.0439	0.0034	0.0083	0.1386	-0.0843	-0.0641	0.019	0.1488	0.0085	0.0086	0.1402	0.0165	0.1682	5.8982	31.5677	-9.1476
2	1.1761	-0.2906	-0.3599	0.5522	0.0412	0.9772	0.0554	0.0155	0.0791	0.0451	0.0284	0.0725	-0.1219	-0.0877	-0.0734	0.1501	-0.0076	0.0153	0.1246	0.0048	0.1328	8.6068	33.7425	-8.1286
3	9.1878	-1.9919	-0.8641	2.2581	0.4094	2.5668	-0.0434	-0.1619	-0.2052	0.2334	-0.0376	0.1985	0.0779	-0.1989	0.082	0.1851	-0.0303	0.0072	0.1687	-0.0095	0.155	0.7257	22.8936	-3.5968
4	1.7975	-0.3229	-0.1938	1.018	-0.109	1.0707	0.0547	0.0989	-0.123	-0.0436	-0.067	0.0305	0.0862	-0.0463	0.0173	0.1328	-0.0068	-0.0033	0.1287	-0.0149	0.1073	13.2314	20.7882	-15.8667
5	6.5466	0.728	0.4451	1.5052	0.1338	1.3111	-0.0089	0.2869	-0.1722	-0.2054	-0.0611	-0.0251	0.1183	-0.0328	0.0663	0.1992	0.0238	0.0158	0.1583	-0.027	0.1306	17.8575	18.3691	-23.6905
6	2.994	0.8197	-0.0084	1.3433	-0.1918	0.9866	0.0562	0.2815	0.0584	-0.1413	-0.0323	-0.0078	-0.0081	-0.0723	0.0002	0.171	0.0188	0.0075	0.1772	0.0034	0.1142	13.5724	29.3439	-25.63
7	1.7496	0.103	-0.8884	1.4129	-0.4979	1.5789	0.0909	0.0908	0.2095	-0.0682	-0.0455	-0.0899	-0.2211	0.1149	-0.0316	0.175	0.0062	0.0362	0.1259	0.0226	0.1371	18.0373	39.346	-19.8189

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 105 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 106 through 124 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 125 through 195 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 196 through 224 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 225 through 243 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 244 through 293 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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