PDB-9l2p: Crystal structure of AnAChE S34A mutant in complex with propionic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9l2p

タイトル

Crystal structure of AnAChE S34A mutant in complex with propionic acid

要素

Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase

キーワード

HYDROLASE / Acetylcholinesterase / SGNH hydrolase / GDSL family / S34A

機能・相同性

: / GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase superfamily / hydrolase activity, acting on ester bonds / PROPANOIC ACID / Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase

機能・相同性情報

生物種

Aspergillus niger (黒麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Xing, S.Q. / Hu, G.L. / He, L.P.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Heterologous expression of a novel acetylcholinesterase from the fungus Aspergillus niger GZUF36: identification, determination of the catalytic triad, kinetic analysis, ...
著者: Xing, S.Q. / Hu, G.L. / Xie, W. / Wang, L. / Tian, G.H. / Yuan, Y. / Gao, F.L. / Wang, X. / Li, C.Q. / He, L.P.

履歴

登録	2024年12月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9l2p.cif.gz	126.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9l2p.ent.gz	95.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9l2p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9l2p_validation.pdf.gz	692.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9l2p_full_validation.pdf.gz	692.6 KB	表示
XML形式データ	9l2p_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	9l2p_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/9l2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/9l2p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9l1rSC 9l1tC 9l27C 9l2aC 9l2bC 9l2cC 9l2hC 9l2jC 9l2mC 9l34C 9l37C 9l39C 9l3aC 9l3bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase

ヘテロ分子

32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.598, 78.598, 91.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-412- HOH

#1: タンパク質	Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase / acetylcholinesterase (AnAChE) 分子量: 32360.836 Da / 分子数: 1 / 変異: S34A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank: ULM60884.1 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 株: GZUF36 / 遺伝子: CAN33_0018055 / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A254UBZ6, acetylcholinesterase
#2: 化合物	ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID 分子量: 74.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.15 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 10%(v/v) 1,4-dioxane, 0.1 M 2-Morpholinoethanesulphonic acid, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97907 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→39.3 Å / Num. obs: 43344 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.3 % / B_iso Wilson estimate: 14.77 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 28.5
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 16.5 % / R_merge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique obs: 2123 / CC_1/2: 0.971 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS	Jan 10, 2022	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	4.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 9L1R

9l1r

解像度: 1.6→37.94 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1568	2154	4.97 %
R_work	0.1371	-	-
obs	0.1381	43307	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2106	0	5	343	2454

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	2208
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5	3025
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.943	307
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	322
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	397

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.1855	162	0.1509	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.68	0.1451	122	0.127	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.73	0.1426	145	0.1242	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.78	0.1458	157	0.1202	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.84	0.1443	164	0.1233	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.9	0.1751	120	0.1275	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.98	0.1696	151	0.127	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.07	0.1583	140	0.1234	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.18	0.1826	142	0.1285	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.31	0.1572	132	0.1329	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.49	0.1419	139	0.1368	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.74	0.1547	128	0.1458	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-3.14	0.1912	129	0.1404	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.95	0.1525	176	0.1337	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-37.94	0.1381	147	0.1562	2916	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2275	-0.6512	0.3198	1.347	-1.1557	1.9601	0.0232	-0.0017	-0.0894	0.0077	-0.0438	-0.0147	0.0418	-0.0478	0.0322	0.0912	-0.0069	-0.0124	0.1035	0.0037	0.1128	-30.1055	-10.87	6.0664
2	0.4045	0.1463	0.1764	0.593	0.1305	0.4996	0.0568	-0.0262	-0.0621	0.0207	-0.0243	0.0073	0.0437	-0.0715	-0.0102	0.111	0.006	-0.0064	0.1336	0.0098	0.1197	-33.3715	-9.4824	7.1295
3	0.677	-0.1813	0.1576	2.3712	0.2702	0.9733	0.0334	-0.1078	-0.0872	0.0293	-0.0461	-0.0853	0.0985	0.0565	-0.0376	0.1083	0.0017	0.0007	0.1417	0.0147	0.1185	-20.1166	-10.6273	11.6659
4	0.6263	-0.1137	0.1996	1.8343	-0.1784	0.9173	-0.0017	-0.0025	0.0235	-0.1056	-0.0039	-0.0392	-0.0607	0.0192	0.0044	0.0993	0.0069	-0.0022	0.1073	-0.0029	0.0979	-25.2203	-1.2603	1.2088
5	1.191	-0.8336	0.2507	3.842	-0.2275	0.7649	0.0117	0.0422	0.0833	-0.0587	-0.0415	-0.18	-0.1131	0.1247	0.0419	0.1308	-0.0063	0.0231	0.1446	0.0042	0.126	-16.2828	1.2507	0.2437
6	1.8242	-0.9778	0.6497	1.6182	-0.3428	0.7626	-0.0055	0.0175	0.0892	-0.1155	-0.0567	0.0271	-0.099	-0.0341	0.0233	0.1169	0.0119	-0.015	0.1082	0.009	0.0986	-32.5557	2.8344	-3.0676
7	3.7978	-3.5908	-0.3813	5.4086	0.4824	0.7969	0.056	0.1669	0.0572	-0.2776	-0.1036	-0.0362	-0.0714	0.0481	0.0302	0.1851	-0.0138	-0.0053	0.1384	0.0181	0.1128	-24.7412	6.1949	-8.1978
8	2.0048	-0.9747	0.4247	1.3725	-0.0372	0.732	0.0302	0.0629	-0.0307	-0.2004	-0.0312	0.0324	-0.0023	0.0155	0.0197	0.1669	0.0034	-0.0075	0.1319	0.0098	0.1034	-32.0274	-2.9807	-10.2429
9	0.8062	0.1271	0.4896	0.8431	0.1016	1.1233	-0.0498	-0.0414	0.0252	-0.06	0.028	0.1857	-0.1144	-0.2262	0.0545	0.1495	0.0406	-0.0288	0.194	-0.0066	0.1857	-48.0175	1.7119	-2.5478
10	2.5969	-1.1598	0.2751	1.8159	-0.0424	1.1197	0.103	0.1809	-0.099	-0.2433	-0.0703	0.008	0.0754	-0.0316	-0.0275	0.1546	0.0003	-0.0192	0.145	-0.0058	0.1299	-36.2014	-11.4768	-7.066

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 105 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 106 through 124 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 125 through 150 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 151 through 172 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 173 through 195 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 196 through 224 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 225 through 243 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 244 through 272 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 273 through 293 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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