PDB-9l2j: Crystal structure of AnAChE S34A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9l2j

タイトル

Crystal structure of AnAChE S34A mutant

要素

Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase

キーワード

HYDROLASE / Acetylcholinesterase / SGNH hydrolase / GDSL family / S34A

機能・相同性

: / GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase superfamily / hydrolase activity, acting on ester bonds / Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase

機能・相同性情報

生物種

Aspergillus niger (黒麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Xing, S.Q. / Hu, G.L. / He, L.P.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Heterologous expression of a novel acetylcholinesterase from the fungus Aspergillus niger GZUF36: identification, determination of the catalytic triad, kinetic analysis, ...
著者: Xing, S.Q. / Hu, G.L. / Xie, W. / Wang, L. / Tian, G.H. / Yuan, Y. / Gao, F.L. / Wang, X. / Li, C.Q. / He, L.P.

履歴

登録	2024年12月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9l2j.cif.gz	129.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9l2j.ent.gz	98.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9l2j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9l2j_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9l2j_full_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示
XML形式データ	9l2j_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	9l2j_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/9l2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/9l2j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9l1rC 9l1tC 9l27C 9l2aC 9l2bC 9l2cC 9l2hC 9l2mC 9l2pC 9l34C 9l37C 9l39C 9l3aC 9l3bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase

ヘテロ分子

32.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.910, 77.910, 90.107
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-541- HOH
2	1	A-651- HOH
3	1	A-755- HOH
4	1	A-793- HOH

#1: タンパク質	Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase / AnAChE 分子量: 32360.836 Da / 分子数: 1 / 変異: S34A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NCBI accession number ULM60884.1 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 株: GZUF36 / 遺伝子: CAN33_0018055 / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A254UBZ6, acetylcholinesterase
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 10%(v/v) 1,4-dioxane, 0.1 M 2-Morpholinoethanesulphonic acid, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97861 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97861 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→29.47 Å / Num. obs: 50685 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.9 % / B_iso Wilson estimate: 14.64 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.043 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 47.8
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 16.6 % / R_merge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique obs: 2490 / CC_1/2: 0.969 / Χ²: 0.91 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS	Jan 10, 2022	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	4.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→29.47 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 16.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1679	2638	5.23 %	RANDOM
R_work	0.1463	-	-	-
obs	0.1475	50442	99.57 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2106	0	36	429	2571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2260
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.175	3098
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.205	339
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	330
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	401

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.254	162	0.1922	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.54	0.19	210	0.1568	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.56	0.2032	164	0.1525	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.58	0.1737	168	0.1426	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6	0.1758	176	0.1455	3085	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.62	0.19	144	0.1322	3123	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.64	0.1849	186	0.1462	3024	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.67	0.1923	176	0.1363	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.69	0.1775	148	0.1337	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.1374	134	0.1456	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.1345	164	0.141	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.78	0.167	170	0.1381	3048	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.82	0.1467	156	0.1539	3114	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.85	0.2179	180	0.1541	3087	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.1892	173	0.1576	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.94	0.3248	161	0.2308	2845	X-RAY DIFFRACTION	93
1.94-1.99	0.1459	106	0.1437	3119	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.04	0.176	126	0.1378	3097	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.1	0.2024	194	0.1453	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.17	0.1639	178	0.1406	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.25	0.1975	222	0.1631	2948	X-RAY DIFFRACTION	98
2.25-2.34	0.1519	182	0.1569	2958	X-RAY DIFFRACTION	98
2.34-2.44	0.1546	148	0.1367	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.57	0.1758	161	0.145	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.73	0.1712	186	0.1569	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.94	0.1637	164	0.152	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.24	0.1912	172	0.1428	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.71	0.1375	184	0.1255	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-4.67	0.1172	208	0.1229	3012	X-RAY DIFFRACTION	100
4.67-29.47	0.1683	160	0.157	3084	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1522	-0.7786	-0.0577	0.8223	0.9208	1.71	-0.0051	0.0083	0.0997	-0.0063	-0.026	-0.0433	-0.0511	-0.0078	0.034	0.1058	-0.0179	0.0074	0.0777	0.0076	0.0993	28.9164	10.6221	5.6229
2	0.5174	0.103	-0.0636	0.6105	0.0111	0.4797	0.0085	-0.018	0.0735	-0.0031	0.0045	-0.0333	-0.072	0.0225	-0.0149	0.1329	-0.0095	0.0006	0.1092	0.0008	0.1232	32.1662	9.27	6.7132
3	1.1877	-1.4956	-0.1901	5.2068	-0.0152	1.395	-0.0557	-0.1152	0.0091	0.1759	0.0293	0.171	-0.046	-0.0427	0.0211	0.0871	0.0021	-0.0116	0.1223	0.0013	0.0923	18.7302	10.5023	11.2776
4	0.8965	-0.5374	-0.0447	1.0951	0.11	0.3446	0.0018	0.0297	-0.0655	-0.0889	0.0021	0.0375	0.0304	-0.0791	-0.0014	0.1371	-0.0206	-0.0096	0.1251	0.0067	0.1121	23.5337	-1.6457	-0.8406
5	4.3924	-4.2057	0.8184	5.2303	-0.7493	0.8095	0.1179	0.1838	-0.0863	-0.2635	-0.1426	0.0691	0.0665	-0.0502	0.0035	0.1717	-0.038	-0.0078	0.13	-0.0112	0.1097	23.7797	-6.7624	-8.4138
6	1.236	-0.4257	-0.0928	0.7457	0.102	0.6075	-0.0115	0.1125	0.0404	-0.084	0.0041	-0.1449	-0.0288	0.0442	0.0141	0.1545	-0.0291	0.0169	0.1143	0.0031	0.1362	38.778	3.5483	-6.3386

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 105 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 106 through 124 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 125 through 195 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 196 through 224 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 225 through 293 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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