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- PDB-9l2a: Crystal structure of AnAChE N267D mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l2a
タイトルCrystal structure of AnAChE N267D mutant
要素Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase
キーワードHYDROLASE / Acetylcholinesterase / SGNH hydrolase / GDSL family / Ser34-His270-Asp267 catalytic triad
機能・相同性: / GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase superfamily / hydrolase activity, acting on ester bonds / Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase
機能・相同性情報
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Xing, S.Q. / Hu, G.L. / He, L.P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870002 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Heterologous expression of a novel acetylcholinesterase from the fungus Aspergillus niger GZUF36: identification, determination of the catalytic triad, kinetic analysis, ...タイトル: Heterologous expression of a novel acetylcholinesterase from the fungus Aspergillus niger GZUF36: identification, determination of the catalytic triad, kinetic analysis, crystallization, crystal structure of the ligand complex, catalytic mechanism, and analysis of its mechanism for acylated choline specificity
著者: Xing, S.Q. / Hu, G.L. / Xie, W. / Wang, L. / Tian, G.H. / Yuan, Y. / Gao, F.L. / Wang, X. / Li, C.Q. / He, L.P.
履歴
登録2024年12月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3781
ポリマ－32,3781
非ポリマー00
水7,386410
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.095, 79.095, 92.016
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Cellulose-binding GDSL lipase/acylhydrolase / AnAChE


分子量: 32377.820 Da / 分子数: 1 / 変異: N267D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NCBI accession number ULM60884.1 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 株: GZUF36 / 遺伝子: CAN33_0018055 / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A254UBZ6, acetylcholinesterase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris(hydroxymethyl)aminomethane-HCl, pH 8.5
PH範囲: 8-9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→38.19 Å / Num. obs: 53159 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / Biso Wilson estimate: 15.58 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.51→1.53 Å / 冗長度: 16.9 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / Num. unique obs: 2583 / CC1/2: 0.979 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSJan 10, 2022データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT4.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.51→34.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 0.866 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16523 2699 5.1 %RANDOM
Rwork0.14295 ---
obs0.14409 50415 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.846 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.02 Å20 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.51→34.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2107 0 0 410 2517
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0122238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161988
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9551.8073075
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6791.7374609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1965292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.6356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.19410339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02516
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3731.4121106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3691.4121106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0092.5351388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0082.5351389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.571.6071132
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5681.6071133
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8192.851677
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.31316.722794
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.84915.052672
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.545 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 223 -
Rwork0.187 3632 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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