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- PDB-9kzl: Crystal structure of the functional unit (HtH1-h) of hemocyanin f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kzl
タイトルCrystal structure of the functional unit (HtH1-h) of hemocyanin from Haliotis discus hannai,Containing a met site
要素(Hemocyanin type ...) x 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Orbicular / copper coordination / Met state
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haemocyanin beta-sandwich domain / Haemocyanin C-terminal domain superfamily / Haemocyanin beta-sandwich / Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / ETHANOL / alpha-D-mannopyranose / OXYGEN ATOM / HYDROXIDE ION / Hemocyanin type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Haliotis discus hannai (エゾアワビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhao, G.H. / Yang, H.C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2021YDF2100105 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the functional unit (HtH1-h) of hemocyanin from Haliotis discus hannai,Containing a met state
著者: Zhao, G.H. / Yang, H.C.
履歴
登録2024年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemocyanin type 1
B: Hemocyanin type 1
C: Hemocyanin type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,05719
ポリマ－169,9313
非ポリマー1,12616
水19,8711103
1
A: Hemocyanin type 1
ヘテロ分子

A: Hemocyanin type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,04712
ポリマ－113,3062
非ポリマー74110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area4330 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area36970 Å2
手法PISA
2
B: Hemocyanin type 1
C: Hemocyanin type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,03413
ポリマ－113,2782
非ポリマー75611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area37010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.573, 117.675, 97.588
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.635, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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Hemocyanin type ... , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Hemocyanin type 1 / Hemocyanin functional unit (HtH1-h)


分子量: 56653.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haliotis discus hannai (エゾアワビ) / 参照: UniProt: A0A7R6RYX0
#2: タンパク質 Hemocyanin type 1 / Hemocyanin functional unit (HtH1-h)


分子量: 56639.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haliotis discus hannai (エゾアワビ) / 参照: UniProt: A0A7R6RYX0

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糖 , 1種, 3分子

#3: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 1116分子

#4: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: PEG 1000,Ethanol,Phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月17日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.999→28.6 Å / Num. obs: 126200 / % possible obs: 98.86 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 26.01 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2→2.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 14.9 / Num. unique obs: 3720 / CC1/2: 0.988 / % possible all: 92.58

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
HKL-30007.21データ削減
HKL-30007.21データスケーリング
PHASER2.7.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QJO

3qjo


解像度: 2→28.6 Å / SU ML: 0.1961 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.2398
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2089 6302 4.99 %
Rwork0.1669 119896 -
obs0.169 126198 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11922 0 55 1103 13080
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007112311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.876416699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05531764
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00772155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.81274454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.26251980.2053720X-RAY DIFFRACTION92.58
2.02-2.050.24592060.19363938X-RAY DIFFRACTION97.64
2.05-2.070.23182260.18933897X-RAY DIFFRACTION97.7
2.07-2.10.25162020.18733996X-RAY DIFFRACTION98.11
2.1-2.120.21862130.18063921X-RAY DIFFRACTION97.99
2.12-2.150.24512110.17973915X-RAY DIFFRACTION98.12
2.15-2.180.25092030.1844011X-RAY DIFFRACTION98.02
2.18-2.220.21022030.18483955X-RAY DIFFRACTION98.34
2.22-2.250.24482010.18243996X-RAY DIFFRACTION98.82
2.25-2.290.22852140.17543943X-RAY DIFFRACTION98.69
2.29-2.330.23721780.18423999X-RAY DIFFRACTION98.72
2.33-2.370.23641980.17873986X-RAY DIFFRACTION98.8
2.37-2.420.22512100.18133994X-RAY DIFFRACTION98.85
2.42-2.460.22412090.18633999X-RAY DIFFRACTION99.22
2.46-2.520.23832310.18574021X-RAY DIFFRACTION99.35
2.52-2.580.23452400.17363948X-RAY DIFFRACTION99.08
2.58-2.640.2282120.17564062X-RAY DIFFRACTION99.42
2.64-2.710.21072130.17743996X-RAY DIFFRACTION99.43
2.71-2.790.22812030.1834020X-RAY DIFFRACTION99.51
2.79-2.880.23311990.17624007X-RAY DIFFRACTION99.64
2.88-2.980.23832620.17473957X-RAY DIFFRACTION99.62
2.99-3.10.21832400.1724047X-RAY DIFFRACTION99.88
3.1-3.250.21141940.17244059X-RAY DIFFRACTION99.88
3.25-3.420.20271900.15994074X-RAY DIFFRACTION99.93
3.42-3.630.18112050.15764046X-RAY DIFFRACTION99.86
3.63-3.910.19982070.15314061X-RAY DIFFRACTION99.93
3.91-4.30.17421890.13964081X-RAY DIFFRACTION99.95
4.3-4.920.17012130.14074068X-RAY DIFFRACTION99.88
4.92-6.190.19222060.16144086X-RAY DIFFRACTION99.98
6.19-28.60.1812260.1614093X-RAY DIFFRACTION98.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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