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- PDB-9kyg: Crystal structure of E.coli ac4C amidohydrolase YqfB in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kyg
タイトルCrystal structure of E.coli ac4C amidohydrolase YqfB in complex with cytidine
要素N(4)-acetylcytidine amidohydrolase
キーワードHYDROLASE / N4-acetylcytidine / RNA modification / amidohydrolase / cytidine / complex
機能・相同性4-AMINO-1-BETA-D-RIBOFURANOSYL-2(1H)-PYRIMIDINONE / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Guo, W.T. / Meng, C.Y. / Wen, Y. / Wu, B.X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural analysis of ASCH domain-containing proteins and their implications for nucleotide processing.
著者: Meng, C. / Shi, X. / Guo, W. / Jian, X. / Zhao, J. / Wen, Y. / Wang, R. / Li, Y. / Xu, S. / Chen, H. / Zhang, J. / Chen, M. / Chen, H. / Wu, B.
履歴
登録2024年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N(4)-acetylcytidine amidohydrolase
B: N(4)-acetylcytidine amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3155
ポリマ－23,8052
非ポリマー5113
水6,035335
1
A: N(4)-acetylcytidine amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1703
ポリマ－11,9021
非ポリマー2682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area500 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area5640 Å2
手法PISA
2
B: N(4)-acetylcytidine amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1462
ポリマ－11,9021
非ポリマー2431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area520 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area5460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.439, 30.493, 61.321
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.170, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-447-

HOH

21B-301-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 27 or (resid 28...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 3 through 78 or resid 80 through 103 or resid 201))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11PROPROLEULEUAA3 - 783 - 78
d_12GLUGLULEULEUAA80 - 10380 - 103
d_13CTNCTNCTNCTNAC201
d_21PROPROLEULEUBB3 - 783 - 78
d_22GLUGLULEULEUBB80 - 10380 - 103
d_23CTNCTNCTNCTNBE201

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.554172849203, 0.0150682873841, 0.832265222103), (0.00526646510352, -0.999879599844, 0.0145962379127), (0.832384957548, -0.00370574300265, -0.554185483315)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.554172849203, 0.0150682873841, 0.832265222103), (0.00526646510352, -0.999879599844, 0.0145962379127), (0.832384957548, -0.00370574300265, -0.554185483315)
ベクター: -12.1853681687, 20.2983861919, -3.31714516675)

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要素

#1: タンパク質 N(4)-acetylcytidine amidohydrolase / ac4C amidohydrolase


分子量: 11902.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
遺伝子: ECBD_0837 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A140N8S3, N4-acetylcytidine amidohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-CTN / 4-AMINO-1-BETA-D-RIBOFURANOSYL-2(1H)-PYRIMIDINONE / CYTIDINE


分子量: 243.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 30% PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→30 Å / Num. obs: 33689 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 16.37 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.47→1.55 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4192 / CC1/2: 0.843 / Rpim(I) all: 0.309 / Rrim(I) all: 0.626 / % possible all: 84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.47→29.35 Å / SU ML: 0.1558 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.3346
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2168 1738 5.16 %
Rwork0.1871 31932 -
obs0.1886 33670 97.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→29.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1643 0 35 335 2013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00631715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92642327
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0904275
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007296
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0356221
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.741298458544 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.47-1.510.2881080.2712152X-RAY DIFFRACTION78.36
1.51-1.560.27781340.24112486X-RAY DIFFRACTION92.97
1.56-1.620.26361610.23212705X-RAY DIFFRACTION99.86
1.62-1.680.29221410.22782708X-RAY DIFFRACTION99.89
1.68-1.760.23631480.22382705X-RAY DIFFRACTION99.83
1.76-1.850.22171370.2072699X-RAY DIFFRACTION99.86
1.85-1.970.21641590.19272710X-RAY DIFFRACTION99.86
1.97-2.120.22651550.19012710X-RAY DIFFRACTION99.93
2.12-2.330.23231540.17572742X-RAY DIFFRACTION99.93
2.33-2.670.18841610.1842710X-RAY DIFFRACTION99.72
2.67-3.360.2191370.17462778X-RAY DIFFRACTION99.76
3.36-29.350.18961430.16822827X-RAY DIFFRACTION98.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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