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万見
- PDB-9kye: PltBd2 homopentameric holotoxin from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kye
タイトルPltBd2 homopentameric holotoxin from E. coli
要素
  • Pertussis toxin-like subunit ArtA
  • Subtilase cytotoxin subunit B
キーワードTOXIN / heteropentamer
機能・相同性Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Enterotoxin / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / extracellular region / Subtilase cytotoxin subunit B / Pertussis toxin-like subunit ArtA
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica subsp. diarizonae (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Chen, Z. / Wang, D.D. / Gao, X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Functional Synergy of Heteropentameric B Subunits Underlies Virulence in a Salmonella A2B5 Toxin
著者: Wang, D. / Chen, Z. / Xu, C. / Jiao, X. / Yue, M. / Gao, X.
履歴
登録2024年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Pertussis toxin-like subunit ArtA
C: Subtilase cytotoxin subunit B
D: Subtilase cytotoxin subunit B
E: Subtilase cytotoxin subunit B
F: Subtilase cytotoxin subunit B
G: Subtilase cytotoxin subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9006
ポリマ－91,9006
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Pertussis toxin-like subunit ArtA / Pertussis-like toxin subunit ArtA


分子量: 27297.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. diarizonae (サルモネラ菌)
遺伝子: artA, ABB53_009925, B4V94_22795, CNQ75_07295, DLB95_17850, G2916_21300, G2974_22565, G2997_22660, G3A00_19430, GB016_19575, GB034_20690, GB088_22285, GB236_21915, GB246_19590, GB337_19740, ...遺伝子: artA, ABB53_009925, B4V94_22795, CNQ75_07295, DLB95_17850, G2916_21300, G2974_22565, G2997_22660, G3A00_19430, GB016_19575, GB034_20690, GB088_22285, GB236_21915, GB246_19590, GB337_19740, GB348_18480, GB480_00965, GBS30_22125, GBV97_20145, GBW00_19900, GBX19_22040, GBX62_11515, GBY11_22700, GBY15_15100, GBY49_11210, GBZ04_18540, GBZ10_19960, GBZ12_10540, GBZ37_18520, GBZ41_22405
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2I5HFM6
#2: タンパク質
Subtilase cytotoxin subunit B / Subtilase family AB5 toxin binding subunit


分子量: 12920.474 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. diarizonae (サルモネラ菌)
遺伝子: AH359_15415, B4V94_22805, CNQ75_07285, CTQ69_05310, FNI27_02145, G0D47_10645, G2974_22970, GBZ04_18550, JMJ85_10105, PG27_18445
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2I5HFM4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Recombinant Diarizonae toxin (DT) homopentamer - PltA and PltBd2 complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. diarizonae (サルモネラ菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 102088 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.61 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036451
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.578751
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.148863
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.046950
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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