+
データを開く
-
基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 9kyc | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | PltBd1/PltBd2 heteropentameric holotoxin from E. coli | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TOXIN / heteropentamer | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
| 生物種 | Salmonella enterica subsp. diarizonae (サルモネラ菌) | ||||||
| 手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Z. / Wang, D.D. / Gao, X. | ||||||
| 資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2025タイトル: Functional synergy of heteropentameric B subunits underlies virulence in a Salmonella A2B5 toxin. 著者: Dongdong Wang / Zhe Chen / Chunyu Xu / Xuyao Jiao / Min Yue / Xiang Gao / ![]() 要旨: AB5-type toxins are critical virulence factors in bacterial pathogenesis. Despite the identification of various B subunits in AB5 toxins across different pathogens, their assembly mechanisms and ...AB5-type toxins are critical virulence factors in bacterial pathogenesis. Despite the identification of various B subunits in AB5 toxins across different pathogens, their assembly mechanisms and biological significance remain poorly understood. In this study, we identified and characterized a typhoid toxin-like A2B5 toxin, designated diarizonae toxin (DiaT), as a key virulence factor in Salmonella diarizonae. The DiaT genomic islet encodes two distinct B subunits, PltBd1 and PltBd2, which exhibit unique functional roles. Through genetic and functional analyses, we demonstrate that the heteropentameric assembly of PltBd1 and PltBd2 is essential for cytotoxicity, with our data suggesting PltBd1 facilitates toxin secretion and PltBd2 mediates host cell targeting. Cryo-EM structural analysis of endogenously expressed DiaT reveals a heteropentameric holotoxin with a 3:2 stoichiometry of PltBd1 to PltBd2, potentially stabilized by the PltA subunit. These findings uncover a novel assembly mechanism and synergistic functionality between distinct B subunits, advancing our understanding of the evolutionary diversity and functional complexity of AB5 toxins. This work provides new insights into bacterial pathogenesis and highlights potential targets for therapeutic intervention. | ||||||
| 履歴 |
|
-
構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 9kyc.cif.gz | 218.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb9kyc.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
| PDBx/mmJSON形式 | 9kyc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 9kyc_validation.pdf.gz | 399 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 9kyc_full_validation.pdf.gz | 426.1 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 9kyc_validation.xml.gz | 24.2 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 9kyc_validation.cif.gz | 37.5 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/9kyc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/9kyc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
| 登録構造単位 | ![]()
|
|---|---|
| 1 |
|
-
要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 30184.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. diarizonae (サルモネラ菌)遺伝子: B4V94_22780, CTQ69_05285, DLB95_17835, G0D72_21670, GB480_00980, GBX62_11500 発現宿主: ![]() | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| #2: タンパク質 | 分子量: 27297.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. diarizonae (サルモネラ菌)遺伝子: artA, ABB53_009925, B4V94_22795, CNQ75_07295, DLB95_17850, G2916_21300, G2974_22565, G2997_22660, G3A00_19430, GB016_19575, GB034_20690, GB088_22285, GB236_21915, GB246_19590, GB337_19740, ...遺伝子: artA, ABB53_009925, B4V94_22795, CNQ75_07295, DLB95_17850, G2916_21300, G2974_22565, G2997_22660, G3A00_19430, GB016_19575, GB034_20690, GB088_22285, GB236_21915, GB246_19590, GB337_19740, GB348_18480, GB480_00965, GBS30_22125, GBV97_20145, GBW00_19900, GBX19_22040, GBX62_11515, GBY11_22700, GBY15_15100, GBY49_11210, GBZ04_18540, GBZ10_19960, GBZ12_10540, GBZ37_18520, GBZ41_22405 発現宿主: ![]() | ||||
| #3: タンパク質 | 分子量: 16576.629 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. diarizonae (サルモネラ菌)遺伝子: DLB95_17855, G0D47_10640, G2916_21295, G2997_22655, G3A00_19435, GB016_19580, GB034_20695, GB088_22290, GB236_21910, GB246_19595, GB337_19745, GB348_18485, GBS30_22120, GBV97_20140, GBW00_ ...遺伝子: DLB95_17855, G0D47_10640, G2916_21295, G2997_22655, G3A00_19435, GB016_19580, GB034_20695, GB088_22290, GB236_21910, GB246_19595, GB337_19745, GB348_18485, GBS30_22120, GBV97_20140, GBW00_19905, GBX19_22045, GBX62_11520, GBY11_22705, GBY15_15095, GBY49_11215, GBZ10_19965, GBZ12_10545, GBZ37_18525, GBZ41_22400, PG27_18440 発現宿主: ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 12920.474 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. diarizonae (サルモネラ菌)遺伝子: AH359_15415, B4V94_22805, CNQ75_07285, CTQ69_05310, FNI27_02145, G0D47_10645, G2974_22970, GBZ04_18550, JMJ85_10105, PG27_18445 発現宿主: ![]() Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
|---|---|
| EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
| 構成要素 | 名称: Recombinant Diarizonae toxin (DT) heteropentamer - PltA and PltBd1/Bd2 complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. diarizonae (サルモネラ菌) |
| 由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
| 緩衝液 | pH: 7.8 |
| 試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
| 急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
|---|---|
| 顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
| 電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
| 電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
| 撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-
解析
| EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
| 3次元再構成 | 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 144112 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
| 精密化 | 最高解像度: 2.94 Å 立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS) | ||||||||||||||||||||||||
| 拘束条件 |
|
ムービー
コントローラー
万見について




Salmonella enterica subsp. diarizonae (サルモネラ菌)
引用







PDBj




FIELD EMISSION GUN