PDB-9kvm: Neutron and X-ray joint refined structure of a copper-containing ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kvm

タイトル

Neutron and X-ray joint refined structure of a copper-containing nitrite reductase (C135A mutant) in complex with formate

要素

Copper-containing nitrite reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / copper / denitrification

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 / 中性子回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Fukuda, Y. / Lintuluoto, M. / Hirano, Y. / Kusaka, K. / Inoue, T. / Tamada, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structural basis of cuproenzyme nitrite reduction at the level of a single hydrogen atom.
著者: Fukuda, Y. / Lintuluoto, M. / Hirano, Y. / Kusaka, K. / Inoue, T. / Tamada, T.

履歴

登録	2024年12月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kvm.cif.gz	236.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kvm.ent.gz	175.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kvm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kvm_validation.pdf.gz	425.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kvm_full_validation.pdf.gz	425.2 KB	表示
XML形式データ	9kvm_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	9kvm_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/9kvm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/9kvm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9kvlC 9kwsC 9kwtC 9kwuC 9kwvC 4ysoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.172, 116.172, 85.612
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3
Space group name Hall	R3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #7: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-717- HOH
2	1	A-722- HOH
3	1	A-722- HOH
4	1	A-726- HOH
5	1	A-727- HOH

#1: タンパク質	Copper-containing nitrite reductase 分子量: 35490.996 Da / 分子数: 1 / 変異: C135A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (strain NG80-2) (バクテリア) 遺伝子: nirK, GTNG_0650 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4IL26, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID 分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M acetate buffer pH 4.5, 5.5% (w/v) PEG 4000, and 75 mM CuSO4

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	298	1	N
2	298	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
SPALLATION SOURCE	JPARC MLF	BL-03	J-PARC MLF BEAMLINE BL-03	1	2.44-5.28
シンクロトロン	Photon Factory	BL-5A		2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
iBIX	1	DIFFRACTOMETER	2021年5月13日
DECTRIS PILATUS3 S 6M	2	PIXEL	2021年7月1日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	LAUE	L	neutron	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	2.44	1
2	5.28	1
3	1	1

反射

B_iso Wilson estimate: 12.78 Å² / Entry-ID: 9KVM

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	CC_1/2	R_merge(I) obs	R_pim(I) all	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.9-20	33212	97.7	6.8	0.975	0.264	0.108	1	6.5
1.2-43.4	134752	100	5.1	0.996	0.088	0.021	2	9.7

反射シェル

Mean I/σ(I) obs: 1.7

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	Diffraction-ID	% possible all
1.9-2	5.1	0.89	4926	0.527	0.428	1	99.5
1.2-1.22	5	0.9	6689	0.701	0.253	2	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
STARGazer		データ削減
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

SU ML: 0.0888 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 18.9096 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 4YSO

4yso

/ 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)	Refine-ID	B_iso mean (Å²)	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	Diffraction-ID	σ(F)
1.2-39.39	X-RAY DIFFRACTION	30	0.1185	0.1139	0.1141	3999	130743	134742	2.97	99.98	2	1.97
1.9-12.9	NEUTRON DIFFRACTION		0.183	0.146				33208		96.94	1

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→39.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2335	0	7	227	2569

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0217	5482
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1745	9475
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0908	390
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	891
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.5797	1465

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.21	0.2596	92	0.25	4600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.21-1.23	0.2068	91	0.2368	4480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.23-1.24	0.2777	91	0.2184	4558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.24-1.26	0.2245	90	0.2103	4629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.26-1.28	0.2307	93	0.1881	4554	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.28-1.3	0.1973	92	0.1793	4527	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3-1.32	0.1534	92	0.1709	4518	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.34	0.2039	93	0.1638	4604	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.34-1.36	0.1774	91	0.1595	4533	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.36-1.38	0.1556	91	0.1519	4550	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.38-1.41	0.148	90	0.1473	4552	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.43	0.1642	94	0.1397	4556	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.43-1.46	0.1582	89	0.1352	4541	X-RAY DIFFRACTION	100
1.46-1.49	0.1554	92	0.1354	4545	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.49-1.53	0.179	95	0.1321	4554	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.57	0.152	90	0.1301	4575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.61	0.1561	94	0.1169	4566	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.66	0.1153	90	0.1124	4560	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.71	0.1134	90	0.1087	4537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.77	0.1067	91	0.1084	4540	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.77-1.84	0.1183	94	0.1045	4543	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.84-1.93	0.1064	147	0.1024	4489	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.93-2.03	0.1183	279	0.1035	4403	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.16	0.1073	281	0.097	4371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.32	0.1102	279	0.0967	4368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.56	0.1177	274	0.1042	4348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.93	0.123	284	0.1058	4387	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.69	0.1206	279	0.1011	4351	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.69-39.39	0.093	251	0.0872	4404	X-RAY DIFFRACTION	99.94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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