PDB-9kvl: Neutron and X-ray joint refined structure of a copper-containing ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kvl

タイトル

Neutron and X-ray joint refined structure of a copper-containing nitrite reductase (C135A mutant) in complex with nitrite

要素

Copper-containing nitrite reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / copper / denitrification

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 (バクテリア)

手法

X線回折 / 中性子回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Fukuda, Y. / Lintuluoto, M. / Hirano, Y. / Kusaka, K. / Inoue, T. / Tamada, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structural basis of cuproenzyme nitrite reduction at the level of a single hydrogen atom.
著者: Fukuda, Y. / Lintuluoto, M. / Hirano, Y. / Kusaka, K. / Inoue, T. / Tamada, T.

履歴

登録	2024年12月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kvl.cif.gz	260.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kvl.ent.gz	207.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kvl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kvl_validation.pdf.gz	440.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kvl_full_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示
XML形式データ	9kvl_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	9kvl_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/9kvl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/9kvl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9kvmC 9kwsC 9kwtC 9kwuC 9kwvC 4ysoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.060, 115.060, 84.483
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #7: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-903- DOD

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Copper-containing nitrite reductase 分子量: 33071.500 Da / 分子数: 1 / 変異: C135A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 (バクテリア) 遺伝子: nirK, GTNG_0650 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4IL26, nitrite reductase (NO-forming)

-
非ポリマー , 5種, 342分子

#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素分子量: 46.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-DOD / water / 重水分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: D₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M acetate buffer pH 4.5, 5.5% (w/v) PEG 4000, and 75 mM CuSO4

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
SPALLATION SOURCE	JPARC MLF	BL-03	J-PARC MLF BEAMLINE BL-03	1	2.15-4.89
シンクロトロン	Photon Factory	AR-NW12A		2	0.8

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
iBIX	1	DIFFRACTOMETER	2020年1月28日
DECTRIS PILATUS3 S 2M	2	PIXEL	2020年2月18日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	LAUE	L	neutron	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	2.15	1
2	4.89	1
3	0.8	1

反射

B_iso Wilson estimate: 6.43 Å² / Entry-ID: 9KVL

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	CC_1/2	R_merge(I) obs	R_pim(I) all	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.7-20	43445	94.6	7.3	0.973	0.247	0.096	1	8.8
1-42.92	225316	100	5.1	0.996	0.076	0.037	2	13.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.79	5.8	0.565	3	5851	0.778	0.243	1	87.1
1-1.02	5.1	0.33	4.6	11171	0.94	0.162	2	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
STARGazer		データ削減
autoXDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 15.33 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 4YSO

4yso

/ 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)	Refine-ID	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	Diffraction-ID
1.7-13.2	NEUTRON DIFFRACTION	0.1718	0.1556	0.1564	2003	43442	4.61	94.84	1
1.3-28.16	X-RAY DIFFRACTION	0.1316	0.1144			102513		99.92	2

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→13.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2328	0	22	336	2686

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	5837
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.134	9808
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.335	1508
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	401
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	927

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.32	0.1429	120	0.1063	3400	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.33	0.1154	118	0.1003	3405	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.35	0.1175	120	0.0947	3426	X-RAY DIFFRACTION	100
1.35-1.37	0.1373	118	0.0929	3435	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.38	0.1154	123	0.0903	3426	X-RAY DIFFRACTION	100
1.38-1.4	0.1219	119	0.0888	3418	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.43	0.1202	118	0.0907	3390	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.45	0.1024	119	0.0922	3388	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.47	0.1063	122	0.0939	3472	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.5	0.1182	121	0.0947	3387	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.52	0.1097	118	0.0962	3418	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.55	0.1233	121	0.0992	3434	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.58	0.1194	117	0.1019	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.62	0.1329	124	0.1004	3430	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.66	0.1183	119	0.1007	3372	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.7	0.1142	119	0.1038	3435	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.74	0.1252	154	0.1051	3399	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.8	0.1178	152	0.1115	3357	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.85	0.1364	155	0.1127	3412	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.92	0.1247	159	0.1193	3340	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-2	0.1565	164	0.1336	3350	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.09	0.1484	157	0.1279	3384	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.2	0.1271	168	0.1202	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.34	0.1166	164	0.1145	3375	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.52	0.139	157	0.1131	3369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.77	0.1267	165	0.1178	3361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-3.17	0.146	162	0.1236	3391	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.99	0.144	160	0.1372	3375	X-RAY DIFFRACTION	100
3.99-28.16	0.1397	164	0.1323	3357	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.74	0.2267	128	0.1943	2725	NEUTRON DIFFRACTION	86
1.74-1.79	0.2193	129	0.1835	2733	NEUTRON DIFFRACTION	88
1.79-1.84	0.1947	132	0.1747	2778	NEUTRON DIFFRACTION	89
1.84-1.9	0.1833	138	0.1705	2830	NEUTRON DIFFRACTION	90
1.9-1.97	0.1783	139	0.1547	2824	NEUTRON DIFFRACTION	91
1.97-2.05	0.1667	138	0.1518	2885	NEUTRON DIFFRACTION	93
2.05-2.14	0.1713	148	0.148	2979	NEUTRON DIFFRACTION	96
2.14-2.25	0.1569	156	0.1378	3141	NEUTRON DIFFRACTION	99
2.25-2.39	0.1565	148	0.1334	3088	NEUTRON DIFFRACTION	100
2.39-2.58	0.1423	149	0.1369	3139	NEUTRON DIFFRACTION	100
2.58-2.83	0.1759	151	0.1506	3101	NEUTRON DIFFRACTION	100
2.83-3.24	0.181	149	0.1596	3139	NEUTRON DIFFRACTION	100
3.24-4.06	0.1583	148	0.1587	3098	NEUTRON DIFFRACTION	100
4.06-13.2	0.1482	150	0.1472	2979	NEUTRON DIFFRACTION	95

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