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万見
- PDB-9kv0: Cryo-EM structure of human G6PT in complex with chlorogenic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kv0
タイトルCryo-EM structure of human G6PT in complex with chlorogenic acid
要素Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / G6PT / cryo-EM / chlorogenic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphate transmembrane transporter activity / Glycogen storage disease type Ib (SLC37A4) / glucose 6-phosphate:phosphate antiporter activity / glucose-6-phosphate transport / Gluconeogenesis / phosphate ion transmembrane transport / gluconeogenesis / glucose metabolic process / glucose homeostasis / endoplasmic reticulum membrane ...glucose-6-phosphate transmembrane transporter activity / Glycogen storage disease type Ib (SLC37A4) / glucose 6-phosphate:phosphate antiporter activity / glucose-6-phosphate transport / Gluconeogenesis / phosphate ion transmembrane transport / gluconeogenesis / glucose metabolic process / glucose homeostasis / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerate/sugar phosphate transporter, conserved site / : / glpT family of transporters signature. / Sugar phosphate transporter / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Jiang, D.H. / Xia, Z.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971134 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for transport and inhibition of the human glucose-6-phosphate transporter G6PT.
著者: Zhanyi Xia / Yaqi Wang / Di Wu / Cheng Chi / Chen Li / Ligong Chen / Daohua Jiang /
要旨: The human glucose-6-phosphate transporter (G6PT) moves glucose-6-phosphate (G6P) into the lumen of endoplasmic reticulum, playing a vital role in glucose homeostasis. Dysregulation of G6PT causes ...The human glucose-6-phosphate transporter (G6PT) moves glucose-6-phosphate (G6P) into the lumen of endoplasmic reticulum, playing a vital role in glucose homeostasis. Dysregulation of G6PT causes glycogen storage disease 1b. Despite its functional importance, the structure, G6P recognition, and inhibition mechanism of G6PT remain unclear. Here, we report the cryo-EM structures of human G6PT in apo, G6P-bound, and the specific inhibitor chlorogenic acid (CHA)-bound forms, elucidating the structural basis for G6PT transport and inhibition. The G6P pocket comprises subsite A for phosphate and subsite B for glucose. The CHA occupies the G6P site and locks G6PT in a partly-occluded state. Functional assays demonstrate that G6PT activity is enhanced by co-expression of glucose-6-phosphatase (G6PC), but G6PT does not form a complex with G6PC. Together, this study provides a solid foundation for understanding the structure‒function relationships and pathology of G6PT and sheds light on the future development of potential therapeutics targeting G6PT.
履歴
登録2024年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7462
ポリマ－46,3921
非ポリマー3541
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A4 / Glucose-5-phosphate transporter / Glucose-6-phosphate translocase / Solute carrier family 37 member ...Glucose-5-phosphate transporter / Glucose-6-phosphate translocase / Solute carrier family 37 member 4 / Transformation-related gene 19 protein / TRG-19


分子量: 46391.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC37A4, G6PT, G6PT1, PRO0685, TRG19 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43826
#2: 化合物 ChemComp-A1EG7 / (1S,3R,4R,5R)-3-[(E)-3-[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]prop-2-enoyl]oxy-1,4,5-tris(oxidanyl)cyclohexane-1-carboxylic acid / CHLOROGENIC ACID


分子量: 354.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: G6PT-chlorogenic acid / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101915 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.4 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0033251
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5294429
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.204441
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.038502
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004542

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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