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Structure paper

タイトルStructural basis for transport and inhibition of the human glucose-6-phosphate transporter G6PT.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 9420, Year 2025
掲載日2025年10月24日
著者Zhanyi Xia / Yaqi Wang / Di Wu / Cheng Chi / Chen Li / Ligong Chen / Daohua Jiang /
PubMed 要旨The human glucose-6-phosphate transporter (G6PT) moves glucose-6-phosphate (G6P) into the lumen of endoplasmic reticulum, playing a vital role in glucose homeostasis. Dysregulation of G6PT causes ...The human glucose-6-phosphate transporter (G6PT) moves glucose-6-phosphate (G6P) into the lumen of endoplasmic reticulum, playing a vital role in glucose homeostasis. Dysregulation of G6PT causes glycogen storage disease 1b. Despite its functional importance, the structure, G6P recognition, and inhibition mechanism of G6PT remain unclear. Here, we report the cryo-EM structures of human G6PT in apo, G6P-bound, and the specific inhibitor chlorogenic acid (CHA)-bound forms, elucidating the structural basis for G6PT transport and inhibition. The G6P pocket comprises subsite A for phosphate and subsite B for glucose. The CHA occupies the G6P site and locks G6PT in a partly-occluded state. Functional assays demonstrate that G6PT activity is enhanced by co-expression of glucose-6-phosphatase (G6PC), but G6PT does not form a complex with G6PC. Together, this study provides a solid foundation for understanding the structure‒function relationships and pathology of G6PT and sheds light on the future development of potential therapeutics targeting G6PT.
リンクNat Commun / PubMed:41136424 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 3.6 Å
構造データ

62584

9kuy

EMDB-62584, PDB-9kuy:
Cryo-EM structure of human G6PT in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

62585

9kv0

EMDB-62585, PDB-9kv0:
Cryo-EM structure of human G6PT in complex with chlorogenic acid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

62602

9kvv

EMDB-62602, PDB-9kvv:
Cryo-EM structure of human G6PT in complex with G6P
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

PDB-1eg7:
THE CRYSTAL STRUCTURE OF FORMYLTETRAHYDROFOLATE SYNTHETASE FROM MOORELLA THERMOACETICA

ChemComp-BG6:
6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / G6PT / cryo-EM / apo / chlorogenic acid / G6P

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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