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万見
- PDB-9kuv: Mechanistic insights into the versatile stoichiometry and biased ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kuv
タイトルMechanistic insights into the versatile stoichiometry and biased signaling of the apelin receptor-arrestin complex
要素
  • Apelin Receptor
  • Beta-arrestin-scFv30
キーワードSIGNALING PROTEIN / APJR / Beta-arrestin / GPCR
機能・相同性: / CHOLESTEROL
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Yue, Y. / Wu, L.J. / Xu, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanistic insights into the versatile stoichiometry and biased signaling of the apelin receptor-arrestin complex.
著者: Yang Yue / Chanjuan Xu / Lijie Wu / Man Na / Kexin Xu / Xuan Chen / Yuxuan Song / Sichun Weng / Lu Xu / Fei Li / Xi Lin / Arthur Wang / Jianfeng Liu / Fei Xu /
要旨: The apelin receptor (APJR) plays a pivotal role in regulating cardiovascular and metabolic health. Understanding the mechanisms of biased agonism at APJR is crucial for drug discovery, as stimulation ...The apelin receptor (APJR) plays a pivotal role in regulating cardiovascular and metabolic health. Understanding the mechanisms of biased agonism at APJR is crucial for drug discovery, as stimulation of the β-arrestin pathway may lead to some adverse effects. Structural analyses of APJR-Gi complexes have clarified the structural basis of receptor dimerization and activation, yet the absence of structural data on APJR-arrestin complexes has impeded a comprehensive understanding of APJR stoichiometry in the dual signaling pathways and biased agonism. Here, we present APJR-β-arrestin1 structures bound to a clinical drug analog, revealing 2:2 and 2:1 stoichiometries associated with differential β-arrestin recruitment. Through comparison of the two transducer-coupled APJR structures bound to the same ligand, we identify key residues and motifs crucial for directing biased signaling. These findings highlight APJR's versatile stoichiometry in coupling with β-arrestin and Gi proteins, establishing a framework for understanding biased agonism and guiding the development of therapeutics.
履歴
登録2024年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-arrestin-scFv30
R: Apelin Receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,8674
ポリマ－125,9542
非ポリマー9122
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: 抗体 Beta-arrestin-scFv30


分子量: 68345.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: タンパク質 Apelin Receptor


分子量: 57609.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: 化合物 ChemComp-A1L6R / (1~{S},2~{S})-~{N}-[4-(2,6-dimethoxyphenyl)-5-(6-methylpyridin-2-yl)-1,2,4-triazol-3-yl]-1-(5-methylpyrimidin-2-yl)-1-oxidanyl-propane-2-sulfonamide


分子量: 525.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27N7O5S
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: beta_apj / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 292664 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.21 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0067331
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6749988
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.8351021
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421134
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071237

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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