[日本語] English
万見
- PDB-9kue: Crystal structure of the soluble green pigment protein from Tetti... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kue
タイトルCrystal structure of the soluble green pigment protein from Tettigonia cantans
要素(Dibilinoxanthinin ...) x 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / carotenoid binding / bilin binding / carotenoid carrier / vitellogenin / bichromoprotein
機能・相同性: / AZIDE ION / Chem-LUT / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
機能・相同性情報
生物種Tettigonia cantans (昆虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Sluchanko, N.N. / Egorkin, N.A. / Varfolomeeva, L.A. / Popov, V.O. / Boyko, K.M.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the soluble green pigment protein from Tettigonia cantans
著者: Sluchanko, N.N. / Egorkin, N.A. / Varfolomeeva, L.A. / Popov, V.O. / Boyko, K.M.
履歴
登録2024年12月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dibilinoxanthinin (DBXN)
B: Dibilinoxanthinin (DBXN)
C: Dibilinoxanthinin (DBXN)
D: Dibilinoxanthinin (DBXN)
E: Dibilinoxanthinin (DBXN)
F: Dibilinoxanthinin (DBXN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,87120
ポリマ－77,3446
非ポリマー5,52714
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, cross-linking, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25800 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area26780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.570, 87.256, 167.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
Dibilinoxanthinin ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Dibilinoxanthinin (DBXN)


分子量: 12398.976 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tettigonia cantans (昆虫) / 組織: integuments
#2: タンパク質 Dibilinoxanthinin (DBXN)


分子量: 7682.458 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tettigonia cantans (昆虫) / 組織: integuments
#3: タンパク質 Dibilinoxanthinin (DBXN)


分子量: 18590.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tettigonia cantans (昆虫) / 組織: integuments

-
非ポリマー , 5種, 188分子

#4: 化合物 ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#6: 化合物
ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 622.834 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H65NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#7: 化合物 ChemComp-A1L6M / 3-[5-[(~{Z})-(3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-2-[(~{Z})-[4-(hydroxymethyl)-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-5-[(~{Z})-[3-methyl-5-oxidanylidene-4-[(1~{S},4~{E},8~{Z})-5,9,13-trimethyl-1-oxidanyl-tetradeca-4,8,12-trienyl]pyrrol-2-ylidene]methyl]pyrrol-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid


分子量: 823.028 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H62N4O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 30% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17UM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→47.57 Å / Num. obs: 48786 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.307 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.313 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 1216322
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 1.796 / Num. measured all: 49285 / Num. unique obs: 3470 / CC1/2: 0.412 / Rpim(I) all: 0.489 / Rrim(I) all: 1.863 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→31.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 13.61 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26679 2456 5 %RANDOM
Rwork0.22318 ---
obs0.22536 46216 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.229 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.13 Å20 Å2-0 Å2
2---1.28 Å20 Å2
3----0.86 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.99→31.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5259 0 390 174 5823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0125748
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0165392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1071.8267775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0161.75812438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9665676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.732596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.69210883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021270
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3861.4952728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3851.4972729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2382.693396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2382.6913397
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.851.683020
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7161.6693007
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7823.0064374
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.84814.545897
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.82614.45865
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.991→2.042 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 189 -
Rwork0.348 3261 -
obs--99.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4172-0.24660.52171.1189-0.48422.67540.0080.22020.2803-0.3386-0.0812-0.0682-0.13420.22630.07320.13630.00210.02460.2010.01720.167814.3034-52.75488.0033
21.79711.4856-1.23164.2726-1.73962.9150.1666-0.2310.06690.4839-0.0783-0.1409-0.15280.4706-0.08830.05610.0069-0.01510.3051-0.00730.169222.4525-59.478833.2724
31.59980.6348-0.47322.171-0.74071.6718-0.1117-0.0243-0.1187-0.11790.0050.01770.4990.02610.10670.1560.01740.03010.0850.00720.09558.0181-75.916525.0925
40.61880.18190.26421.46320.57953.1666-0.00020.1118-0.039-0.1807-0.06820.1910.028-0.24790.06840.02740.0088-0.01190.19650.00620.1749-3.2331-51.671213.8695
52.4761.72141.54683.83891.69373.24570.0511-0.15460.18340.2796-0.0971-0.0667-0.4623-0.020.0460.1728-0.00090.01330.1325-0.00460.14514.8209-38.326436.0187
61.95640.4378-0.13682.7003-0.57982.6931-0.02670.18170.498-0.0928-0.1516-0.2091-1.10340.42890.17830.5271-0.1382-0.01990.1710.08370.28279.7042-25.789916.9235
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 201
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 203
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 202
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 67
6X-RAY DIFFRACTION6F4 - 202

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る