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- PDB-9kty: Cryo-EM structure of the TIA-1 prion-like domain amyloid fibril, WT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kty
タイトルCryo-EM structure of the TIA-1 prion-like domain amyloid fibril, WT
要素Cytotoxic granule associated RNA binding protein TIA1
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid fibril / Prion-like domain / RNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cytoplasmic stress granule / nuclear stress granule / poly(A) binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / FGFR2 alternative splicing / negative regulation of cytokine production / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / stress granule assembly ...protein localization to cytoplasmic stress granule / nuclear stress granule / poly(A) binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / FGFR2 alternative splicing / negative regulation of cytokine production / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / stress granule assembly / RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / apoptotic process / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TIA-1, RNA recognition motif 1 / TIA-1, RNA recognition motif 2 / TIAR, RNA recognition motif 3 / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxic granule associated RNA binding protein TIA1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Inaoka, D. / Miyata, T. / Makino, F. / Ohtani, Y. / Ekari, M. / Kobayashi, R. / Imamura, K. / Sakamoto, E. / Kodama, S.T. / Yoshida, N. ...Inaoka, D. / Miyata, T. / Makino, F. / Ohtani, Y. / Ekari, M. / Kobayashi, R. / Imamura, K. / Sakamoto, E. / Kodama, S.T. / Yoshida, N. / Kato, T. / Namba, K. / Tochio, H. / Sekiyama, N.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP22H05090 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ama121003 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TIA-1 PLD amyloid fibril formation is suppressed by the ALS-associated mutation
著者: Inaoka, D. / Miyata, T. / Makino, F. / Ohtani, Y. / Ekari, M. / Kobayashi, R. / Imamura, K. / Sakamoto, E. / Kodama, S.T. / Yoshida, N. / Kato, T. / Namba, K. / Tochio, H. / Sekiyama, N.
履歴
登録2024年12月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Cytotoxic granule associated RNA binding protein TIA1
B: Cytotoxic granule associated RNA binding protein TIA1
A: Cytotoxic granule associated RNA binding protein TIA1
E: Cytotoxic granule associated RNA binding protein TIA1
D: Cytotoxic granule associated RNA binding protein TIA1
F: Cytotoxic granule associated RNA binding protein TIA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0716
ポリマ－62,0716
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Cytotoxic granule associated RNA binding protein TIA1 / Nucleolysin TIA-1 isoform p40 / RNA-binding protein TIA-1 / T-cell-restricted intracellular antigen- ...Nucleolysin TIA-1 isoform p40 / RNA-binding protein TIA-1 / T-cell-restricted intracellular antigen-1 / TIA-1 / p40-TIA-1


分子量: 10345.128 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31483
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Amyloid fibril formed by TIA-1 prion-like domain / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 2
緩衝液成分濃度: 0.1 % / 名称: Trifluoroacetic acid / 式: CF3COOH
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影平均露光時間: 5.353 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 4650
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2SerialEM3.9画像取得
4CTFFINDCTF補正
7Coot0.9.8.5モデルフィッティング
9PHENIX1.19.2-4158-000モデル精密化
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 179.37 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.38 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 610417
3次元再構成解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56747 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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