PDB-9ksv: Complex structure of PcApiGT/UDP/Apigenin 7-O-glucoside

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ksv

タイトル

Complex structure of PcApiGT/UDP/Apigenin 7-O-glucoside

要素

PcApiGT

キーワード

PLANT PROTEIN / glycosyltransferase / apiosyltransferase

機能・相同性

: / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Petroselinum crispum (オランダゼリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Wang, H.T. / Wang, Z.L. / Ye, M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Insights into the Mechanisms of Sugar Acceptor Selectivity of Plant Flavonoid Apiosyltransferases.
著者: Wang, H.T. / Wang, Z.L. / Chen, N.H. / Huang, W. / Zou, J.L. / Tian, Y.G. / Ye, G. / Huang, J. / Wu, R. / Ye, M.

履歴

登録	2024年11月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ksv.cif.gz	95.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ksv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ksv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/9ksv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/9ksv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ksmC 9ksoC 9ksrC 9kssC 9kswC 9ksxC 9ksyC 9kszC 9kt0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PcApiGT

ヘテロ分子

49.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.160, 75.160, 162.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	PcApiGT 分子量: 49089.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Petroselinum crispum (オランダゼリ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 糖	ChemComp-A1EGT / Apigetrin / apigenin 7-O-beta-glucoside タイプ: D-saccharide / 分子量: 432.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₀O₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.52 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% w/v polyethylene glycol 3,350, 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→36.62 Å / Num. obs: 19600 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.1 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.48→2.54 Å / Num. unique obs: 1440 / CC_1/2: 0.738

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	Phenix1.20.1-4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.48→32.55 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2676	3612	9.97 %
R_work	0.2047	-	-
obs	0.2109	19557	99.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→32.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3067	0	56	76	3199

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3187
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.017	4327
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.251	458
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	502
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	544

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.48-2.51	0.3467	147	0.3274	1272	X-RAY DIFFRACTION	98
2.51-2.55	0.3973	129	0.3183	1226	X-RAY DIFFRACTION	99
2.55-2.58	0.3157	135	0.2973	1251	X-RAY DIFFRACTION	98
2.58-2.62	0.379	141	0.2987	1239	X-RAY DIFFRACTION	99
2.62-2.66	0.3669	143	0.2873	1241	X-RAY DIFFRACTION	99
2.66-2.71	0.3347	147	0.2643	1267	X-RAY DIFFRACTION	98
2.71-2.75	0.3143	142	0.2724	1217	X-RAY DIFFRACTION	98
2.75-2.8	0.3657	138	0.2781	1258	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8-2.86	0.3308	136	0.2591	1231	X-RAY DIFFRACTION	99
2.86-2.92	0.2746	132	0.2598	1262	X-RAY DIFFRACTION	99
2.92-2.98	0.2931	134	0.2493	1265	X-RAY DIFFRACTION	99
2.98-3.05	0.2969	136	0.2705	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.12	0.3227	142	0.2323	1269	X-RAY DIFFRACTION	99
3.12-3.21	0.3128	139	0.2297	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.3	0.2629	140	0.2011	1246	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.41	0.2932	142	0.2101	1272	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.53	0.2935	140	0.2018	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.67	0.2511	125	0.1829	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-3.84	0.2446	148	0.187	1248	X-RAY DIFFRACTION	100
3.84-4.04	0.2594	137	0.1754	1260	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.29	0.2181	136	0.1614	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
4.29-4.62	0.2357	138	0.1616	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
4.63-5.09	0.227	130	0.162	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
5.09-5.82	0.2327	146	0.2018	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
5.82-7.32	0.256	146	0.211	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
7.32-32.55	0.2152	143	0.1576	1258	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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