PDB-9ksx: Complex structure of CaApiGT/UDP/Quercetin 3-O-xyloside

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ksx

タイトル

Complex structure of CaApiGT/UDP/Quercetin 3-O-xyloside

要素

UDP-glycosyltransferase 79B30-like

キーワード

PLANT PROTEIN / glycosyltransferase / apiosyltransferase

機能・相同性

: / UDP-glucosyltransferase activity / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-glycosyltransferase 79B30-like

機能・相同性情報

生物種

Cicer arietinum (マメ科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Wang, H.T. / Wang, Z.L. / Ye, M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Insights into the Mechanisms of Sugar Acceptor Selectivity of Plant Flavonoid Apiosyltransferases.
著者: Wang, H.T. / Wang, Z.L. / Chen, N.H. / Huang, W. / Zou, J.L. / Tian, Y.G. / Ye, G. / Huang, J. / Wu, R. / Ye, M.

履歴

登録	2024年11月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ksx.cif.gz	118.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ksx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ksx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ksx_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ksx_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9ksx_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	9ksx_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/9ksx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/9ksx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ksmC 9ksoC 9ksrC 9kssC 9ksvC 9kswC 9ksyC 9kszC 9kt0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-glycosyltransferase 79B30-like

ヘテロ分子

52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.775, 117.950, 47.088
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	UDP-glycosyltransferase 79B30-like / UGT79B91 分子量: 51123.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cicer arietinum (マメ科) / 遺伝子: LOC101505166 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1S2XDD2
#2: 糖	ChemComp-A1EGW / Quercetin 3-O-xyloside タイプ: D-saccharide / 分子量: 434.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₈O₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% w/v polyethylene glycol 3350, 0.2 M Calcium acetate hydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月15日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→117.95 Å / Num. obs: 65293 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 9.7 % / Num. unique obs: 4763 / CC_1/2: 0.215

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
DIALS		データスケーリング
DIALS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→47.42 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2233	3299	5.06 %
R_work	0.198	-	-
obs	0.1993	65199	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→47.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3586	0	56	467	4109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3733
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.102	5063
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.452	502
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	564
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	639

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.3092	119	0.2768	2595	X-RAY DIFFRACTION	99
1.57-1.6	0.3091	129	0.2698	2502	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6-1.62	0.2875	131	0.2579	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.65	0.2774	139	0.253	2528	X-RAY DIFFRACTION	99
1.65-1.68	0.278	130	0.2451	2540	X-RAY DIFFRACTION	99
1.68-1.71	0.304	132	0.2391	2521	X-RAY DIFFRACTION	99
1.71-1.74	0.2751	138	0.2405	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.77	0.2367	145	0.2296	2519	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.81	0.2912	137	0.2395	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.86	0.2154	147	0.2102	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.9	0.2339	103	0.217	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.95	0.2476	147	0.219	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.01	0.2537	130	0.2108	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.08	0.2178	113	0.2021	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.15	0.2562	129	0.1979	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.24	0.2156	168	0.1962	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.34	0.2347	120	0.1926	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.46	0.2439	167	0.1973	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.61	0.2161	121	0.2023	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.82	0.2154	132	0.1963	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.1	0.2151	143	0.1851	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.55	0.2081	144	0.1751	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-4.47	0.1601	154	0.1479	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
4.47-47.42	0.1978	181	0.1835	2771	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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