PDB-9ks0: E. coli MaeB PTA domain apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ks0

タイトル

E. coli MaeB PTA domain apo form

要素

(NADP-dependent malic enzyme) x 2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / oxidoreductase / cryo-EM / allostery

機能・相同性

機能・相同性情報

malolactic enzyme activity / malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+) / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / acyltransferase activity / NAD binding / manganese ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Sassa, M. / Yamato, H. / Tanino, H. / Fukuda, Y. / Inoue, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: E. coli MaeB PTA domain apo form
著者: Sassa, M. / Yamato, H. / Tanino, H. / Fukuda, Y. / Inoue, T.

履歴

登録	2024年11月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ks0.cif.gz	389.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ks0.ent.gz	313.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ks0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ks0_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ks0_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9ks0_validation.xml.gz	79 KB	表示
CIF形式データ	9ks0_validation.cif.gz	102.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/9ks0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/9ks0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zn9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: NADP-dependent malic enzyme

F: NADP-dependent malic enzyme

G: NADP-dependent malic enzyme

H: NADP-dependent malic enzyme

I: NADP-dependent malic enzyme

J: NADP-dependent malic enzyme

ヘテロ分子

245 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.066, 130.026, 169.981
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NADP-dependent malic enzyme / NADP-ME 分子量: 40789.793 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: maeB, ypfF, b2463, JW2447 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P76558, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+)
#2: タンパク質	NADP-dependent malic enzyme / NADP-ME 分子量: 40805.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: maeB, ypfF, b2463, JW2447 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P76558, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.05 M ADA, 13% w/v PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→47.88 Å / Num. obs: 59681 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 138.04 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.181 / R_pim(I) all: 0.076 / R_rim(I) all: 0.196 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.8→2.88 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 1.297 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4598 / CC_1/2: 0.788 / R_pim(I) all: 0.531 / R_rim(I) all: 1.403 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZN9

6zn9

解像度: 2.8→47.876 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.387 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2592	2971	4.984 %
R_work	0.2142	56642	-
all	0.216	-	-
obs	-	59613	99.915 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.271 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.007 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.018 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.011 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.876 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15407	0	10	163	15580

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	15672
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.015	15386
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.218	1.641	21223
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.275	1.572	35337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.977	5	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.059	21.463	820
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.771	15	2765
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.25	15	138
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	17772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	3481
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	3131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.228	0.2	14592
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	7596
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.065	0.2	7514
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	392
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.07	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.309	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.4	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.042	6.301	8002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.042	6.301	8001
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.434	9.45	9992
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.433	9.45	9993
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.85	6.599	7670
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.849	6.595	7662
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.23	9.794	11231
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.229	9.788	11219
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.235	74.893	16634
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.235	74.896	16634

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.8-2.873	0.39	213	0.347	4120	0.349	4335	0.659	0.706	99.9539	0.32
2.873-2.951	0.344	223	0.334	3997	0.334	4220	0.699	0.738	100	0.307
2.951-3.036	0.374	215	0.307	3920	0.31	4139	0.753	0.79	99.9034	0.277
3.036-3.129	0.366	187	0.301	3806	0.304	3995	0.747	0.799	99.9499	0.27
3.129-3.231	0.353	190	0.292	3692	0.295	3885	0.8	0.831	99.9228	0.26
3.231-3.344	0.313	199	0.269	3566	0.271	3768	0.842	0.858	99.9204	0.24
3.344-3.47	0.278	197	0.243	3442	0.245	3643	0.88	0.899	99.8902	0.217
3.47-3.611	0.282	172	0.219	3348	0.222	3522	0.89	0.922	99.9432	0.196
3.611-3.77	0.241	166	0.195	3164	0.197	3330	0.921	0.932	100	0.178
3.77-3.953	0.236	158	0.194	3088	0.196	3247	0.926	0.937	99.9692	0.176
3.953-4.165	0.257	155	0.189	2911	0.192	3067	0.915	0.939	99.9674	0.174
4.165-4.416	0.222	138	0.171	2768	0.173	2906	0.94	0.95	100	0.158
4.416-4.718	0.186	151	0.155	2602	0.156	2754	0.955	0.96	99.9637	0.145
4.718-5.092	0.247	130	0.172	2441	0.175	2571	0.931	0.951	100	0.161
5.092-5.572	0.26	102	0.204	2273	0.207	2375	0.932	0.935	100	0.187
5.572-6.219	0.335	91	0.229	2071	0.233	2164	0.865	0.912	99.9076	0.209
6.219-7.161	0.264	85	0.194	1849	0.197	1937	0.924	0.943	99.8451	0.182
7.161-8.721	0.182	89	0.148	1555	0.15	1644	0.96	0.97	100	0.147
8.721-12.134	0.156	68	0.146	1262	0.146	1330	0.976	0.979	100	0.148
12.134-47.876	0.233	42	0.277	767	0.274	814	0.941	0.928	99.3857	0.285

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