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万見
- PDB-9kr2: Structural Basis for the Polymer-Protein Binding Mechanism of Pol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kr2
タイトルStructural Basis for the Polymer-Protein Binding Mechanism of Polyvinyl Alcohol Esterase
要素SGNH/GDSL hydrolase family protein
キーワードHYDROLASE / Polyvinyl alcohol / degradation / complex structure / molecular mechanism
機能・相同性: / ACETATE ION / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Comamonas sp. NyZ500 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Wu, Y.F. / Xu, X.X. / Yin, C.F. / Wang, L.T. / Zhou, N.Y. / Zhou, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Key R&D Program of China2021YFA0909500 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Structural Basis for the Enzyme-Polymer Binding Mechanism of Poly(vinyl alcohol) Esterase
著者: Wu, Y. / Xu, X. / Yin, C.F. / Shen, Z. / Wang, L. / Zhou, N.Y. / Zhou, J.
履歴
登録2024年11月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SGNH/GDSL hydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1826
ポリマ－42,5161
非ポリマー6675
水9,188510
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.739, 164.739, 164.739
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-808-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SGNH/GDSL hydrolase family protein


分子量: 42515.523 Da / 分子数: 1 / 変異: S227A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for strain 'Comamonas sp. NyZ500' is not available in UniProt at the time of biocuration. The reference sequence from NCBI (id: WP_202789293.1).
由来: (組換発現) Comamonas sp. NyZ500 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 515分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-A1EGH / [(3S,5S,7S,9R,11S,13S)-1,3,7,9,11,13,15-heptakis(oxidanyl)pentadecan-5-yl] ethanoate


分子量: 382.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H34O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.8 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, Potassium phosphate dibasic / pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→82.37 Å / Num. obs: 41614 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.197 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.13→2.19 Å / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3351 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.286

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.13→44.03 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 16.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1825 2088 5.03 %
Rwork0.154 39448 -
obs0.1554 41536 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.17 Å2 / Biso mean: 23.8904 Å2 / Biso min: 10.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.13→44.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2896 0 41 510 3447
Biso mean--52.35 34.65 -
残基数----391
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.13-2.180.22591450.179826162761
2.18-2.230.23621450.182425962741
2.23-2.30.25391390.196926022741
2.3-2.360.19171460.156926082754
2.36-2.440.21991360.167425862722
2.44-2.530.23721220.164326582780
2.53-2.630.19491390.165325972736
2.63-2.750.19351330.17126352768
2.75-2.890.21761280.172526332761
2.89-3.070.18381610.162225832744
3.07-3.310.17381290.1626482777
3.31-3.640.20181310.148326562787
3.65-4.170.14841330.123626472780
4.17-5.250.13421470.122626642811
5.26-44.030.14861540.150227192873

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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