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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 9kqz | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Structural Basis for the Polymer-Protein Binding Mechanism of Polyvinyl Alcohol Esterase | ||||||
要素 | SGNH/GDSL hydrolase family protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Polyvinyl alcohol / degradation / complex structure / molecular mechanism | ||||||
| 機能・相同性 | ACETATE ION 機能・相同性情報 | ||||||
| 生物種 | Comamonas sp. NyZ500 (バクテリア) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, Y.F. / Xu, X.X. / Yin, C.F. / Wang, L.T. / Zhou, N.Y. / Zhou, J. | ||||||
| 資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025タイトル: Structural Basis for the Enzyme-Polymer Binding Mechanism of Poly(vinyl alcohol) Esterase 著者: Wu, Y. / Xu, X. / Yin, C.F. / Shen, Z. / Wang, L. / Zhou, N.Y. / Zhou, J. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 9kqz.cif.gz | 106.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb9kqz.ent.gz | 78 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 9kqz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/9kqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/9kqz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 |
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| 単位格子 |
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| Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
| #1: タンパク質 | 分子量: 42515.523 Da / 分子数: 1 / 変異: S227A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Sequence reference for strain 'Comamonas sp. NyZ500' is not available in UniProt at the time of biocuration. The reference sequence from NCBI (id: WP_202789293.1). 由来: (組換発現) Comamonas sp. NyZ500 (バクテリア)発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 613分子 










| #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
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| #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||||
| #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||
| #5: 化合物 | | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
| 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.9 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.5, 2.0 M Ammonium sulfate |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å |
| 検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月28日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 1.92→19.76 Å / Num. obs: 56919 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 38.1 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 19 |
| 反射 シェル | 解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 20.3 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 5540 / Rpim(I) all: 0.165 / % possible all: 97.28 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→19.68 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.64 / 位相誤差: 15.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→19.68 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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ムービー
コントローラー
万見について




Comamonas sp. NyZ500 (バクテリア)
X線回折
中国, 1件
引用



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