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- PDB-9kqq: PSI-LHCI supercomplex binding with 8 Lhcas from C. subellipsoidea -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kqq
タイトルPSI-LHCI supercomplex binding with 8 Lhcas from C. subellipsoidea
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 7
  • (Photosystem I ...) x 10
  • PSI subunit V
  • PSI-K
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / Thylakoid membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / plastid / chlorophyll binding ...thylakoid membrane / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / plastid / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK ...Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ASTAXANTHIN / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / DIACYL GLYCEROL / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE ...ASTAXANTHIN / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / DIACYL GLYCEROL / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Unknown ligand / Chem-XAT / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit XII / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit IV/PsaE / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-K / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III
類似検索 - 構成要素
生物種Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Tsai, P.-C. / Kato, K. / Shen, J.-R. / Akita, F.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22H04916 日本
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2025
タイトル: Structural study of the chlorophyll between Lhca8 and PsaJ in an Antarctica green algal photosystem I-LHCI supercomplex revealed by its atomic structure.
著者: Pi-Cheng Tsai / Koji Kato / Jian-Ren Shen / Fusamichi Akita /
要旨: Coccomyxa subellipsoidea is an oleaginous, non-motile unicellular green microalga isolated from Antarctica, and is an attractive candidate for CO fixation and biomass production. C. subellipsoidea is ...Coccomyxa subellipsoidea is an oleaginous, non-motile unicellular green microalga isolated from Antarctica, and is an attractive candidate for CO fixation and biomass production. C. subellipsoidea is the first polar green alga whose genome has been sequenced. Understanding the structure of photosystems from C. subellipsoidea can provide more information about the conversion of light energy into chemical energy under extreme environments. Photosystems I (PSI) is one of the two photosystems highly conserved from cyanobacteria to vascular plants, and associates with a large amount of outer light-harvesting complex (LHC) which absorb light energy and transfer them to the core complex. Here, we determined the structure of the PSI-10 LHCIs and PSI-8 LHCIs supercomplexes from C. subellipsoidea at 1.92 Å and 2.06 Å resolutions by cryo-electron microscopy, respectively. The supercomplex is similar to PSI-LHCI from other green algae, whereas a large amount of water molecules is observed in our structure because of the high-resolution map. Two novel chlorophylls (Chls), Chl a321 in Lhca4 and Chl a314 in Lhca8, are observed at the lumenal side in our structure, in which Lhca8-Chl a314 provides a potential excitation energy transfer (EET) pathway between the inner-belt of LHCI and the core at the lumenal side. A total of three major EET pathways from LHCIs to PSI core are proposed, and C. subellipsoidea might adapt to the extreme environment by transferring energy in these three different EET pathways instead of by two major pathways proposed in other organisms.
履歴
登録2024年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
E: Photosystem I reaction centre subunit IV/PsaE
F: Photosystem I reaction center subunit III
G: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: PSI-K
M: Photosystem I reaction center subunit XII
a: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
6: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
7: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
8: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
L: PSI subunit V
b: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)756,373338
ポリマ－506,19120
非ポリマー250,181318
水10,269570
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I ... , 10種, 10分子 ABCDEFGIJM

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 83220.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: E9NPS7, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 81886.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: E9NPS8, photosystem I
#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8797.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: E9NPV2, photosystem I
#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic


分子量: 20872.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: I0YVS7
#5: タンパク質 Photosystem I reaction centre subunit IV/PsaE


分子量: 8261.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: I0YQ13
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 25876.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: I0Z7V3
#7: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / PSI-G


分子量: 14552.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: I0YTK4
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 3852.663 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: E9NPX1
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 4731.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: E9NPW6
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3380.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: E9NPZ7

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タンパク質 , 2種, 2分子 KL

#10: タンパク質 PSI-K


分子量: 13330.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: I0YST3
#19: タンパク質 PSI subunit V


分子量: 21881.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: I0Z687

-
Chlorophyll a-b binding protein, ... , 7種, 8分子 ab345678

#12: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 24076.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: I0YQ45
#13: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 26877.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: I0YPL4
#14: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 26938.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: I0Z7A7
#15: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 29447.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: I0Z2Y0
#16: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 29137.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: I0Z7A6
#17: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 27493.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: I0YQ44
#18: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 27499.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) / 参照: UniProt: I0YQ46

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糖 , 2種, 9分子

#23: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
#28: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 15種, 879分子

#20: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#21: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#25: 化合物...
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 254.494 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#26: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#27: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#29: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 化合物 ChemComp-AXT / ASTAXANTHIN / 3,3'-DIHYDROXY-BETA,BETA-CAROTENE-4,4'-DIONE / アスタキサンチン


分子量: 596.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#33: 化合物 ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#34: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#35: 化合物 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル


分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#36: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Green alga photosystem I LHCI supercomplex binding with 8 Lhcas
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#19 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 3.42 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 14766

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1489274
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63984 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 6zzx

6zzx


Accession code: 6zzx / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 2.06 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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