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- EMDB-62511: PSI-LHCI supercomplex binding with 10 Lhcas from C. subellipsoidea -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62511
タイトルPSI-LHCI supercomplex binding with 10 Lhcas from C. subellipsoidea
マップデータ
試料
  • 複合体: Green alga photosystem I LHCI supercomplex binding with 10 Lhcas
    • タンパク質・ペプチド: x 23種
  • リガンド: x 21種
キーワードPhotosystem I / Thylakoid membrane / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / plastid / chlorophyll binding ...thylakoid membrane / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / plastid / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre ...Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit XII / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit IV/PsaE / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic ...Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit XII / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit IV/PsaE / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-K / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Photosystem I PsaO / Photosystem I reaction centre subunit VI / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III
類似検索 - 構成要素
生物種Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Tsai P-C / Kato K / Shen J-R / Akita F
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22H04916 日本
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2025
タイトル: Structural study of the chlorophyll between Lhca8 and PsaJ in an Antarctica green algal photosystem I-LHCI supercomplex revealed by its atomic structure.
著者: Pi-Cheng Tsai / Koji Kato / Jian-Ren Shen / Fusamichi Akita /
要旨: Coccomyxa subellipsoidea is an oleaginous, non-motile unicellular green microalga isolated from Antarctica, and is an attractive candidate for CO fixation and biomass production. C. subellipsoidea is ...Coccomyxa subellipsoidea is an oleaginous, non-motile unicellular green microalga isolated from Antarctica, and is an attractive candidate for CO fixation and biomass production. C. subellipsoidea is the first polar green alga whose genome has been sequenced. Understanding the structure of photosystems from C. subellipsoidea can provide more information about the conversion of light energy into chemical energy under extreme environments. Photosystems I (PSI) is one of the two photosystems highly conserved from cyanobacteria to vascular plants, and associates with a large amount of outer light-harvesting complex (LHC) which absorb light energy and transfer them to the core complex. Here, we determined the structure of the PSI-10 LHCIs and PSI-8 LHCIs supercomplexes from C. subellipsoidea at 1.92 Å and 2.06 Å resolutions by cryo-electron microscopy, respectively. The supercomplex is similar to PSI-LHCI from other green algae, whereas a large amount of water molecules is observed in our structure because of the high-resolution map. Two novel chlorophylls (Chls), Chl a321 in Lhca4 and Chl a314 in Lhca8, are observed at the lumenal side in our structure, in which Lhca8-Chl a314 provides a potential excitation energy transfer (EET) pathway between the inner-belt of LHCI and the core at the lumenal side. A total of three major EET pathways from LHCIs to PSI core are proposed, and C. subellipsoidea might adapt to the extreme environment by transferring energy in these three different EET pathways instead of by two major pathways proposed in other organisms.
履歴
登録2024年11月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月26日-
マップ公開2025年2月26日-
更新2025年2月26日-
現状2025年2月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62511.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62511.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 436.2 Å		0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 436.2 Å		0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 436.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.727 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.085
最小 - 最大-0.6545033 - 1.3929671
平均 (標準偏差)-0.00001687809 (±0.01839201)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 436.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62511_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62511_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62511_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Green alga photosystem I LHCI supercomplex binding with 10 Lhcas

全体名称: Green alga photosystem I LHCI supercomplex binding with 10 Lhcas
要素
  • 複合体: Green alga photosystem I LHCI supercomplex binding with 10 Lhcas
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction centre subunit IV/PsaE
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction centre subunit VI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: PSI-K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: PSI subunit V
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaO
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic/Lhca2
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: [2-((1-OXODODECANOXY-(2-HYDROXY-3-PROPANYL))-PHOSPHONATE-OXY)-ETHYL]-TRIMETHYLAMMONIUM
  • リガンド: (3~{E},5~{E},7~{E})-6-methyl-8-[(6~{R})-2,2,6-trimethylcyclohexyl]octa-3,5,7-trien-2-one
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: ASTAXANTHIN
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: DIACYL GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Green alga photosystem I LHCI supercomplex binding with 10 Lhcas

超分子名称: Green alga photosystem I LHCI supercomplex binding with 10 Lhcas
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#23
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)

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分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 83.220906 KDa
配列文字列: MTISPPEREA KKVKIVVDGN PVETSFERWA KPGHFSRTLS KGPSTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LGIILIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPI HIKPSAQVVW PVVGQEILNG DVGGGFQGVQ ITSGFFQLWR ASGITSELQL Y STAIGGLV ...文字列:
MTISPPEREA KKVKIVVDGN PVETSFERWA KPGHFSRTLS KGPSTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LGIILIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPI HIKPSAQVVW PVVGQEILNG DVGGGFQGVQ ITSGFFQLWR ASGITSELQL Y STAIGGLV LAAAMFFAGW FHYHKAAPKL EWFQNVESML NHHLAGLLGL GSLAWAGHQI HVSLPINKLL DAGVDPKEIP LP HEFILNR DLMAQLYPSF SKGLAPFFTI NWSEYSDFLT FQGGLNPVTG GLWLSDQAHH HLAIAVLFLV AGHQYRTNWG IGH SIKEIL EAHKGPFTGE GHKGLYEILT TSWHAQLAIN LALFGSLSII VAHHMYSMPP YPYLATDYGT QLSIFTHHTW IGGF CIVGA GAHAAIFMVR DYDPTNNYNN LLDRVIRHRD AIVSHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDTMSAL GRPQDMFSDT AIQLQ PVFA QWIQNTHLSA PQFTAPNALA PTSPVWGGDV VAVGGKVAAM PITLGTADFM VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LYARSS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNSL SIAIFHFSWK MQSDVWGTVN STGVSHITGG NFSQSAN TI NGWLRDFLWA QSSQVIQSYG SALSAYGLIF LGAHFIWAFS LMFLFSGRGY WQELIESIVW AHNKLKVAPS IQPRALSI T QGRAVGVAHY LLGGIATTWS FFLARIIAVG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 81.886875 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ GLAKDPTTRR IWYGIATAHD FESHDNITEE SLYQKIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFPQWVQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA QGPVNIATSG VYQWWYTIGL RTNQDLFQGS VFLTILSGLF LFAGWLHLQP R FQPALAWF ...文字列:
MATKFPKFSQ GLAKDPTTRR IWYGIATAHD FESHDNITEE SLYQKIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFPQWVQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA QGPVNIATSG VYQWWYTIGL RTNQDLFQGS VFLTILSGLF LFAGWLHLQP R FQPALAWF KNAESRLNHH LSGLFGVSSL AWTGHLVHVA IPEARGQHVR WDNFLTTLPH PQGLAPFFSG NWAVYAQNPD SS AHLFGTG EGSGTAILTF LGGFHPQTQS LWLTDIAHHH LAIAVVFILA GHMYRTNFGI GHTMQEILDA HTPPGGGLGA GHK GLFDTV NNSLHFQLGL ALASVGTITS LVAQHMYSLP PYAFLAQDFT TQASLYTHHQ YIAGFILCGA FAHGAIFFVR DYDP EQNKG NVLARILDHK EAVISHLSWV SLFLGFHTLG LYVHNDVMQA FGTPEKQILI EPVFAQWIQA AQGKTLYGFD LLLSQ SNSA AFSAGQTLWL PGWLDAINSN SNSLFLTIGP GDFLVHHAIA LGLHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLAVFWM LNTIGWVTFY FHWKHLGIWQ GNVNQFNESS TYLMGWLRDY LWLNSSQLIN GYNPFGM NS LSVWAWMFLF GHLIYATGFM FLISWRGYWQ ELIETLAWAH ERTPLANLVR WRDKPVALSI VQARLVGLAH FSAGYILT Y AAFLIASTSG KFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 8.797153 KDa
配列文字列:
MSHAVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKASQIA SAPRTEDCVG CKRCESACPT DFLSVRVYLG SETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 20.872092 KDa
配列文字列: MASMMLTAAP LCSAPSRQSS FQGTAVRSKP ALSRRVLSLS RAVAEEKAAW KPPTLDPSTP SPIFGGSTGG LLRKAQIEEF YVITWDAKK EQVFEMPTGG AAIMRSGPNL LKLARKEQCL ALLTQLRNKF KTDGQIYRVF PDGEVQYLHP KDGVYPEKVN A GRTAVGAK ...文字列:
MASMMLTAAP LCSAPSRQSS FQGTAVRSKP ALSRRVLSLS RAVAEEKAAW KPPTLDPSTP SPIFGGSTGG LLRKAQIEEF YVITWDAKK EQVFEMPTGG AAIMRSGPNL LKLARKEQCL ALLTQLRNKF KTDGQIYRVF PDGEVQYLHP KDGVYPEKVN A GRTAVGAK DRSIGKNTNP VAVKFTGKLG TYDV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

+
分子 #5: Photosystem I reaction centre subunit IV/PsaE

分子名称: Photosystem I reaction centre subunit IV/PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 8.261428 KDa
配列文字列:
MRCDTLLLSE RRLWCVQVKV LRPESYWFNE VGKVVSVDQS GIRYPVVVRF PTVNYAGVST NNYSLEEVQE V

UniProtKB: Photosystem I reaction centre subunit IV/PsaE

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 25.876922 KDa
配列文字列: MAATSCMTAR LGAKAPQHEL SFKSSVKPLR AAPVARKAVQ VARAASCSAQ EQAPVQVGKV VAAAALAAAL AFGSVDAAKA DISGLTPCS ESKGFAKRQK NEIKALTKRL KQYEEGSAPS LALKATIERT EKRFANYGNA GLLCGTDGLP HLISDPGLAL R FGHAGETL ...文字列:
MAATSCMTAR LGAKAPQHEL SFKSSVKPLR AAPVARKAVQ VARAASCSAQ EQAPVQVGKV VAAAALAAAL AFGSVDAAKA DISGLTPCS ESKGFAKRQK NEIKALTKRL KQYEEGSAPS LALKATIERT EKRFANYGNA GLLCGTDGLP HLISDPGLAL R FGHAGETL IPTVGFLYIA GWIGTAGRDY LIASKGEAKP REKEYIIDVP LALKISAQGA GWPFRVIREL QKGTLLEKDS NI TVSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 14.552512 KDa
配列文字列:
MVAAIASSLS LRPLTALPTA RPSARRSRVQ TPVRALSDTN LVIGGATVAS LALGRFVFLG FQRDNAKKQG LPQQNGQSNV EAGDRLAEE ASFALKTNDP AGFNLVDVMA WGAIGHALGY FILATTSLNN TPGFDPKPF

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic

+
分子 #8: Photosystem I reaction centre subunit VI

分子名称: Photosystem I reaction centre subunit VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 14.596415 KDa
配列文字列:
MTTLRANTFL VGSPVRRPVA RAQARRTSNR LATPVQAKYG SDSEYFDLDD LEDTTGSWEL YGQEDEKRYP SLQAEFFNRA AAPLTRRES LLAFTFVGGA GSLLLWGAKG SKDVALPIQQ GPKKGGEKGP RGKI

UniProtKB: Photosystem I reaction centre subunit VI

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 3.852663 KDa
配列文字列:
MAAAYLPSVL VPLVGLVFPA IAMASLFLYI EKEEIA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 4.731551 KDa
配列文字列:
MKNFTTYLST APVVALIWFT FTAGLLIEIN RFFPDPLVFS F

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #11: PSI-K

分子名称: PSI-K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 13.330427 KDa
配列文字列:
MASSTMSVKS SAVRSFTGMR PSLRPVQAAK IAAPRLSRRS NLTVRADGFI GSTTNLIICS STAIFLAAGR FGLTPSANRL ASPGLKLSP NNSGLQTGDP AGFTATDVLY LGTIGHVVGI GSILGLKAIG AL

UniProtKB: PSI-K

+
分子 #12: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 3.38007 KDa
配列文字列:
MPLSDSQIFI ALFIALLTGI LAVRLGLELY S

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #13: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 24.076436 KDa
配列文字列: MAAAMLTSSF VARGAARPAT KLPKSNGSRV VMKAGNWLPG SDTPAYLDGL PGSFGFDPFG LGSTPANLQR FQEAELVHSR WAMAGVAGA LGAELLGQGD WYQAPLWAVN GGAPTYLGIP VPFNLSTLLA IEFVAIAGAE AQRNAEPDAE KRKYPGGAFD P LGFSKDSK ...文字列:
MAAAMLTSSF VARGAARPAT KLPKSNGSRV VMKAGNWLPG SDTPAYLDGL PGSFGFDPFG LGSTPANLQR FQEAELVHSR WAMAGVAGA LGAELLGQGD WYQAPLWAVN GGAPTYLGIP VPFNLSTLLA IEFVAIAGAE AQRNAEPDAE KRKYPGGAFD P LGFSKDSK VLEENKLKEL KNGRLAMLAF VGFIAQHAAT GKGPLEALKL HLADPWGANF ATNGVSIPYL T

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 26.877555 KDa
配列文字列: MASTTMMMKS AAHVQETADR SKDTLLFASD QSLSYLTGAL PADYGFDPLG LLDPEGKGAG FVSPAWLQYS EVIHARWAML GAAGCIAPE ILATAGVIPQ TPDEVIWFKS GVIPPAGVYD KYWLDPYSLF FIEVILVQFA ELRRWQDFRN PGSQGKQYFL G LEEVLKGS ...文字列:
MASTTMMMKS AAHVQETADR SKDTLLFASD QSLSYLTGAL PADYGFDPLG LLDPEGKGAG FVSPAWLQYS EVIHARWAML GAAGCIAPE ILATAGVIPQ TPDEVIWFKS GVIPPAGVYD KYWLDPYSLF FIEVILVQFA ELRRWQDFRN PGSQGKQYFL G LEEVLKGS GDPSYPGGQF FNLFNLGKSD LKELKTKELK NGRLAMLAVF GYGAQAVITA EGPFKNLTDH LSDPTGHNIL TN FGHPAL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 27.493137 KDa
配列文字列: MANAVAMSSL LGSKSAVAAR PAAFSGKART ARVQARFVAV SAADRQVWFP GNAPAPHLDG SLPGDFGFDP LSLGSDPQLL KWFQQAELV HGRTAMTAVA GILFPAVATK AGVVNIPQWY DAGSVWVQNN PNFPFAALLF IQIILTGWVE TKRWLDFKNP G SQADGSFL ...文字列:
MANAVAMSSL LGSKSAVAAR PAAFSGKART ARVQARFVAV SAADRQVWFP GNAPAPHLDG SLPGDFGFDP LSLGSDPQLL KWFQQAELV HGRTAMTAVA GILFPAVATK AGVVNIPQWY DAGSVWVQNN PNFPFAALLF IQIILTGWVE TKRWLDFKNP G SQADGSFL GVTDDFKGVA NGYPGGKLFD PFGLSRGSEG QLQKYQENEI KNGRLAMVAF LGFIAQHAAT GKGPIDNLAD HL ANPTAVT FATNGVSLPF VH

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 27.49942 KDa
配列文字列: MNTSMLTSSF VSRAAARPAQ ARPLPSNGSR VCMKAGNWLP GSKTPAYLED LPGSYGFDPL KLGEDPASLK WYVQSELVHS RFAMAAVAG ILIPEVLKAF GAVNLPVWYE AGKYAQESSP IPFNTLIALE IFAFNFVEIK RWQDFKKPGS QGEEGSFVGL E GFFKGTGE ...文字列:
MNTSMLTSSF VSRAAARPAQ ARPLPSNGSR VCMKAGNWLP GSKTPAYLED LPGSYGFDPL KLGEDPASLK WYVQSELVHS RFAMAAVAG ILIPEVLKAF GAVNLPVWYE AGKYAQESSP IPFNTLIALE IFAFNFVEIK RWQDFKKPGS QGEEGSFVGL E GFFKGTGE NGYPGGVFDP LGLSKGPGYE AMKLREIKNG RLAMLAFIGF ASQYLATGKG PIENLLDHLS NPLANNFTTN GT SLPAQAH PLLSVLKP

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #17: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 24.696365 KDa
配列文字列: MAAMTQMSRC VLGARPVAPS FTSLRPRTLV TSAARGLWLP DTEPPAHLKG ELAGDRGFDP LGLGSEPERL KWYTEAEKTN GRWAMAGVA GILGQELLGV QPKWFEAGAK DYGFPPLALI SLEFLLLGFL ELKRYQGFKK TGKSGFLDSF PFDPANLDSE A NAEKEIKN ...文字列:
MAAMTQMSRC VLGARPVAPS FTSLRPRTLV TSAARGLWLP DTEPPAHLKG ELAGDRGFDP LGLGSEPERL KWYTEAEKTN GRWAMAGVA GILGQELLGV QPKWFEAGAK DYGFPPLALI SLEFLLLGFL ELKRYQGFKK TGKSGFLDSF PFDPANLDSE A NAEKEIKN GRLAMVAFVG FVGAALVCRQ GPIEALQSHL SDPFSNNIIG SIARLPETIG ATFPAAAPPA LE

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #18: PSI subunit V

分子名称: PSI subunit V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 21.881236 KDa
配列文字列: MQVAATSSAI RVPCASSRVS SSRSSLGNIA GLTPVFHARQ NRAAVVVRAA DKQQVIQPIN GDPFIGMLET PVTSSPLVAG FLSNLPAYR IGVSPLLRGV EIGLVHGFLV TGPFIKLGPL RNIPGVAERA GCLSGAGLVV ILAVALTIYG ASAFQNDAGA I GVKTLSGR ...文字列:
MQVAATSSAI RVPCASSRVS SSRSSLGNIA GLTPVFHARQ NRAAVVVRAA DKQQVIQPIN GDPFIGMLET PVTSSPLVAG FLSNLPAYR IGVSPLLRGV EIGLVHGFLV TGPFIKLGPL RNIPGVAERA GCLSGAGLVV ILAVALTIYG ASAFQNDAGA I GVKTLSGR ELQRDPLQTA DGWQKFSAGW LVGGLSGVAW AWILTQTLPY YS

UniProtKB: PSI subunit V

+
分子 #19: Photosystem I PsaO

分子名称: Photosystem I PsaO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 15.303784 KDa
配列文字列:
MVLAMKASLG LAVRPTTARA GFFGSRAPLA VAPRIRSAAP ARNVTICAGQ EYPSNWLNKD PLVFVLGFLG WTIPANIGVS AFGGNSLFG SFTQSIGENL ARFPQGPPIQ DKFWLLLVTY HVGLFLTLLL GQIGVQGRKQ GYW

UniProtKB: Photosystem I PsaO

+
分子 #20: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic/Lhca2

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic/Lhca2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 29.998232 KDa
配列文字列: MALLSGAPTL VKNASPLSSR INRSSSLVPC SRRNVAVCAE HKPSWLLEKP NRLWELDTTW YPGAEPPSYL DGSLPGDRGF DPFRLAANP STLPWLVEGE LYNGRVAMLA VAGILLVEAA GLGPWWSAPF RVDWPLPYWP GVVVSHAIYA AFELKRFDNF Q KYGETGLL ...文字列:
MALLSGAPTL VKNASPLSSR INRSSSLVPC SRRNVAVCAE HKPSWLLEKP NRLWELDTTW YPGAEPPSYL DGSLPGDRGF DPFRLAANP STLPWLVEGE LYNGRVAMLA VAGILLVEAA GLGPWWSAPF RVDWPLPYWP GVVVSHAIYA AFELKRFDNF Q KYGETGLL GFVPFDPLNM RDDYKRQSEV RNGRLAMLAF IGFCSQAANT GKGPLENLKD HIADPTHNNI FSSGVGTEVT LA VIAITTI PIVLEARKQL SSGEKEGDSF RALPFL

+
分子 #21: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 26.938881 KDa
配列文字列: MGLERPLHAS RAAILRHLEL LLTVSAARSA RVVVRAERAS WLPGSEIPSY LKGELPGDFG FDPLRLGEDP AALKWYQQAE LQNGRWAML AAAGILFVDL LGHLGAGGPA AATPWFKASD FTYFAPTSTL FIVELLLFAW VEVRRYQDMV KPGSTNQDPI F SQYSLPSG ...文字列:
MGLERPLHAS RAAILRHLEL LLTVSAARSA RVVVRAERAS WLPGSEIPSY LKGELPGDFG FDPLRLGEDP AALKWYQQAE LQNGRWAML AAAGILFVDL LGHLGAGGPA AATPWFKASD FTYFAPTSTL FIVELLLFAW VEVRRYQDMV KPGSTNQDPI F SQYSLPSG NEPGYPGGIF DPLGYSKGNM AELKLKEIKN ARLAMLAVLG FFVQAKTTGK TPLDSLSSHL ADPWSNNVFG IE HARLIQ

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #22: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 29.447744 KDa
配列文字列: MAATFTALNA APAFLTGRKV VSKARAGPAP RSTFQVSAAA SQGRRLWAPG VEAPSYLNGE LAGDYGWDPL GLGAKPEALK WYRQAELVH ARWAMLAVAG ILAQEIVKPG VFFYNAGLPE NLPGINFGGP EGKVNLGGLL AWEFLLFHWV EVRRWQDIKK K DSVNQDPI ...文字列:
MAATFTALNA APAFLTGRKV VSKARAGPAP RSTFQVSAAA SQGRRLWAPG VEAPSYLNGE LAGDYGWDPL GLGAKPEALK WYRQAELVH ARWAMLAVAG ILAQEIVKPG VFFYNAGLPE NLPGINFGGP EGKVNLGGLL AWEFLLFHWV EVRRWQDIKK K DSVNQDPI FKGNKVPNPE LGYPGGIFDP FGFSKGNFKE VQTKEIKNGR LAMVAFVGFI IQAQATGQGP LANLGAHLAN PF GNNITKN IGTCAIPSSV DVQGITIPLT CLWPGHQ

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #23: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
分子量理論値: 29.137752 KDa
配列文字列: MAALLACNGL SRPILGSPLA ARQVSRARPV RQTVVRAERA LWLPGGDAPA HLDGSLPGDF GFDPLGLGAD PERLAWFAES ERVHARWAM LAVAGIAVQE VVRPDVFWYE AALKSPMPFG NSPAAILGLV AFELFAMHFV EVRRAYDFKN PGSQDQDPIF S NNKLPKHE ...文字列:
MAALLACNGL SRPILGSPLA ARQVSRARPV RQTVVRAERA LWLPGGDAPA HLDGSLPGDF GFDPLGLGAD PERLAWFAES ERVHARWAM LAVAGIAVQE VVRPDVFWYE AALKSPMPFG NSPAAILGLV AFELFAMHFV EVRRAYDFKN PGSQDQDPIF S NNKLPKHE VGYPGGIFAP VIPGDLAELK LKEIKNGRLA MLAFAGFVMQ AQVTGKGPLA SLGDHLSNPI GTTIFSKAVV IP GQAIVPP CMIPSSVEYH GITIPTPCFL SGLWP

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #24: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #25: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #26: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 29 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #27: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 4 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #28: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 11 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #29: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 17 / 式: UNL
分子量理論値: 254.494 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

+
分子 #30: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #31: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 218 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #32: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 31 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #33: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 2 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #34: [2-((1-OXODODECANOXY-(2-HYDROXY-3-PROPANYL))-PHOSPHONATE-OXY)-ETH...

分子名称: [2-((1-OXODODECANOXY-(2-HYDROXY-3-PROPANYL))-PHOSPHONATE-OXY)-ETHYL]-TRIMETHYLAMMONIUM
タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 1 / 式: LAP
分子量理論値: 440.532 Da
Chemical component information

ChemComp-LAP:
[2-((1-OXODODECANOXY-(2-HYDROXY-3-PROPANYL))-PHOSPHONATE-OXY)-ETHYL]-TRIMETHYLAMMONIUM

+
分子 #35: (3~{E},5~{E},7~{E})-6-methyl-8-[(6~{R})-2,2,6-trimethylcyclohexyl...

分子名称: (3~{E},5~{E},7~{E})-6-methyl-8-[(6~{R})-2,2,6-trimethylcyclohexyl]octa-3,5,7-trien-2-one
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 4 / 式: QTB
分子量理論値: 260.414 Da
Chemical component information

ChemComp-QTB:
(3~{E},5~{E},7~{E})-6-methyl-8-[(6~{R})-2,2,6-trimethylcyclohexyl]octa-3,5,7-trien-2-one

+
分子 #36: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 21 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #37: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 4 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #38: ASTAXANTHIN

分子名称: ASTAXANTHIN / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 1 / 式: AXT
分子量理論値: 596.838 Da
Chemical component information

ChemComp-AXT:
ASTAXANTHIN / アスタキサンチン

+
分子 #39: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 1 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

+
分子 #40: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 1 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

+
分子 #41: DIACYL GLYCEROL

分子名称: DIACYL GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 1 / 式: DGA
分子量理論値: 625.018 Da
Chemical component information

ChemComp-DGA:
DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル

+
分子 #42: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 1 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #43: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 1 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

+
分子 #44: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 1060 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 14766 / 平均露光時間: 3.42 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1489274
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Initial model generated from the data
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 224674
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 5
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6zzx


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9kqp:
PSI-LHCI supercomplex binding with 10 Lhcas from C. subellipsoidea

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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