PDB-9koz: Crystal structure of Arabidopsis thaliana HPPD complexed with ipt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9koz

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana HPPD complexed with iptriazopyrid

要素

4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / L-tyrosine catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / iron ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Nishio, T. / Nishijima, N. / Kubota, T. / Furuhata, Y. / Kato, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2025
タイトル: Mechanism of Herbicidal Action and Rice Selectivity of Iptriazopyrid: A Novel Azole Carboxamide-Based Inhibitor of 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase.
著者: Nishio, T. / Nishijima, N. / Kubota, T. / Furuhata, Y. / Nanao, Y. / Permana, H. / Furuhashi, T. / Kato, Y.

履歴

登録	2024年11月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9koz.cif.gz	337 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9koz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9koz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9koz_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9koz_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9koz_validation.xml.gz	67.5 KB	表示
CIF形式データ	9koz_validation.cif.gz	88.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/9koz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/9koz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9koyC 9kp0C 1sp9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

C: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

D: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

ヘテロ分子

197 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
98.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

D: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
98.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.160, 96.040, 97.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.806, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvic acid oxidase / 4HPPD / HPD / HPPDase 分子量: 48742.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HPD, PDS1, At1g06570, F12K11.9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P93836, 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物	ChemComp-A1L59 / iptriazopyrid / ~{N}-(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)-3-(propan-2-ylsulfonylmethyl)-5-(trifluoromethyl)-[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridine-8-carboxamide 分子量: 432.378 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₅F₃N₆O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 5.0), 32 or 28 vol% polyethylene glycol (PEG) 400, and 15 or 10 vol% 2-propanol 2 mM iptriazopyrid and 2 mM CoCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.025 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.025 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 96459 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.69 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.239 / Net I/σ(I): 6.14
反射シェル	解像度: 2.15→2.28 Å / 冗長度: 5.63 % / R_merge(I) obs: 2.988 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 15372 / CC_1/2: 0.421 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SP9

1sp9

解像度: 2.15→48.022 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 9.758 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.221 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2662	4744	4.999 %
R_work	0.211	90160	-
all	0.214	-	-
obs	-	94904	98.139 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.468 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.022 Å²	0 Å²	0.001 Å²
2-	-	-0.006 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.016 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.022 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12352	0	120	388	12860

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	12755
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11846
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.24	1.834	17225
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.438	1.754	27353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.722	5	1569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	18.077	6.8	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	12.612	12.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.182	10	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.024	10	581
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	1843
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	14984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2976
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	2360
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	10915
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	6119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	6612
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	542
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.179	4.932	6324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.179	4.932	6324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.937	8.842	7877
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.936	8.843	7878
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.681	5.328	6431
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.681	5.328	6432
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.723	9.624	9348
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.723	9.624	9349
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.334	48.912	13786
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.329	48.883	13734

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.15-2.206	0.459	356	0.426	6767	0.428	7125	0.822	0.846	99.9719	0.403
2.206-2.266	0.566	260	0.542	4976	0.543	6956	0.782	0.792	75.2731	0.641
2.266-2.332	0.399	336	0.373	6371	0.375	6708	0.876	0.883	99.9851	0.352
2.332-2.403	0.362	328	0.318	6229	0.32	6557	0.898	0.917	100	0.294
2.403-2.482	0.316	315	0.289	5994	0.291	6310	0.927	0.936	99.9842	0.267
2.482-2.569	0.322	308	0.268	5849	0.27	6157	0.925	0.948	100	0.246
2.569-2.665	0.287	298	0.235	5673	0.237	5971	0.942	0.962	100	0.211
2.665-2.774	0.293	283	0.222	5363	0.226	5646	0.944	0.967	100	0.2
2.774-2.897	0.277	276	0.208	5251	0.212	5527	0.95	0.973	100	0.186
2.897-3.038	0.275	262	0.203	4975	0.207	5237	0.951	0.974	100	0.181
3.038-3.201	0.255	250	0.193	4754	0.196	5004	0.958	0.977	100	0.177
3.201-3.394	0.243	235	0.188	4464	0.191	4700	0.965	0.98	99.9787	0.182
3.394-3.627	0.23	222	0.176	4217	0.179	4445	0.965	0.982	99.865	0.172
3.627-3.916	0.221	207	0.176	3940	0.179	4161	0.969	0.982	99.6635	0.176
3.916-4.287	0.218	190	0.155	3612	0.158	3807	0.972	0.986	99.8687	0.165
4.287-4.788	0.198	173	0.145	3277	0.147	3467	0.977	0.988	99.5097	0.16
4.788-5.52	0.265	153	0.173	2903	0.178	3063	0.959	0.983	99.7715	0.194
5.52-6.738	0.27	130	0.21	2479	0.213	2614	0.962	0.978	99.8087	0.234
6.738-9.437	0.213	102	0.17	1929	0.173	2037	0.976	0.983	99.7055	0.206
9.437-48.022	0.238	60	0.197	1138	0.199	1204	0.96	0.977	99.5017	0.244

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