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- PDB-9klm: Cryo-EM structure of the monomeric Rhodobacter sphaeroides G1C LH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9klm
タイトルCryo-EM structure of the monomeric Rhodobacter sphaeroides G1C LH1-RC core complex
要素
  • (Reaction center protein ...) x 3
  • Antenna pigment protein beta chain
  • Intrinsic membrane protein PufX
  • Light-harvesting protein B-875 alpha chain
  • protein-U
キーワードPHOTOSYNTHESIS / LH1-RC / Rhodobacter sphaeroides G1C / neurosporene
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / : / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily ...Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / Photosynthetic reaction centre, M subunit / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / : / Chem-PGV / UBIQUINONE-10 / : / Light-harvesting protein B-875 alpha chain / Reaction center protein H chain ...: / BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / : / Chem-PGV / UBIQUINONE-10 / : / Light-harvesting protein B-875 alpha chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna pigment protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wu, Y.-L. / Yu, L.-J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC3401800 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: From Genome to structure: Elucidating Neurosporene Production in the Rhodobacter sphaeroides G1C Mutant
著者: Wu, Y.-L. / Yu, L.-J.
履歴
登録2024年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
H: Reaction center protein H chain
A: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
a: Antenna pigment protein beta chain
B: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
b: Antenna pigment protein beta chain
C: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
c: Antenna pigment protein beta chain
D: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
d: Antenna pigment protein beta chain
E: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
e: Antenna pigment protein beta chain
F: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
f: Antenna pigment protein beta chain
G: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
g: Antenna pigment protein beta chain
I: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
i: Antenna pigment protein beta chain
J: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
j: Antenna pigment protein beta chain
K: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
k: Antenna pigment protein beta chain
N: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
n: Antenna pigment protein beta chain
O: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
o: Antenna pigment protein beta chain
P: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
p: Antenna pigment protein beta chain
Q: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
q: Antenna pigment protein beta chain
U: protein-U
X: Intrinsic membrane protein PufX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,887150
ポリマ－278,09233
非ポリマー78,795117
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Reaction center protein ... , 3種, 3分子 LMH

#1: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 31476.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y8
#2: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 34557.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y9
#3: タンパク質 Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y7

-
タンパク質 , 3種, 16分子 ABCDEFGIJKNOPQUX

#4: タンパク質
Light-harvesting protein B-875 alpha chain / light-harvesting protein alpha chain / Antenna pigment protein alpha chain / LH-1


分子量: 6473.780 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0X9
#6: タンパク質 protein-U


分子量: 5583.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN4RAQ9
#7: タンパク質 Intrinsic membrane protein PufX / PUFX protien


分子量: 9089.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7B2Z6

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 39分子 abcdefgijknopq

#13: 糖...
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
#5: タンパク質・ペプチド
Antenna pigment protein beta chain / light-harvesting protein beta chain


分子量: 5620.372 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7B300

-
非ポリマー , 8種, 92分子

#8: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10


分子量: 863.343 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#12: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE


分子量: 229.402 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#14: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物...
ChemComp-A1EF2 / (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},26~{E})-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,8,10,12,14,16,18,20,22,26,30-dodecaene / Neurosporene / Neurosporin


分子量: 538.889 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H58 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LH1-RC core complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 50.61 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 118603 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00624377
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.23733259
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.3749810
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1823362
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053707

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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