PDB-9klc: G9a in complex with the S-isomer of RK-131902 (racemic compound r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9klc

タイトル

G9a in complex with the S-isomer of RK-131902 (racemic compound rac-10a)

要素

Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2

キーワード

TRANSFERASE / histone lysine methyltransferase / inhibitor / protein-inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein modification process / phenotypic switching / neuron fate specification / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K27 methyltransferase activity / synaptonemal complex assembly / negative regulation of autophagosome assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Niwa, H. / Shirai, F. / Sato, S. / Nishigaya, Y. / Ihara, K. / Shirouzu, M. / Umehara, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of potent substrate-type lysine methyltransferase G9a inhibitors for the treatment of sickle cell disease.
著者: Nishigaya, Y. / Takase, S. / Sumiya, T. / Kikuzato, K. / Hiroyama, T. / Maemoto, Y. / Aoki, K. / Sato, T. / Niwa, H. / Sato, S. / Ihara, K. / Nakata, A. / Matsuoka, S. / Hashimoto, N. / ...

履歴

登録	2024年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9klc.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/9klc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/9klc	HTTPS FTP

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関連構造データ

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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2

B: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2

ヘテロ分子

67.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.714, 78.066, 70.583
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 / Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Histone H3-K9 ...Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Histone H3-K9 methyltransferase 3 / H3-K9-HMTase 3 / Lysine N-methyltransferase 1C / Protein G9a 分子量: 32604.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q96KQ7, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₅
#4: 化合物	ChemComp-A1L58 / ~{N}-[(2~{S})-1-[[6-(1-methylpiperidin-4-yl)oxypyridin-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-hexan-2-yl]-3-(pyridin-4-ylamino)benzamide 分子量: 516.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₆N₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 31362 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.075 / R_rim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.15-2.19	2.9	0.422	1077	0.741	0.923	0.283	0.51	0.958	63.8
2.19-2.23	2.9	0.398	1113	0.796	0.941	0.265	0.48	0.941	67.9
2.23-2.27	2.9	0.323	1253	0.923	0.98	0.213	0.389	1.044	75.5
2.27-2.32	3	0.391	1361	0.832	0.953	0.256	0.469	0.975	82.6
2.32-2.37	3.1	0.344	1506	0.907	0.975	0.222	0.411	0.99	89.1
2.37-2.42	3.2	0.393	1577	0.872	0.965	0.252	0.468	1.006	95
2.42-2.48	3.4	0.364	1648	0.91	0.976	0.229	0.431	1.026	98.8
2.48-2.55	3.5	0.373	1673	0.897	0.972	0.23	0.439	1.076	99.9
2.55-2.62	3.6	0.302	1655	0.94	0.984	0.183	0.354	1.065	99.9
2.62-2.71	3.7	0.265	1680	0.95	0.987	0.16	0.31	1.143	99.9
2.71-2.81	3.7	0.234	1653	0.954	0.988	0.141	0.273	1.044	99.9
2.81-2.92	3.7	0.193	1681	0.966	0.991	0.116	0.225	1.107	100
2.92-3.05	3.8	0.175	1665	0.969	0.992	0.105	0.204	1.157	100
3.05-3.21	3.8	0.143	1685	0.976	0.994	0.086	0.167	1.051	100
3.21-3.41	3.8	0.127	1662	0.977	0.994	0.076	0.148	1.077	100
3.41-3.68	3.8	0.116	1676	0.98	0.995	0.069	0.135	1.105	100
3.68-4.05	3.8	0.111	1689	0.982	0.995	0.066	0.13	1.096	100
4.05-4.63	3.8	0.093	1685	0.983	0.996	0.055	0.108	1.111	100
4.63-5.83	3.8	0.067	1691	0.993	0.998	0.04	0.078	1.074	100
5.83-50	3.7	0.059	1732	0.995	0.999	0.036	0.069	1.201	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→38.79 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2534	1588	5.07 %
R_work	0.2074	-	-
obs	0.2098	31332	93.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→38.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4326	0	138	219	4683

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.917
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.625	1700
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	650
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	804

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.22	0.3588	106	0.2649	1833	X-RAY DIFFRACTION	65
2.22-2.3	0.2865	108	0.2644	2209	X-RAY DIFFRACTION	76
2.3-2.39	0.3111	138	0.2593	2538	X-RAY DIFFRACTION	89
2.39-2.5	0.3308	155	0.2595	2817	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5-2.63	0.2716	167	0.2417	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.8	0.2954	158	0.2314	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.01	0.2932	128	0.2307	2927	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.32	0.2611	148	0.2228	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.8	0.2473	169	0.1861	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.78	0.2186	152	0.1656	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-38.79	0.2018	159	0.1828	2955	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9692	0.7508	-0.351	0.3	-0.2133	1.2158	-0.0002	-0.2207	-0.2745	-0.0825	-0.0163	0.4893	0.109	-0.1887	0.041	0.2115	0.0172	0.0154	0.3122	0.0724	0.8698	-14.6413	-4.6532	106.6217
2	0.6405	0.6439	-0.1224	0.8142	-0.8191	2.7488	0.2427	0.1512	-0.0516	0.1459	-0.121	0.085	-0.1688	0.4367	-0.0629	0.1751	0.0257	-0	0.3592	-0.0637	0.6236	12.9028	10.9849	105.8394
3	2.106	0.4027	-0.862	2.9552	-0.8355	3.6918	0.0591	-0.391	-0.1387	0.3502	-0.0554	-0.086	0.0519	0.3092	0.0123	0.2379	0.0373	-0.0213	0.4019	-0.0179	0.4707	13.7661	3.5905	116.7952
4	3.4776	1.9116	0.2039	2.0145	-0.88	1.5216	0.1278	-0.2158	-0.3659	-0.0339	0.1251	0.3591	0.0222	-0.1387	-0.1812	0.1681	0.0314	-0.0247	0.2495	0.023	0.5821	-4.4109	-3.8779	113.6628
5	1.3339	-1.3949	0.9466	1.8993	-1.5398	1.8662	-0.0838	-0.4278	0.1897	0.7168	0.4219	0.4228	-0.4918	-0.1406	-0.2319	0.2803	0.0129	0.0989	0.2447	-0.0735	0.7872	-5.7779	10.3232	114.0799
6	1.5504	-0.5088	0.5143	1.135	-0.2929	0.4693	0.0701	-0.2604	0.1579	0.2573	0.143	0.3267	-0.133	-0.047	-0.2465	0.258	0.0229	0.0784	0.2779	-0.0625	0.6319	-3.1428	8.9807	113.8556
7	4.3952	0.5847	-0.5219	2.045	0.6218	2.4416	0.428	-0.3181	-0.4762	0.3499	-0.1392	0.3231	-0.1021	-0.0774	-0.2685	0.2531	0.0222	0.0482	0.3057	0.0576	0.4709	-3.6338	-0.7621	121.6812
8	2.065	0.3966	1.1282	1.4081	0.489	4.2955	-0.1333	-1.675	0.7022	0.4944	-0.036	0.7294	-0.5899	-0.9471	0.1776	0.6701	0.0794	0.397	0.9352	-0.1784	1.1724	-16.3183	10.7374	132.2613
9	4.3351	1.3045	-0.6955	1.4005	-1.2467	3.7415	-0.4387	-0.2328	-0.8397	0.1646	0.0893	-0.6023	0.1826	0.8067	0.3798	0.2482	0.0915	-0.0656	0.3384	-0.021	0.5648	23.2753	-6.8393	92.9057
10	4.2915	0.2136	-0.5176	0.6768	0.1224	0.5441	0.0644	0.4258	0.0877	-0.0718	0.028	-0.099	-0.068	0.0052	-0.082	0.2041	0.0218	-0.0054	0.3017	-0.0019	0.5109	6.5697	1.9684	85.4816
11	1.8943	0.185	-0.513	3.5086	2.0029	5.3613	0.1125	0.6171	0.9633	-0.3732	-0.039	0.0988	-0.4553	0.2155	-0.0888	0.1651	-0.0257	0.001	0.4532	0.0269	0.6751	17.097	10.5492	81.7105
12	2.4582	-1.01	-1.1087	1.3458	0.9548	2.2618	0.18	0.5772	0.0902	-0.3143	0.0001	-0.278	-0.2465	0.286	-0.1866	0.2423	-0.0259	0.0501	0.5236	-0.0263	0.6559	16.4775	5.4924	73.5507

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 918:954 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 955:985 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 986:1025 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 1026:1054 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 1055:1096 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 1097:1134 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 1135:1155 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 1156:1189 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 917:935 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 936:1079 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 1080:1118 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 1119:1187 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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