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- PDB-9kl8: Co-crystal structure of human 8-oxoguanine glycosylase N149C muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kl8
タイトルCo-crystal structure of human 8-oxoguanine glycosylase N149C mutant with DNA containing photocaged 8-oxoguanine after deprotection
要素
  • DNA (5'-D(*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*G)-3')
  • N-glycosylase/DNA lyase
キーワードLYASE / DNA-glycosylase / DNA repair / base excision repair / hOGG1 / deprotection of O6-(o-nitrophenisopropyl) 8-oxoguanine
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective OGG1 Substrate Binding / Defective OGG1 Substrate Processing / Defective OGG1 Localization / depurination / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 ...Defective OGG1 Substrate Binding / Defective OGG1 Substrate Processing / Defective OGG1 Localization / depurination / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / oxidized purine DNA binding / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / cellular response to reactive oxygen species / nucleotide-excision repair / response to radiation / base-excision repair / nuclear matrix / response to oxidative stress / endonuclease activity / microtubule binding / damaged DNA binding / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
8-oxoguanine DNA-glycosylase / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal / : / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal domain / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNA glycosylase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / N-glycosylase/DNA lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Imura, T. / Yang, K.-C. / Hosokawa, Y. / Shih, H.-Y. / Ban, Y. / Yamamoto, J. / Maestre-Reyna, M.
資金援助 台湾, 日本, 2件
組織認可番号国
National Science Council (NSC, Taiwan)NSTC, 111-2113-M-002-029-MY3 台湾
Japan Science and TechnologyJPMJFR2057 日本
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2025
タイトル: Revisiting the co-crystal structure of a DNA glycosylase with photocaged substrate: a suitable time-resolved crystallography target?
著者: Imura, T. / Hosokawa, Y. / Yang, K.C. / Ban, Y. / Shih, H.Y. / Yamamoto, J. / Maestre-Reyna, M.
履歴
登録2024年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
A: N-glycosylase/DNA lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,27014
ポリマ－47,7253
非ポリマー54511
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area16020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.460, 91.460, 212.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-407-

CA

21A-509-

HOH

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要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*G)-3')


分子量: 4939.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')


分子量: 4875.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 N-glycosylase/DNA lyase


分子量: 37910.922 Da / 分子数: 1 / Mutation: N149C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OGG1, MMH, MUTM, OGH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O15527, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase

-
非ポリマー , 3種, 80分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 6000, calcium chloride, sodium cacodylate / PH範囲: 6-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 0.976254 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→42.01 Å / Num. obs: 19518 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 157 % / Biso Wilson estimate: 54.13 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.76
反射 シェル解像度: 2.48→2.57 Å / 冗長度: 156 % / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Num. unique obs: 3051 / CC1/2: 0.879 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YQR

1yqr


解像度: 2.48→42.01 Å / SU ML: 0.3035 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.7861
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2509 1414 7.29 %
Rwork0.2127 17990 -
obs0.2155 19404 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→42.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2406 373 21 69 2869
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00222966
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47674130
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0366452
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051467
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8845550
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.48-2.570.38141300.34231732X-RAY DIFFRACTION99.47
2.57-2.670.3731370.28611751X-RAY DIFFRACTION99.47
2.67-2.790.28541520.27591731X-RAY DIFFRACTION99.68
2.79-2.940.32951280.26691782X-RAY DIFFRACTION99.74
2.94-3.120.31061310.24951780X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.370.30171470.22671776X-RAY DIFFRACTION99.84
3.37-3.70.2611290.21171806X-RAY DIFFRACTION100
3.7-4.240.22571540.17091806X-RAY DIFFRACTION99.95
4.24-5.340.18861570.16851834X-RAY DIFFRACTION100
5.34-42.010.23231490.21461992X-RAY DIFFRACTION99.58
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.969041333380.06376187363440.3592573318591.27503735354-0.4748029261132.257350911220.009581625234370.289433598354-0.0956359128749-0.466692415586-0.1234952397340.1574413192070.2997779637320.276337102823.79961112635E-50.5676863285-0.01589368495150.02922215815710.4476327044880.04634982179430.41243681812713.34035803418.7157491754-6.05337821083
21.13260852036-0.8281724678390.1636280311680.764737898407-0.6927817153331.794292174060.0788743348112-0.002637076036490.0250726964616-0.169747664215-0.0549816437826-0.04109964737890.1459924592970.1310917915538.8167979691E-50.406974580655-0.0565084573564-0.02162507780940.3599392580180.01280503715060.414226217217-0.79539217815921.7028935565-2.16637676655
32.569845069470.11006008569-0.1742593881991.12968254641-0.70973298050.695731379501-0.0607138146578-0.09527633631080.2072003851020.01039447105650.03797757523760.287421952215-0.160727714494-0.1361194859190.0001236299227910.3898843575410.0206390190167-0.02778118602070.3166375861330.04838710333280.414690496028-14.110986553316.79257483263.62376593479
41.5037904324-0.382171433458-0.5414249203520.29532763482-0.3671277675361.270129579980.200511072282-0.2446479913620.421608676362-0.141961866828-0.1397410350010.15040950151-0.140801969947-0.448902152729-0.0001305430205740.4603580385590.02735803045570.01395763372330.5238663406760.02186445562820.556470252109-15.318355520235.4164232823-9.80983103882
50.0173409195908-0.01635448303350.01942792931730.0229066654439-0.03700850135510.0645055028843-0.782232778424-0.263301459840.3811496971510.739278576336-1.03951009701-0.295044008172-0.819360140732-0.545366559625-0.0006026853832172.002694939151.04356256716-0.2280910276094.12020889910.3224139363422.82411763097-31.667461645834.82860536536.01986122064
60.150636394557-0.8469855886450.09922237897634.68236026493-0.5247519463820.0682185656991-0.8770895701870.3955516920330.9509418654390.7748734654470.1590596050431.19398261621-2.17823384717-0.185337756392-0.2055574203441.259706040220.0825090702781-0.2907882853641.12027887771-0.2277353922680.962360371951-13.242515527133.434553362217.4473123921
70.018911256045-0.1834449083850.1487954273011.61374057178-1.309910902851.0585824070.687839379959-0.5014125253250.623272756399-0.9976835228680.2904814899820.604669060343-3.098037396250.3245819414720.2649689537281.11564116705-0.1723717007260.1341447394280.643849649668-0.08906139109330.696648820923-12.826835772931.78120588675.87676758112
80.0804182014251-0.04234122002320.1892367351610.0204392248239-0.09794541317160.448640267877-0.2289037884110.524467660133-0.04645181210060.814487407126-0.3239769665322.129069522240.25004254783-1.265074330080.08565460194290.7679291927330.2548917824810.354476700891.35505100304-0.03526943794561.68724866419-28.555859262928.00483322612.705966765
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 11:92)AC11 - 921 - 82
22(chain A and resid 93:192)AC93 - 19283 - 182
33(chain A and resid 193:261)AC193 - 261183 - 251
44(chain A and resid 262:323)AC262 - 323252 - 313
55(chain B and resid 1:4)BA1 - 4
66(chain B and resid 5:11)BA5 - 11
77(chain C and resid 22:25)CB22 - 25
88(chain C and resid 26:29)CB26 - 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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