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- PDB-9kl6: Crystal structure of NADP-specific glutamate dehydrogenase Gdh1 f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kl6
タイトルCrystal structure of NADP-specific glutamate dehydrogenase Gdh1 from Schizosaccharomyces pombe in complex with alpha-iminoglutarate and NADP+
要素NADP-specific glutamate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Glutamate dehydrogenase / NADP / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate dehydrogenase (NADP+) / L-glutamate biosynthetic process / ammonia assimilation cycle / glutamate biosynthetic process / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Glutamate dehydrogenase / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal ...: / Glutamate dehydrogenase / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2Z)-2-iminopentanedioic acid / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADP-specific glutamate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Tomita, T. / Yoshida, A. / Nishiyama, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K05358 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Phosphorylation-mediated regulation of the NADPH-dependent glutamate dehydrogenase, SpGdh1, from Schizosaccharomyces pombe.
著者: Wang, Y.F. / Tomita, T. / Yoshida, A. / Kosono, S. / Nishiyama, M.
履歴
登録2024年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-specific glutamate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3166
ポリマ－51,1471
非ポリマー1,1695
水7,512417
1
A: NADP-specific glutamate dehydrogenase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)313,89436
ポリマ－306,8826
非ポリマー7,01330
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
crystal symmetry operation10_445-y-1,-x-1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/21
Buried area33570 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area81140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.965, 96.965, 188.258
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-618-

HOH

21A-800-

HOH

31A-1002-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NADP-specific glutamate dehydrogenase / NADP-GDH / NADP-dependent glutamate dehydrogenase


分子量: 51146.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: gdh1, SPCC622.12c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P78804, glutamate dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 5種, 422分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-2IT / (2Z)-2-iminopentanedioic acid


分子量: 145.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H7NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES-NaOH, pH 7.5, 1.6M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→46.99 Å / Num. obs: 92864 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 0.931 / Num. measured all: 69598 / Num. unique obs: 4450 / CC1/2: 0.884 / Rpim(I) all: 0.241 / Rrim(I) all: 0.962 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 3.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GUD

5gud


解像度: 1.45→46.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.812 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20967 4666 5 %RANDOM
Rwork0.17942 ---
obs0.18095 88100 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.646 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.46 Å21.23 Å2-0 Å2
2--2.46 Å2-0 Å2
3----7.99 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.45→46.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3414 0 75 417 3906
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0123593
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7821.8184857
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6481.7567785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0865454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.963523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.06110602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02822
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.982.2041810
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.9782.2041810
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.2793.9742266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.2793.9742267
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.4192.4381783
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.392.4351777
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.8294.3882586
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.0322.534157
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.08421.534050
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.65636968
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 340 -
Rwork0.231 6329 -
obs--99.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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