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- PDB-9kl2: Crystal structure of Pleurocybella porrigens lectin (PPL) in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kl2
タイトルCrystal structure of Pleurocybella porrigens lectin (PPL) in complex with GalNAc
要素Lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / trefoil / lectin
機能・相同性Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / NITRATE ION / Lectin
機能・相同性情報
生物種Pleurocybella porrigens (スギヒラタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Adachi, D. / Ishimoto, N. / Kawabata, H. / Mizutani, K. / Park, S.-Y. / Tame, J.R.H. / Kamata, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Institute for Fermentation, OsakaY-2023-2-046 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal and Cryo-EM structure of PPL, a novel hexameric R-type lectin from Pleurocybella porrigens.
著者: Adachi, D. / Ishimoto, N. / Mizutani, K. / Takahashi, K. / Kawabata, H. / Park, S.-Y. / Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Ishiwata, R. / Hayashi, R. / Yamada, M. / Ozeki, Y. / Fujii, Y. / Tame, J.R.H. / Kamata, K.
履歴
登録2024年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin
B: Lectin
C: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7259
ポリマ－43,8753
非ポリマー8506
水2,720151
1
A: Lectin
B: Lectin
C: Lectin
ヘテロ分子

A: Lectin
B: Lectin
C: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,45018
ポリマ－87,7516
非ポリマー1,69912
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)52.762, 221.166, 112.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Lectin


分子量: 14625.118 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pleurocybella porrigens (スギヒラタケ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6ZK51
#2: 糖 ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.15M Tris, pH 9.5, 4.0M sodium nitrate, 20mM GalNAc

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50.03 Å / Num. obs: 44856 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.016 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique obs: 3276 / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.082 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.1_5286)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→50.03 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2493 2213 5.09 %
Rwork0.2284 --
obs0.2295 43514 96.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2971 0 57 151 3179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.463
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5251118
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044503
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004548
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.040.30461440.23932597X-RAY DIFFRACTION99
2.04-2.090.37651660.26272555X-RAY DIFFRACTION98
2.09-2.140.28141260.22822618X-RAY DIFFRACTION99
2.14-2.20.28961450.24672589X-RAY DIFFRACTION98
2.2-2.270.3491250.27932415X-RAY DIFFRACTION91
2.27-2.340.29881390.25232403X-RAY DIFFRACTION92
2.34-2.420.3271210.24372528X-RAY DIFFRACTION95
2.42-2.520.28951310.25542545X-RAY DIFFRACTION96
2.52-2.630.24711270.26942570X-RAY DIFFRACTION97
2.63-2.770.31591430.29222544X-RAY DIFFRACTION96
2.77-2.950.32021360.28342560X-RAY DIFFRACTION96
2.95-3.170.23181350.27922565X-RAY DIFFRACTION97
3.17-3.490.27861440.25372623X-RAY DIFFRACTION97
3.49-40.19261560.19652633X-RAY DIFFRACTION99
4-5.040.17521380.1512701X-RAY DIFFRACTION99
5.04-50.030.19031370.18872855X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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