PDB-9kkt: Structure-guided interface engineering for modifying substrate bi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kkt

タイトル

Structure-guided interface engineering for modifying substrate binding and catalytic activity of 2-keto-3-deoxy-D-xylonate dehydratase

要素

Fumarylacetoacetate hydrolase family protein

キーワード

CARBOHYDRATE / apo

機能・相同性

: / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / isomerase activity / hydrolase activity / 2-OXO-4-METHYLPENTANOIC ACID / Fumarylacetoacetate hydrolase family protein

機能・相同性情報

生物種

Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Liang, B.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural directed engineering of 2-keto-3-deoxy-D-xylonate dehydratase for improving catalytic activity
著者: Liang, B.

履歴

登録	2024年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kkt.cif.gz	313.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kkt.ent.gz	253.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kkt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kkt_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kkt_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	9kkt_validation.xml.gz	40.5 KB	表示
CIF形式データ	9kkt_validation.cif.gz	57 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/9kkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/9kkt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9kkvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Fumarylacetoacetate hydrolase family protein

A: Fumarylacetoacetate hydrolase family protein

ヘテロ分子

82.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.160, 102.160, 211.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-836- HOH

#1: タンパク質	Fumarylacetoacetate hydrolase family protein / 2-keto-3-deoxy-D-xylonate dehydratase 分子量: 41166.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア) 遺伝子: xylX, CCNA_00866 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H3C4T2, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-COI / 2-OXO-4-METHYLPENTANOIC ACID / alpha-ketoisocaproic acid 分子量: 130.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.63 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M sodium malonate dialkali monohydrate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→31.06 Å / Num. obs: 75354 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 102.16
反射シェル	解像度: 2.01→2.06 Å / Num. unique obs: 5470 / CC_1/2: 0.995

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1.5286)	精密化
HKL-3000	7.21	データスケーリング
PHASER	2.7.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.01→31.06 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2076	3695	4.91 %
R_work	0.1751	-	-
obs	0.1767	75242	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→31.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5722	0	19	634	6375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5850
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.816	7939
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.355	3506
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	886
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1057

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.0365	0.3045	158	0.2622	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0365-2.0643	0.2746	140	0.2501	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0643-2.0938	0.2752	137	0.234	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0938-2.1251	0.2803	140	0.2133	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1251-2.1583	0.259	127	0.2116	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1583-2.1936	0.2547	134	0.2043	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1936-2.2315	0.2396	133	0.1969	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2315-2.272	0.2269	152	0.1909	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.272-2.3157	0.2381	130	0.1862	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3157-2.363	0.2416	145	0.185	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.363-2.4143	0.2753	142	0.19	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4143-2.4704	0.2543	135	0.1902	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4704-2.5322	0.2353	135	0.1866	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5322-2.6006	0.2214	123	0.1747	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6006-2.6771	0.2129	131	0.1891	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6771-2.7635	0.2423	143	0.1918	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7635-2.8621	0.2443	167	0.183	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8621-2.9766	0.2171	138	0.187	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9766-3.112	0.219	156	0.1857	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
3.112-3.2759	0.2294	142	0.1877	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2759-3.4808	0.1973	135	0.1794	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4808-3.7491	0.1957	160	0.167	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7491-4.1255	0.1928	150	0.1546	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1255-4.7204	0.1593	156	0.1356	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7204-5.9396	0.1641	151	0.1471	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9396-29.8401	0.1681	135	0.1707	3030	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4569	-0.3616	0.206	3.7455	0.7721	2.612	0.066	-0.4055	0.3809	0.2351	0.0063	0.1612	-0.4824	-0.345	-0.0615	0.3782	0.0914	0.0727	0.4234	-0.0838	0.2817	-38.2219	31.5962	2.3437
2	2.1755	0.5745	-0.7594	2.8748	1.0013	4.7734	0.0963	-0.4545	0.374	0.4989	-0.0454	0.0222	-0.4822	0.1034	-0.0146	0.3734	0.0583	-0.0291	0.2894	-0.0838	0.3192	-26.0786	36.6009	-2.2039
3	6.524	1.2057	-1.0475	2.2858	-2.2735	6.8921	0.665	1.1956	0.8988	-0.8942	0.234	1.6375	-0.8269	-0.4299	-0.8127	1.0897	0.2133	-0.1532	0.6106	0.1785	1.0518	-28.8291	44.5045	-41.8896
4	9.3897	-0.2218	-1.5171	4.7076	-1.3547	2.3018	0.0678	1.0739	0.9681	-1.3732	0.1916	1.1334	-0.7867	-1.0464	-0.2591	0.8508	0.0858	-0.2685	0.6022	0.1061	0.6251	-34.3643	35.4637	-42.0558
5	1.6609	-0.0503	-0.2384	1.1658	0.0635	1.641	-0.0295	-0.0899	0.3701	-0.0169	-0.0029	0.0224	-0.47	0.064	0.034	0.3556	0.0025	-0.0522	0.1994	-0.0328	0.3151	-25.2739	36.0499	-17.6202
6	5.4499	-0.045	1.9401	0.1305	-0.1079	1.2596	-0.1808	0.027	0.9292	-0.1854	-0.1746	0.3574	-0.6395	0.0337	0.3566	0.4801	0.0432	-0.026	0.2875	0.0162	0.3886	-34.2856	38.9347	-22.9528
7	2.4573	0.7651	0.4699	2.2212	-0.2806	1.6521	-0.1232	-0.022	0.4084	0.1236	0.0328	0.0929	-0.4993	0.1249	0.0795	0.3204	0.0223	-0.0125	0.2414	-0.0539	0.2399	-22.9944	34.8775	-10.9446
8	7.3431	-2.4439	-1.6495	5.7932	0.6965	4.2882	0.2463	0.2616	-0.307	-0.0715	-0.1643	-0.2296	0.6315	0.1326	-0.0736	0.2905	0.0844	-0.0575	0.2305	0.0362	0.2047	-15.0361	-3.3799	-10.1209
9	0.3327	0.563	-0.0111	7.2168	1.0024	2.1232	0.1123	-0.1468	-0.0921	0.3094	-0.1534	-0.3014	0.0282	0.0186	0.0471	0.2703	0.0266	-0.0736	0.3523	0.0419	0.2589	-12.8019	1.7813	-0.4038
10	2.0857	2.0072	-1.0583	4.5476	-1.2029	3.1171	-0.0384	-0.0416	-0.1292	0.0532	0.0205	0.2169	0.369	-0.2514	0.0324	0.1795	0.031	-0.0602	0.2865	0.0363	0.254	-21.5769	1.4187	-16.3496
11	4.4635	-2.0812	1.4339	4.1161	2.2066	5.0185	-0.002	0.4496	0.2389	-0.4721	0.0172	-0.1715	-0.6374	0.2804	-0.0331	0.3648	-0.0818	0.0158	0.312	0.049	0.2633	-13.0556	19.9854	-43.6159
12	4.7007	-4.2356	-1.1752	8.5663	-3.4473	9.0166	-0.1276	0.0039	0.0101	-0.3116	0.1458	-0.3303	-0.2522	0.4332	-0.0765	0.2058	-0.1099	0.0341	0.2817	0.0197	0.3325	1.9767	27.1361	-35.4446
13	0.662	0.0842	-0.0478	0.8271	-0.3006	1.4842	-0.0514	-0.018	-0.0127	0.0143	0.0213	-0.0812	-0.0203	0.0684	0.0329	0.1684	-0.0017	-0.0236	0.2204	0.0103	0.2181	-16.1588	11.2586	-23.8922

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 3 through 67 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 68 through 104 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 105 through 135 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 136 through 158 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 159 through 282 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 283 through 304 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 305 through 384 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 3 through 32 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 33 through 67 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 68 through 104 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 105 through 134 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 135 through 158 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 159 through 384 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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