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- PDB-9khp: The crystal structure of XhnM1 with SAH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9khp
タイトルThe crystal structure of XhnM1 with SAH
要素Class I SAM-dependent methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / methyl group / Xinhaicarxin BG
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CYSTEINE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Class I SAM-dependent methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces xinghaiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73006100024 Å
データ登録者Wu, L. / Tang, G.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Targeted Discovery and Characterization of Type-II PKS-NRPS Hybrid DNA-Alkylating Antibiotics.
著者: Nie, Q.Y. / Fang, S.Q. / Wu, L. / Gao, R.Q. / Hu, Y. / Ding, D. / Pan, H.X. / Pei, Z.F. / He, J.B. / Zhou, Q. / Chen, Z.H. / Hou, X.F. / Zhao, X.Q. / Tang, G.L.
履歴
登録2024年11月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class I SAM-dependent methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5407
ポリマ－29,7731
非ポリマー7676
水3,657203
1
A: Class I SAM-dependent methyltransferase
ヘテロ分子

A: Class I SAM-dependent methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,08114
ポリマ－59,5472
非ポリマー1,53412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+3/21
Buried area3640 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area21700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.990, 124.320, 69.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Class I SAM-dependent methyltransferase


分子量: 29773.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces xinghaiensis (バクテリア)
遺伝子: Sfr7A_13950, SFRA_005385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3R7FZU3

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非ポリマー , 6種, 209分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M imidazole hydrochloride acid pH 8.0,0.2 M calcium acetate, and 10% pEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→46.450163 Å / Num. obs: 27619 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 23.8497643409 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.74→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.94 / Num. unique obs: 3887 / CC1/2: 0.878

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73006100024→46.4501629927 Å / SU ML: 0.145262600305 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34362631118 / 位相誤差: 19.2753525329
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203326918856 1347 4.87760718424 %
Rwork0.177775340518 26269 -
obs0.179048283691 27616 98.1518339494 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.5872662042 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73006100024→46.4501629927 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1933 0 49 203 2185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006327398103522023
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9173667198872750
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0544578733308294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00587783715403374
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.20975120491189
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7301-1.79190.2685308841151220.2353228958992568X-RAY DIFFRACTION96.9369369369
1.7919-1.86360.2472928265481350.2156673316712548X-RAY DIFFRACTION97.528171574
1.8636-1.94850.2342678816421370.1983287291642573X-RAY DIFFRACTION97.4119338605
1.9485-2.05120.2163343294391450.1816715090912591X-RAY DIFFRACTION97.7491961415
2.0512-2.17970.2082443859991300.168006618962607X-RAY DIFFRACTION97.8198713367
2.1797-2.3480.2056825806981370.1700936866462611X-RAY DIFFRACTION98.2130092924
2.348-2.58430.2371665466131320.1834911816152622X-RAY DIFFRACTION98.3220278472
2.5843-2.95820.207232251761240.1839993700132647X-RAY DIFFRACTION98.9996427295
2.9582-3.72670.180071344111330.1663518179222701X-RAY DIFFRACTION99.194959748
3.7267-46.450162990.179417808071520.1674873522422801X-RAY DIFFRACTION99.2605042017

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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