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- PDB-9km6: The crystal structure of XhnM1 and its inhibitor sinefugin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9km6
タイトルThe crystal structure of XhnM1 and its inhibitor sinefugin
要素Class I SAM-dependent methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / complex / inhibitor / sinefugin
機能・相同性Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / SINEFUNGIN / Class I SAM-dependent methyltransferase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces xinghaiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.00003128301 Å
データ登録者Wu, L. / Tang, G.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Targeted Discovery and Characterization of Type-II PKS-NRPS Hybrid DNA-Alkylating Antibiotics.
著者: Nie, Q.Y. / Fang, S.Q. / Wu, L. / Gao, R.Q. / Hu, Y. / Ding, D. / Pan, H.X. / Pei, Z.F. / He, J.B. / Zhou, Q. / Chen, Z.H. / Hou, X.F. / Zhao, X.Q. / Tang, G.L.
履歴
登録2024年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年12月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class I SAM-dependent methyltransferase
B: Class I SAM-dependent methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,38911
ポリマ－64,1522
非ポリマー1,2389
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area21700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.020, 147.020, 128.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Class I SAM-dependent methyltransferase


分子量: 32075.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces xinghaiensis (バクテリア)
遺伝子: Sfr7A_13950, SFRA_005385 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3R7FZU3
#2: 化合物 ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE


分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: .01 M sodium chloride, 1.5 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→51.98 Å / Num. obs: 47707 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.1 % / Biso Wilson estimate: 36.5812247044 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 1.518 / Num. unique obs: 3461 / CC1/2: 0.836

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.00003128301→51.979419485 Å / SU ML: 0.242640284141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34640348899 / 位相誤差: 25.2935158279
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236415982384 2346 4.91823899371 %
Rwork0.200907483481 45354 -
obs0.202665974044 47700 99.9497108373 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.7978605113 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.00003128301→51.979419485 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3866 0 81 254 4201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002169299785994045
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5793713721355511
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0429997697501590
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00436751136853748
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.71949512832383
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0000313-2.04090.3106037077371370.2717727835542642X-RAY DIFFRACTION100
2.0409-2.08520.3084760906651350.2744183907412602X-RAY DIFFRACTION99.8176513494
2.0852-2.13370.2813983165831280.2471060711672660X-RAY DIFFRACTION100
2.1337-2.18710.2941853346331430.2327245551172637X-RAY DIFFRACTION99.9640417116
2.1871-2.24620.2674125933761300.2310775641762622X-RAY DIFFRACTION99.9273783588
2.2462-2.31230.2482598583571240.2408299790322650X-RAY DIFFRACTION99.8560115191
2.3123-2.3870.2899697184071430.2316998061762646X-RAY DIFFRACTION100
2.387-2.47230.2959077092111460.2367632622572632X-RAY DIFFRACTION100
2.4723-2.57130.3014745905661480.2347537054232640X-RAY DIFFRACTION100
2.5713-2.68830.2776808246011420.2415861519972638X-RAY DIFFRACTION100
2.6883-2.830.2577499025011310.2313597160592673X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.00730.2989257333141330.2303503662132677X-RAY DIFFRACTION100
3.0073-3.23950.2475613162681350.2179683721472662X-RAY DIFFRACTION100
3.2395-3.56540.2229041432151500.2011766708142677X-RAY DIFFRACTION99.9293036409
3.5654-4.08110.2324310377161190.1751757948772739X-RAY DIFFRACTION100
4.0811-5.14110.1889879266981490.1565189644522712X-RAY DIFFRACTION100
5.1411-51.9790.1909155695131530.176347726712845X-RAY DIFFRACTION99.6675531915

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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