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- PDB-9kg5: Crystal structure of the CYP154C5 F92A/R114A/T248D/E282A variant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kg5
タイトルCrystal structure of the CYP154C5 F92A/R114A/T248D/E282A variant from Nocardia farcinica
要素Cytochrome P450 monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / Monooxygenase / Metalloprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / TESTOSTERONE / Cytochrome P450 monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Nocardia farcinica IFM 10152 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Qin, M.M. / Fan, S.X. / Cong, Z.Q. / Jiang, Y.P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Semirationally Engineering an Efficient P450 Peroxygenase for Regio- and Enantioselective Hydroxylation of Steroids
著者: Fan, S. / Qin, M. / Wang, Q. / Jiang, Y. / Cong, Z.
履歴
登録2024年11月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cytochrome P450 monooxygenase
A: Cytochrome P450 monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,98216
ポリマ－94,3692
非ポリマー2,61314
水13,637757
1
B: Cytochrome P450 monooxygenase
A: Cytochrome P450 monooxygenase
ヘテロ分子

B: Cytochrome P450 monooxygenase
A: Cytochrome P450 monooxygenase
ヘテロ分子

B: Cytochrome P450 monooxygenase
A: Cytochrome P450 monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,94748
ポリマ－283,1086
非ポリマー7,83942
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area24700 Å2
ΔGint-397 kcal/mol
Surface area89130 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6590 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area31350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.360, 103.360, 218.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Cytochrome P450 monooxygenase


分子量: 47184.699 Da / 分子数: 2 / 変異: F92A,R114A,T248D,E282A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nocardia farcinica IFM 10152 (バクテリア)
遺伝子: NFA_53110 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5YNS8

-
非ポリマー , 7種, 771分子

#2: 化合物 ChemComp-TES / TESTOSTERONE


分子量: 288.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 757 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 205mM MgCl2,5mM CdCl2,100mM HEPES PH 7.5, 12% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→27.61 Å / Num. obs: 86129 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 440282
反射 シェル解像度: 1.76→1.81 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.999 / Num. measured all: 32101 / Num. unique obs: 6429 / CC1/2: 0.603 / Rpim(I) all: 0.497 / Rrim(I) all: 1.117 / Χ2: 0.7 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 9JS9

9js9


解像度: 1.85→24.67 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2015 1718 2.32 %
Rwork0.1881 --
obs0.1884 74031 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6135 0 143 757 7035
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6388903
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4472314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421048
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041135
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.33241380.26975970X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.970.26141460.26266068X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.040.24541430.22366010X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.120.23541420.21266041X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.210.22231430.21166025X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.330.25731400.20186001X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.480.20461450.20786039X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.670.22471420.19956020X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.940.21461480.20436059X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.360.23381440.18916029X-RAY DIFFRACTION100
3.36-4.230.1751400.16056027X-RAY DIFFRACTION100
4.23-24.670.14781470.16086024X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.7519 Å / Origin y: -15.5058 Å / Origin z: 4.2794 Å
111213212223313233
T0.1544 Å20.0248 Å20.0053 Å2-0.1909 Å2-0.0073 Å2--0.2016 Å2
L0.1563 °20.0656 °2-0.0504 °2-0.2282 °2-0.0521 °2--0.4838 °2
S-0.0025 Å °0.0144 Å °0.016 Å °0.0112 Å °0.005 Å °0.0288 Å °-0.0205 Å °-0.0666 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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