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万見
- PDB-9kfu: Human FGFR3 in complex with inhibitor F1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kfu
タイトルHuman FGFR3 in complex with inhibitor F1
要素Fibroblast growth factor receptor 3
キーワードTRANSFERASE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


t(4;14) translocations of FGFR3 / negative regulation of developmental growth / fibroblast growth factor receptor apoptotic signaling pathway / Signaling by FGFR3 fusions in cancer / bone maturation / chondrocyte proliferation / endochondral bone growth / FGFR3b ligand binding and activation / positive regulation of phospholipase activity / Signaling by activated point mutants of FGFR3 ...t(4;14) translocations of FGFR3 / negative regulation of developmental growth / fibroblast growth factor receptor apoptotic signaling pathway / Signaling by FGFR3 fusions in cancer / bone maturation / chondrocyte proliferation / endochondral bone growth / FGFR3b ligand binding and activation / positive regulation of phospholipase activity / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / endochondral ossification / fibroblast growth factor receptor activity / bone morphogenesis / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / PI-3K cascade:FGFR3 / bone mineralization / fibroblast growth factor binding / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / chondrocyte differentiation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / transport vesicle / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / skeletal system development / Negative regulation of FGFR3 signaling / receptor protein-tyrosine kinase / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / MAPK cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 3 transmembrane domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Fibroblast growth factor receptor 3 transmembrane domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Fibroblast growth factor receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Zhang, J. / Song, K. / Li, M.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Mach Intell / 年: 2025
タイトル: Electron-density-informed effective and reliable de novo molecular design and optimization with ED2Mol
著者: Li, M. / Song, K. / He, J. / Zhao, M. / You, G. / Zhong, J. / Zhao, M. / Li, A. / Chen, Y. / Li, G. / Kong, Y. / Wei, J. / Wang, Z. / Zhou, J. / Yang, H. / Ma, S. / Zhang, H. / Melita, I.L. / ...著者: Li, M. / Song, K. / He, J. / Zhao, M. / You, G. / Zhong, J. / Zhao, M. / Li, A. / Chen, Y. / Li, G. / Kong, Y. / Wei, J. / Wang, Z. / Zhou, J. / Yang, H. / Ma, S. / Zhang, H. / Melita, I.L. / Lin, W. / Lu, Y. / Yu, Z. / Lu, X. / Zhao, Y. / Zhang, J.
履歴
登録2024年11月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4417
ポリマ－34,7341
非ポリマー7066
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area14270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.610, 71.610, 153.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 3 / FGFR-3


分子量: 34734.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR3, JTK4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22607, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1L5T / (7~{S})-2-azanyl-7-(4-fluorophenyl)-6,7-dihydro-4~{H}-[1,3]thiazolo[4,5-b]pyridin-5-one


分子量: 263.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10FN3OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.78 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25mM HEPES pH7.5, 1.8-2.0 M LiSO4, 10 Mm CoCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→76.88 Å / Num. obs: 79055 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.196 / Num. unique obs: 3849

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
Cootモデル構築
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→52.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.49 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2509 3944 5 %RANDOM
Rwork0.22783 ---
obs0.22899 74982 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å20 Å20 Å2
2--1.05 Å20 Å2
3----2.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→52.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2250 0 39 179 2468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0122334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0162253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9691.8453164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7261.7735190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0955286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.639516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.82310408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022699
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02511
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7612.6481151
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7542.6471150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9544.711431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9564.7131432
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9463.0651183
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8333.0181168
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7535.3761709
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.75826.872587
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.75226.332561
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.403→1.439 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.525 289 -
Rwork0.516 5447 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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