PDB-9kf8: Crystal structure of ferritin mutant (E53H/E57H/E60H/R64H)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kf8

タイトル

Crystal structure of ferritin mutant (E53H/E57H/E60H/R64H)

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / 24-mer ferritin cage Histidine mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

ferritin complex / autolysosome / ferric iron binding / autophagosome / iron ion transport / ferrous iron binding / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.501 Å

データ登録者

Tian, J. / Maity, B. / Abe, S. / Ueno, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: An Artificial Metal-Free Peroxidase Designed Using a Ferritin Cage for Bioinspired Catalysis.
著者: Tian, J. / Maity, B. / Furuta, T. / Pan, T. / Ueno, T.

履歴

登録	2024年11月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kf8.cif.gz	62.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kf8.ent.gz	44.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kf8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kf8_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kf8_full_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示
XML形式データ	9kf8_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	9kf8_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/9kf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/9kf8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9kf5C 9kf7C 9kf9C 9kfaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (10) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

21.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, Size exclusion chromatography
521 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.930, 180.930, 180.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-604- CD
2	1	A-605- CD
3	1	A-607- CD
4	1	A-947- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ferritin light chain / Ferritin L subunit 分子量: 19880.480 Da / 分子数: 1 / 変異: E53H/E57H/E60H/R64H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791

-
非ポリマー , 5種, 285分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Precipitant: (NH4)2SO4 (0.5-1.0M), CdSO4(12-20mM) Protein: 15-20mg/ml Crystallization drop: 1:1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Ambient temp details: liquid nitrogen vapor / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.543 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.543 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20.24 Å / Num. obs: 41042 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1994 / CC_1/2: 0.819 / R_pim(I) all: 0.276 / R_rim(I) all: 0.671 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrysalisPro		データ収集
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0425	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.501→20.237 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 0.963 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.056 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1706	1988	4.854 %
R_work	0.1564	38967	-
all	0.157	-	-
obs	-	40955	99.905 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.501→20.237 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1399	0	48	266	1713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.957	1.847	2107
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.659	1.783	3387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.602	5	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.032	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.116	10	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.862	10	81
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	375
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.252	0.2	351
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	735
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	777
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.02	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.257	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.352	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.347	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.414	0.891	729
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.39	0.891	729
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.373	1.587	919
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.372	1.593	920
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.578	1.217	822
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.401	1.181	803
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.944	2.079	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.796	2.008	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.446	14.769	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.198	12.192	1839

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.501-1.54	0.197	161	0.214	2791	0.213	2952	0.973	0.97	100	0.179
1.54-1.582	0.182	110	0.2	2770	0.2	2880	0.976	0.973	100	0.168
1.582-1.627	0.19	140	0.192	2660	0.192	2800	0.977	0.975	100	0.156
1.627-1.677	0.171	131	0.177	2599	0.177	2730	0.98	0.979	100	0.143
1.677-1.732	0.195	145	0.17	2498	0.171	2643	0.975	0.982	100	0.136
1.732-1.792	0.169	116	0.166	2459	0.166	2575	0.982	0.982	100	0.132
1.792-1.859	0.16	113	0.157	2370	0.157	2483	0.985	0.984	100	0.125
1.859-1.934	0.17	117	0.153	2264	0.154	2381	0.982	0.985	100	0.125
1.934-2.02	0.178	117	0.151	2190	0.152	2307	0.984	0.986	100	0.122
2.02-2.117	0.158	122	0.136	2095	0.137	2217	0.987	0.989	100	0.111
2.117-2.23	0.167	92	0.132	2004	0.133	2096	0.983	0.99	100	0.111
2.23-2.364	0.15	81	0.133	1929	0.134	2010	0.986	0.989	100	0.113
2.364-2.524	0.182	90	0.13	1805	0.132	1896	0.982	0.99	99.9473	0.111
2.524-2.723	0.156	87	0.133	1685	0.134	1773	0.985	0.989	99.9436	0.114
2.723-2.978	0.153	74	0.135	1564	0.136	1638	0.987	0.989	100	0.118
2.978-3.32	0.138	72	0.145	1425	0.145	1498	0.989	0.987	99.9332	0.131
3.32-3.817	0.167	64	0.146	1284	0.147	1348	0.984	0.987	100	0.138
3.817-4.634	0.164	69	0.151	1093	0.151	1162	0.982	0.986	100	0.149
4.634-6.387	0.211	65	0.205	884	0.205	950	0.98	0.98	99.8947	0.2
6.387-20.237	0.221	22	0.226	598	0.226	621	0.97	0.969	99.839	0.222

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関連情報:EMDBヘッダ

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