PDB-9kfa: Crystal structure of ferritin mutantFr-H8 (R52H/E53H/E56H/E57H/R5...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kfa

タイトル

Crystal structure of ferritin mutantFr-H8 (R52H/E53H/E56H/E57H/R59H/E60H/E63H/R64H)

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / 24-mer ferritin cage Histidine mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

ferritin complex / autolysosome / ferric iron binding / autophagosome / iron ion transport / ferrous iron binding / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Tian, J. / Maity, B. / Furuta, T. / Pan, T. / Abe, S. / Ueno, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: An Artificial Metal-Free Peroxidase Designed Using a Ferritin Cage for Bioinspired Catalysis
著者: Tian, J. / Maity, B. / Furuta, T. / Pan, T. / Ueno, T.

履歴

登録	2024年11月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kfa.cif.gz	60.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kfa.ent.gz	42.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kfa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kfa_validation.pdf.gz	449.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kfa_full_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示
XML形式データ	9kfa_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	9kfa_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/9kfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/9kfa	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9kf5C 9kf7C 9kf8C 9kf9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (10) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
505 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.999, 181.999, 181.999
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- CD
2	1	A-204- CD
3	1	A-205- CD

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ferritin light chain / Ferritin L subunit 分子量: 19860.453 Da / 分子数: 1 / 変異: R52H/E53H/E56H/E57H/R59H/E60H/E63H/R64H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791

-
非ポリマー , 5種, 272分子

#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Precipitant: (NH4)2SO4 (0.5-1.0M), CdSO4(12-20mM) Protein: 15-20mg/ml Crystallization drop: 1:1 Temp details: Incubation

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen vapor / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.543 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.543 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→22.26 Å / Num. obs: 41576 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.881 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1744 / CC_1/2: 0.797 / R_pim(I) all: 0.376 / R_rim(I) all: 0.96 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrysalisPro		データ収集
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0267	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→22.235 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 1.413 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2424	2089	5.048 %
R_work	0.2158	39295	-
all	0.217	-	-
obs	-	41384	99.107 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.528 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→22.235 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1391	0	23	260	1674

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.767	1.623	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.636	1.582	3206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.764	5	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.843	22.273	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.138	15	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.426	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	365
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.261	0.2	370
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	719
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	657
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.09	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.217	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.01	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.078	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.315	1.118	719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.314	1.114	718
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.161	1.667	906
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.16	1.671	907
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.578	1.449	784
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.42	1.422	777
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.09	2.064	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.863	2.02	1119
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.851	15.531	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.616	14.601	1792

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.25	145	0.242	2843	0.243	2989	0.874	0.881	99.9665	0.228
1.539-1.581	0.254	155	0.226	2812	0.228	2968	0.886	0.889	99.9663	0.21
1.581-1.627	0.254	150	0.206	2686	0.209	2836	0.899	0.908	100	0.183
1.627-1.676	0.208	129	0.207	2656	0.207	2786	0.933	0.923	99.9641	0.182
1.676-1.731	0.275	140	0.197	2544	0.201	2684	0.903	0.93	100	0.171
1.731-1.792	0.209	140	0.188	2505	0.189	2645	0.937	0.941	100	0.16
1.792-1.859	0.222	126	0.188	2389	0.19	2515	0.935	0.942	100	0.158
1.859-1.934	0.555	131	0.531	2227	0.532	2447	0.696	0.715	96.3629	0.481
1.934-2.019	0.319	116	0.312	2143	0.312	2333	0.867	0.87	96.8281	0.226
2.019-2.117	0.18	105	0.162	2165	0.163	2270	0.959	0.965	100	0.135
2.117-2.23	0.356	101	0.272	1973	0.275	2155	0.895	0.914	96.2413	0.192
2.23-2.364	0.338	111	0.351	1838	0.35	2026	0.844	0.83	96.1994	0.274
2.364-2.525	0.221	93	0.141	1845	0.145	1938	0.954	0.967	100	0.119
2.525-2.725	0.205	89	0.145	1699	0.148	1790	0.959	0.969	99.8883	0.122
2.725-2.98	0.162	89	0.141	1588	0.142	1680	0.97	0.974	99.8214	0.119
2.98-3.325	0.165	76	0.149	1442	0.15	1520	0.968	0.975	99.8684	0.13
3.325-3.825	0.175	71	0.176	1289	0.176	1370	0.966	0.968	99.2701	0.15
3.825-4.65	0.153	51	0.16	1137	0.16	1192	0.975	0.972	99.6644	0.144
4.65-6.437	0.22	40	0.196	920	0.197	961	0.963	0.968	99.8959	0.176
6.437-22.235	0.219	31	0.241	594	0.24	626	0.958	0.95	99.8403	0.216

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