PDB-9kf5: Crystal structure of Ferritin mutant(E53H/E57H)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kf5

タイトル

Crystal structure of Ferritin mutant(E53H/E57H)

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / 24-mer ferritin cage Histidine mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

ferritin complex / autolysosome / ferric iron binding / autophagosome / iron ion transport / ferrous iron binding / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Tian, J. / Maity, B. / Furuta, T. / Pan, T. / Abe, S. / Ueno, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: An Artificial Metal-Free Peroxidase Designed Using a Ferritin Cage for Bioinspired Catalysis.
著者: Tian, J. / Maity, B. / Furuta, T. / Pan, T. / Ueno, T.

履歴

登録	2024年11月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kf5.cif.gz	61.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kf5.ent.gz	43.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kf5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kf5_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kf5_full_validation.pdf.gz	445.7 KB	表示
XML形式データ	9kf5_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	9kf5_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/9kf5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/9kf5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9kf7C 9kf8C 9kf9C 9kfaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (10) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

20.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
500 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.681, 182.681, 182.681
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-604- CD
2	1	A-606- CD
3	1	A-607- CD
4	1	A-863- HOH
5	1	A-953- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ferritin light chain / Ferritin L subunit 分子量: 19890.494 Da / 分子数: 1 / 変異: E53H/E57H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791

-
非ポリマー , 5種, 283分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Precipitant: (NH4)2SO4 (0.5-1.0M); CdSO4(12-20mM) Protein: 15-20mg/ml Crystallization drop: 1:1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.543 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.543 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→23.81 Å / Num. obs: 42036 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 1.5→1.66 Å / R_merge(I) obs: 0.697 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1599 / CC_1/2: 0.796 / R_rim(I) all: 0.769

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrysalisPro		データ収集
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0267	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→23.783 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 1.569 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2409	2100	5.046 %
R_work	0.2189	39521	-
all	0.22	-	-
obs	-	41621	98.507 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.354 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→23.783 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1389	0	20	273	1682

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.707	1.635	2007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.6	1.586	3248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.505	5	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.519	22.174	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.716	15	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.142	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.254	0.2	362
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.167	0.2	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	717
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	611
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.097	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.24	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.393	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.068	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.217	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.123	0.984	713
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.096	0.974	711
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.816	1.465	896
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.812	1.464	896
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.327	1.264	771
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.317	1.257	768
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.621	1.787	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.628	1.773	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.283	14.005	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.989	12.837	1766

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.28	153	0.269	2916	0.269	3072	0.814	0.829	99.9023	0.257
1.539-1.581	0.272	151	0.252	2814	0.253	2965	0.833	0.849	100	0.238
1.581-1.627	0.265	153	0.236	2725	0.238	2878	0.874	0.874	100	0.219
1.627-1.676	0.232	132	0.219	2710	0.219	2842	0.903	0.896	100	0.196
1.676-1.731	0.224	145	0.207	2577	0.208	2722	0.91	0.913	100	0.183
1.731-1.792	0.24	140	0.194	2508	0.197	2648	0.918	0.928	100	0.168
1.792-1.859	0.203	124	0.183	2422	0.184	2546	0.934	0.934	100	0.158
1.859-1.934	0.55	127	0.54	2141	0.541	2471	0.595	0.603	91.7847	0.513
1.934-2.02	0.341	118	0.286	2144	0.289	2380	0.873	0.893	95.042	0.217
2.02-2.117	0.156	99	0.15	2186	0.15	2285	0.969	0.972	100	0.129
2.117-2.231	0.283	102	0.266	1926	0.267	2170	0.885	0.887	93.4562	0.194
2.231-2.365	0.359	105	0.385	1843	0.383	2056	0.809	0.792	94.7471	0.323
2.365-2.526	0.16	98	0.126	1845	0.127	1943	0.964	0.973	100	0.106
2.526-2.726	0.171	89	0.13	1753	0.132	1842	0.968	0.976	100	0.107
2.726-2.983	0.185	90	0.135	1598	0.138	1688	0.962	0.972	100	0.114
2.983-3.328	0.165	76	0.15	1467	0.151	1544	0.971	0.971	99.9352	0.128
3.328-3.831	0.187	75	0.192	1287	0.191	1388	0.955	0.956	98.1268	0.162
3.831-4.661	0.15	51	0.149	1143	0.149	1199	0.976	0.975	99.583	0.13
4.661-6.469	0.268	41	0.191	920	0.194	961	0.939	0.966	100	0.167
6.469-23.783	0.158	31	0.207	595	0.203	627	0.978	0.961	99.8405	0.176

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 283分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 5種, 283分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 283分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)