PDB-9kec: Crystal structure of the PIN1 and fragment 25 complex.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kec

タイトル

Crystal structure of the PIN1 and fragment 25 complex.

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

キーワード

ISOMERASE / cis-trans isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / protein targeting to mitochondrion / protein peptidyl-prolyl isomerization / regulation of mitotic nuclear division ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Xiao, Q.J. / Wu, T.T. / Shu, H.L. / Qin, W.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Uncovering druggable hotspots on Pin1 via X-ray crystallographic fragment screening.
著者: Xiao, Q. / Tang, J. / Shu, H. / Wu, T. / Zhang, H. / Wang, W. / Wang, L. / Qin, W.

履歴

登録	2024年11月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kec.cif.gz	79.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kec.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kec.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kec_validation.pdf.gz	969.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kec_full_validation.pdf.gz	969.9 KB	表示
XML形式データ	9kec_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	9kec_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/9kec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/9kec	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jyoC 9jypC 9jyrC 9jytC 9jyvC 9jz2C 9jz3C 9jz4C 9jz6C 9jzgC 9jzsC 9jzuC 9jzvC 9ke7C 9ke9C 9kebC 9kelC 9keqC 9kesC 9kewC 9keyC 9kezC 9kf0C 9kfcC 9kfhC 9kg9C 9kxhC 9kxiC 9kxjC 9kxlC 9kxmC 9kxnC 9kxqC 9v92C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (8)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

ヘテロ分子

19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.431, 69.431, 79.191
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase Pin1 / PPIase Pin1 / Rotamase Pin1 分子量: 18185.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13526, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL 分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₉
#3: 化合物	ChemComp-A1EE6 / N-[(4-fluorophenyl)methyl]-4-oxidanyl-butanamide / Maybridge3_001920 分子量: 211.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₄FNO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.41 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 2.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M HEPES BUFFER PH7.5, 1% PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: NFPSS

/ ビームライン: BL18U / 波長: 0.96 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 25787 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.123 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.126 / Χ²: 1.199 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 499610

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.68-1.71	15	0.932	1256	0.924	0.98	0.242	0.964	0.518	100
1.71-1.74	17.4	0.972	1284	0.935	0.983	0.236	1.001	0.542	100
1.74-1.77	19.1	0.763	1261	0.981	0.995	0.179	0.784	0.545	100
1.77-1.81	19.7	0.686	1275	0.977	0.994	0.159	0.705	0.577	100
1.81-1.85	19.3	0.564	1275	0.982	0.995	0.131	0.58	0.628	100
1.85-1.89	20.2	0.579	1258	0.983	0.996	0.132	0.594	0.729	100
1.89-1.94	19.6	0.594	1276	0.982	0.996	0.138	0.61	1.092	100
1.94-1.99	20	0.398	1291	0.986	0.997	0.092	0.409	0.938	100
1.99-2.05	20.8	0.329	1262	0.986	0.997	0.074	0.337	0.935	100
2.05-2.12	20.2	0.32	1288	0.992	0.998	0.073	0.328	1.159	100
2.12-2.19	19.8	0.245	1275	0.995	0.999	0.057	0.251	1.135	100
2.19-2.28	19.5	0.23	1269	0.993	0.998	0.054	0.237	1.337	100
2.28-2.38	19.7	0.199	1281	0.994	0.998	0.046	0.204	1.243	100
2.38-2.51	20.5	0.171	1308	0.996	0.999	0.039	0.175	1.39	100
2.51-2.67	20.3	0.157	1286	0.994	0.998	0.036	0.161	1.531	100
2.67-2.87	19.6	0.136	1292	0.996	0.999	0.032	0.14	1.689	100
2.87-3.16	19.8	0.116	1307	0.996	0.999	0.027	0.119	1.888	100
3.16-3.62	20	0.099	1308	0.998	0.999	0.023	0.101	2.161	100
3.62-4.56	19	0.083	1323	0.998	0.999	0.019	0.085	2.21	100
4.56-50	18	0.067	1412	0.998	1	0.016	0.069	1.38	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.68→30.06 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2213	1982	7.72 %
R_work	0.1942	-	-
obs	0.1963	25657	99.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→30.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1170	0	40	149	1359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1248
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.987	1668
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.885	198
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	163
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	215

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.72	0.3496	139	0.284	1651	X-RAY DIFFRACTION	99
1.72-1.77	0.2991	135	0.2541	1658	X-RAY DIFFRACTION	99
1.77-1.82	0.2757	139	0.2388	1671	X-RAY DIFFRACTION	99
1.82-1.88	0.2942	144	0.2249	1675	X-RAY DIFFRACTION	99
1.88-1.94	0.2481	140	0.2347	1660	X-RAY DIFFRACTION	99
1.94-2.02	0.2788	141	0.2055	1663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.11	0.2224	141	0.2058	1675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.22	0.2454	139	0.2001	1686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.36	0.2593	140	0.208	1671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.55	0.2293	142	0.1942	1698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.8	0.2308	143	0.2119	1700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.21	0.2134	144	0.1991	1720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-4.04	0.1844	143	0.1691	1734	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-30.06	0.1977	152	0.1769	1813	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2647	0.4736	0.1644	1.2768	-0.2761	2.2827	-0.166	0.1287	0.2039	-0.1374	0.1494	0.3275	-0.1337	-0.2511	0.0573	0.343	-0.12	0.013	0.2912	0.0014	0.3151	19.2569	-20.0723	6.5184
2	2.2555	-0.2444	0.7446	1.0833	0.0561	1.9765	0.0308	0.0078	-0.258	-0.1501	-0.0026	-0.0756	0.1045	0.5144	-0.039	0.212	-0.0251	0.0047	0.361	-0.0295	0.2552	36.7017	-29.6164	12.6696
3	1.0289	-0.4751	0.0399	1.5962	0.0414	2.3929	-0.085	-0.0479	0.0963	-0.0481	0.1281	-0.0936	-0.5426	0.4757	-0.0449	0.2991	-0.1276	0.0115	0.3031	-0.0149	0.2254	30.9547	-16.6771	14.6921

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 62 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 110 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 163 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)