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- PDB-9k9w: structure of bundle-shaped PBS with short rod -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k9w
タイトルstructure of bundle-shaped PBS with short rod
要素
  • (Allophycocyanin ...) x 2
  • (Phycocyanin-associated rod linker ...) x 2
  • CpcD protein
  • Glr1262 protein
  • Glr2806 protein
  • Phycobiliprotein ApcE
  • Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
  • Phycocyanin alpha chain
  • Phycocyanin beta chain
キーワードPHOTOSYNTHESIS / phycobilisome / light-harvesting complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain ...Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / Phycocyanin beta chain / Phycocyanin alpha chain / Phycocyanin-associated rod linker protein / Glr2806 protein / CpcD protein / Glr1262 protein / Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core / Allophycocyanin beta subunit / Allophycocyanin alpha subunit ...PHYCOCYANOBILIN / Phycocyanin beta chain / Phycocyanin alpha chain / Phycocyanin-associated rod linker protein / Glr2806 protein / CpcD protein / Glr1262 protein / Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core / Allophycocyanin beta subunit / Allophycocyanin alpha subunit / Phycobiliprotein ApcE / Phycocyanin-associated rod linker protein
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sui, S.-F. / Ma, J. / You, X. / Sun, S.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670745 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31861143048 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Light-induced structural adaptation of the bundle-shaped phycobilisome from thylakoid-lacking cyanobacterium Gloeobacter violaceus
著者: Ma, J. / You, X. / Sun, S. / Sui, S.F.
履歴
登録2024年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allophycocyanin beta subunit
Z: Allophycocyanin beta subunit
AA: Phycocyanin alpha chain
BA: Phycocyanin beta chain
CA: Phycocyanin alpha chain
DA: Phycocyanin beta chain
EA: Phycocyanin alpha chain
FA: Phycocyanin beta chain
GA: Phycocyanin alpha chain
HA: Phycocyanin beta chain
IA: Phycocyanin alpha chain
JA: Phycocyanin beta chain
KA: Phycocyanin alpha chain
LA: Phycocyanin beta chain
MA: Phycocyanin-associated rod linker protein
NA: Phycocyanin-associated rod linker protein
OA: Phycocyanin alpha chain
PA: Phycocyanin beta chain
QA: Phycocyanin alpha chain
RA: Phycocyanin beta chain
SA: Phycocyanin alpha chain
TA: Phycocyanin beta chain
UA: Phycocyanin alpha chain
VA: Phycocyanin beta chain
WA: Phycocyanin alpha chain
XA: Phycocyanin beta chain
YA: Phycocyanin alpha chain
ZA: Phycocyanin beta chain
O1: Phycocyanin alpha chain
P1: Phycocyanin beta chain
Q1: Phycocyanin alpha chain
R1: Phycocyanin beta chain
S1: Phycocyanin alpha chain
A1: Phycocyanin alpha chain
G3: Phycocyanin alpha chain
H3: Phycocyanin beta chain
I3: Phycocyanin alpha chain
J3: Phycocyanin beta chain
K3: Phycocyanin alpha chain
G2: Phycocyanin alpha chain
H2: Phycocyanin beta chain
I2: Phycocyanin alpha chain
J2: Phycocyanin beta chain
K2: Phycocyanin alpha chain
L2: Phycocyanin beta chain
M2: Glr2806 protein
N2: CpcD protein
A3: Phycocyanin alpha chain
B3: Phycocyanin beta chain
C3: Phycocyanin alpha chain
D3: Phycocyanin beta chain
E3: Phycocyanin alpha chain
F3: Phycocyanin beta chain
Z3: Phycocyanin beta chain
A4: Phycocyanin alpha chain
B4: Phycocyanin beta chain
C4: Phycocyanin alpha chain
D4: Phycocyanin beta chain
L3: Phycocyanin beta chain
M3: Phycocyanin-associated rod linker protein
N3: Phycocyanin-associated rod linker protein
O3: Phycocyanin alpha chain
P3: Phycocyanin beta chain
Q3: Phycocyanin alpha chain
R3: Phycocyanin beta chain
S3: Phycocyanin alpha chain
T3: Phycocyanin beta chain
U3: Phycocyanin alpha chain
V3: Phycocyanin beta chain
W3: Phycocyanin alpha chain
X3: Phycocyanin beta chain
Y3: Phycocyanin alpha chain
B1: Phycocyanin beta chain
S4: Phycocyanin beta chain
T4: Phycocyanin alpha chain
U4: Phycocyanin beta chain
V4: Phycocyanin alpha chain
W4: Phycocyanin beta chain
E4: Phycocyanin alpha chain
F4: Phycocyanin beta chain
G4: Phycocyanin alpha chain
H4: Phycocyanin beta chain
I4: Phycocyanin alpha chain
J4: Phycocyanin beta chain
K4: Phycocyanin alpha chain
L4: Phycocyanin beta chain
M4: Phycocyanin-associated rod linker protein
N4: Phycocyanin alpha chain
O4: Phycocyanin beta chain
P4: Phycocyanin alpha chain
Q4: Phycocyanin beta chain
R4: Phycocyanin alpha chain
K5: Allophycocyanin alpha subunit
L5: Allophycocyanin beta subunit
M5: Allophycocyanin alpha subunit
N5: Allophycocyanin beta subunit
O5: Allophycocyanin alpha subunit
X4: Phycocyanin alpha chain
Y4: Phycocyanin beta chain
Z4: Phycocyanin-associated rod linker protein
A5: Allophycocyanin alpha subunit
B5: Allophycocyanin beta subunit
C5: Allophycocyanin alpha subunit
D5: Allophycocyanin beta subunit
E5: Allophycocyanin alpha subunit
F5: Allophycocyanin beta subunit
G5: Allophycocyanin alpha subunit
H5: Allophycocyanin beta subunit
I5: Allophycocyanin alpha subunit
J5: Allophycocyanin beta subunit
C1: Phycocyanin alpha chain
c5: Allophycocyanin alpha subunit
d5: Allophycocyanin beta subunit
e5: Allophycocyanin alpha subunit
f5: Allophycocyanin beta subunit
P5: Allophycocyanin beta subunit
Q5: Allophycocyanin alpha subunit
R5: Allophycocyanin beta subunit
S5: Allophycocyanin alpha subunit
T5: Allophycocyanin beta subunit
U5: Allophycocyanin alpha subunit
V5: Allophycocyanin beta subunit
W5: Allophycocyanin alpha subunit
X5: Allophycocyanin beta subunit
Y5: Allophycocyanin alpha subunit
Z5: Allophycocyanin beta subunit
a5: Allophycocyanin alpha subunit
b5: Allophycocyanin beta subunit
J6: Phycocyanin beta chain
K6: Phycocyanin alpha chain
L6: Phycocyanin beta chain
M6: Glr2806 protein
N6: CpcD protein
A7: Allophycocyanin alpha subunit
z5: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
i5: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
j5: Phycobiliprotein ApcE
k5: Phycobiliprotein ApcE
A6: Phycocyanin alpha chain
B6: Phycocyanin beta chain
C6: Phycocyanin alpha chain
D6: Phycocyanin beta chain
E6: Phycocyanin alpha chain
F6: Phycocyanin beta chain
G6: Phycocyanin alpha chain
H6: Phycocyanin beta chain
I6: Phycocyanin alpha chain
D1: Phycocyanin beta chain
O7: Allophycocyanin alpha subunit
P7: Allophycocyanin beta subunit
Q7: Allophycocyanin alpha subunit
R7: Allophycocyanin beta subunit
S7: Allophycocyanin alpha subunit
B7: Allophycocyanin beta subunit
C7: Allophycocyanin alpha subunit
D7: Allophycocyanin beta subunit
E7: Allophycocyanin alpha subunit
F7: Allophycocyanin beta subunit
G7: Allophycocyanin alpha subunit
H7: Allophycocyanin beta subunit
I7: Allophycocyanin alpha subunit
J7: Allophycocyanin beta subunit
K7: Allophycocyanin alpha subunit
L7: Allophycocyanin beta subunit
M7: Allophycocyanin alpha subunit
N7: Allophycocyanin beta subunit
g7: Allophycocyanin alpha subunit
h7: Allophycocyanin beta subunit
i7: Allophycocyanin alpha subunit
j7: Allophycocyanin beta subunit
k7: Allophycocyanin alpha subunit
T7: Allophycocyanin beta subunit
U7: Allophycocyanin alpha subunit
V7: Allophycocyanin beta subunit
W7: Allophycocyanin alpha subunit
X7: Allophycocyanin beta subunit
Y7: Allophycocyanin alpha subunit
Z7: Allophycocyanin beta subunit
a7: Allophycocyanin alpha subunit
b7: Allophycocyanin beta subunit
c7: Allophycocyanin alpha subunit
d7: Allophycocyanin beta subunit
e7: Allophycocyanin alpha subunit
f7: Allophycocyanin beta subunit
E1: Phycocyanin alpha chain
A8: Phycocyanin alpha chain
B8: Phycocyanin beta chain
C8: Phycocyanin alpha chain
D8: Phycocyanin beta chain
E8: Phycocyanin alpha chain
l7: Allophycocyanin beta subunit
m7: Allophycocyanin alpha subunit
n7: Allophycocyanin beta subunit
o7: Allophycocyanin alpha subunit
p7: Allophycocyanin beta subunit
q7: Allophycocyanin alpha subunit
r7: Allophycocyanin beta subunit
s7: Allophycocyanin alpha subunit
t7: Allophycocyanin beta subunit
u7: Allophycocyanin alpha subunit
v7: Allophycocyanin beta subunit
z7: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
w7: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
x7: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
y7: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
T8: Phycocyanin alpha chain
U8: Phycocyanin beta chain
V8: Phycocyanin alpha chain
W8: Phycocyanin beta chain
X8: Phycocyanin alpha chain
F8: Phycocyanin beta chain
G8: Phycocyanin alpha chain
H8: Phycocyanin beta chain
I8: Phycocyanin alpha chain
J8: Phycocyanin beta chain
K8: Phycocyanin alpha chain
L8: Phycocyanin beta chain
M8: Phycocyanin-associated rod linker protein
N8: Phycocyanin alpha chain
O8: Phycocyanin beta chain
P8: Phycocyanin alpha chain
Q8: Phycocyanin beta chain
R8: Phycocyanin alpha chain
S8: Phycocyanin beta chain
F1: Phycocyanin beta chain
L9: Phycocyanin beta chain
M9: Phycocyanin-associated rod linker protein
N9: Phycocyanin-associated rod linker protein
O9: Phycocyanin alpha chain
P9: Phycocyanin beta chain
Q9: Phycocyanin alpha chain
Y8: Phycocyanin beta chain
Z8: Phycocyanin-associated rod linker protein
A9: Phycocyanin alpha chain
B9: Phycocyanin beta chain
C9: Phycocyanin alpha chain
D9: Phycocyanin beta chain
E9: Phycocyanin alpha chain
F9: Phycocyanin beta chain
G9: Phycocyanin alpha chain
H9: Phycocyanin beta chain
I9: Phycocyanin alpha chain
J9: Phycocyanin beta chain
K9: Phycocyanin alpha chain
R9: Phycocyanin beta chain
S9: Phycocyanin alpha chain
T9: Phycocyanin beta chain
U9: Phycocyanin alpha chain
V9: Phycocyanin beta chain
W9: Phycocyanin alpha chain
X9: Phycocyanin beta chain
Y9: Phycocyanin alpha chain
Z9: Phycocyanin beta chain
G1: Phycocyanin alpha chain
a9: Glr1262 protein
aA: Glr1262 protein
H1: Phycocyanin beta chain
I1: Phycocyanin alpha chain
J1: Phycocyanin beta chain
K1: Phycocyanin alpha chain
L1: Phycocyanin beta chain
M1: Phycocyanin-associated rod linker protein
N1: Phycocyanin-associated rod linker protein
T1: Phycocyanin beta chain
U1: Phycocyanin alpha chain
V1: Phycocyanin beta chain
W1: Phycocyanin alpha chain
X1: Phycocyanin beta chain
Y1: Phycocyanin alpha chain
Z1: Phycocyanin beta chain
A2: Phycocyanin alpha chain
B2: Phycocyanin beta chain
C2: Phycocyanin alpha chain
D2: Phycocyanin beta chain
E2: Phycocyanin alpha chain
F2: Phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,701,551612
ポリマ－5,503,749276
非ポリマー197,801336
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Allophycocyanin ... , 2種, 82分子 AZL5N5B5D5F5H5J5d5f5P5R5T5V5X5Z5b5P7R7B7D7F7H7J7L7N7h7j7T7...

#1: タンパク質 ...
Allophycocyanin beta subunit


分子量: 17241.664 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
参照: UniProt: Q7NL79
#8: タンパク質 ...
Allophycocyanin alpha subunit


分子量: 17539.039 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
参照: UniProt: Q7NL80

-
タンパク質 , 7種, 182分子 AACAEAGAIAKAOAQASAUAWAYAO1Q1S1A1G3I3K3G2I2K2A3C3E3A4C4O3Q3S3...

#2: タンパク質 ...
Phycocyanin alpha chain


分子量: 17679.852 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
参照: UniProt: Q7M7F7
#3: タンパク質 ...
Phycocyanin beta chain


分子量: 18478.953 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
参照: UniProt: Q7M7C7
#6: タンパク質 Glr2806 protein


分子量: 81544.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
参照: UniProt: Q7NGT2
#7: タンパク質 CpcD protein


分子量: 7776.872 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
参照: UniProt: Q7NL59
#9: タンパク質
Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core


分子量: 7633.809 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
参照: UniProt: Q7NL78
#10: タンパク質 Phycobiliprotein ApcE


分子量: 130002.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
参照: UniProt: Q7NL81
#11: タンパク質 Glr1262 protein


分子量: 92127.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
参照: UniProt: Q7NL64

-
Phycocyanin-associated rod linker ... , 2種, 12分子 MAM3M4M8M9M1NAN3Z4N9Z8N1

#4: タンパク質
Phycocyanin-associated rod linker protein


分子量: 30913.822 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
詳細: There is no expression tag in the Phycocyanin-associated rod linker proteins (MA, M3, M4, M8, M9 and M1) or the Phycocyanin-associated rod linker proteins (NA, N3, Z4, N9, Z8 and N1). We ...詳細: There is no expression tag in the Phycocyanin-associated rod linker proteins (MA, M3, M4, M8, M9 and M1) or the Phycocyanin-associated rod linker proteins (NA, N3, Z4, N9, Z8 and N1). We align all amino acids by their electron density map.
由来: (天然) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
参照: UniProt: Q7NGF2
#5: タンパク質
Phycocyanin-associated rod linker protein


分子量: 31085.066 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
参照: UniProt: Q7NM19

-
非ポリマー , 1種, 336分子

#12: 化合物...
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: phycobilisome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #6, #5 / 由来: NATURAL
分子量値: 14700 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.75 mol/Ldisodium hydrogen phosphateNa2HPO41
20.75 mol/LMonobasic Potassium PhosphateKH2PO41
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 18 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 64000 X / 倍率（補正後）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / Calibrated defocus min: 1300 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2300 nm / Cs: 0.001 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 77 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 8.2 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6438
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum ER / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
球面収差補正装置: Spherical aberration (Cs) corrector
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1beta粒子像選択
4CTFFIND4.15CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION3.1beta初期オイラー角割当
10RELION3.1beta最終オイラー角割当
11RELION3.1beta分類
12RELION3.1beta３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1042622
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 389430 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 62.05 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: 0,99
原子モデル構築PDB-ID: 6KGX

6kgx


Accession code: 6KGX / Source name: PDB / タイプ: experimental model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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