PDB-9k7c: Crystal structure of GH57 family amylopullulanase from Aquifex ae...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9k7c

タイトル

Crystal structure of GH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus mutant E256Q in complex with maltopentaose

要素

Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / GH57 / amylopullulanase / Aquifex aeolicus

機能・相同性

: / Glycoside hydrolase family 57, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 57 / Glycoside hydrolase 38, N-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / catalytic activity / carbohydrate metabolic process / alpha-maltotriose / Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Zhu, Z.M. / Wang, W.W. / Li, M.J. / Xu, Q. / Zhou, H. / Huang, L.Q. / Wang, Q.S. / Yu, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: The crystal structure of GH57 family amylopullulanase reveals its dual binding pockets sharing the same catalytic dyad.
著者: Zhu, Z. / Wang, W. / Li, M. / Xu, Q. / Zhou, H. / Huang, L. / Wang, Q. / Yu, F.

履歴

登録	2024年10月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9k7c.cif.gz	813.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9k7c.ent.gz	680.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9k7c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9k7c_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9k7c_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	9k7c_validation.xml.gz	90.8 KB	表示
CIF形式データ	9k7c_validation.cif.gz	120.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/9k7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/9k7c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8zyiC 9ihtC 9ihuC 9ihvC 9ihwC 9ihxC 9ii0C 9ii1C 9k7dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

B: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

C: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

D: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

234 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
58.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.820, 61.373, 195.564
Angle α, β, γ (deg.)	83.98, 89.08, 89.18
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein 分子量: 57252.250 Da / 分子数: 4 / 変異: E256Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: aq_720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66934

-
糖 , 3種, 7分子

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 1008分子

#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1007 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.07 %
結晶化	温度: 338 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium citrate, pH 4.2, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→194.46 Å / Num. obs: 157091 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.982 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.117 / R_rim(I) all: 0.167 / Χ²: 0.36 / Net I/σ(I): 2.7 / Num. measured all: 292110
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.729 / Num. measured all: 41962 / Num. unique obs: 22720 / CC_1/2: 0.43 / R_pim(I) all: 0.713 / R_rim(I) all: 1.021 / Χ²: 0.31 / Net I/σ(I) obs: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→34.312 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2258	7651	4.91 %
R_work	0.1888	-	-
obs	0.1906	155761	96.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→34.312 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16487	0	40	1007	17534

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	17011
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.76	23053
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.775	11169
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2488
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2851

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.8709	0.3046	238	0.2714	4303	X-RAY DIFFRACTION	85
1.8709-1.8929	0.3296	270	0.2832	4488	X-RAY DIFFRACTION	89
1.8929-1.916	0.3439	229	0.2797	4821	X-RAY DIFFRACTION	94
1.916-1.9403	0.322	220	0.2801	4853	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9403-1.9658	0.283	250	0.2665	4854	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9658-1.9927	0.2904	230	0.2556	4916	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9927-2.0212	0.3008	257	0.2436	4977	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0212-2.0514	0.2892	275	0.2335	4961	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0514-2.0834	0.2641	240	0.2218	4861	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0834-2.1176	0.2638	252	0.2182	5042	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1176-2.1541	0.2895	258	0.2182	5023	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1541-2.1932	0.2585	256	0.2187	4871	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1932-2.2354	0.265	225	0.2189	5021	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2354-2.281	0.2632	254	0.211	4974	X-RAY DIFFRACTION	97
2.281-2.3306	0.2432	274	0.2002	4857	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3306-2.3848	0.2529	266	0.2075	5074	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3848-2.4444	0.2475	253	0.2039	4907	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4444-2.5105	0.2393	246	0.1918	4981	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5105-2.5844	0.2453	244	0.1903	5010	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5844-2.6677	0.226	282	0.183	5027	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6677-2.7631	0.2182	257	0.1785	5005	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7631-2.8736	0.2234	245	0.1793	5000	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8736-3.0043	0.2347	246	0.1762	4995	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0043-3.1626	0.2194	246	0.1839	5051	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1626-3.3606	0.199	242	0.1761	5057	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3606-3.6198	0.2037	313	0.1607	4985	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6198-3.9836	0.1781	256	0.1493	5016	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9836-4.5589	0.1521	241	0.1377	5123	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5589-5.7394	0.1722	297	0.1508	5025	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7394-34.312	0.2001	289	0.1784	5032	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5026	0.0142	0.2765	0.8921	0.0965	1.0631	0.0451	-0.0006	-0.0012	-0.1539	-0.0704	0.185	0.2286	-0.1013	-0.0037	0.009	-0.0252	0.0115	0.0825	-0.0038	0.12	-24.1772	-33.7018	26.1726
2	0.5382	0.4993	0.4446	1.5889	0.0964	1.3186	-0.0805	0.164	-0.1519	-0.5773	0.2484	-0.3487	-0.0411	0.282	-0.0002	0.1702	0.0175	0.0506	0.1394	-0.0214	0.1698	-11.1184	-44.8676	9.6328
3	0.5242	-0.003	-0.5612	0.7756	0.3911	1.6171	-0.0811	-0.0508	-0.1118	0.0022	0.1332	0.0702	0.4343	0.1127	0.0854	0.0754	-0.0225	-0.0222	0.0508	0.0078	0.1595	-21.2326	-48.2936	23.0047
4	0.0868	-0.1093	-0.0515	0.5944	0.0092	0.5051	-0.1951	-0.0413	0.1022	-0.4583	-0.0615	0.2017	-1.1842	-0.1877	-0.3799	-0.6565	0.0041	0.0381	0.0983	0.0071	0.1674	-26.4449	-14.0201	29.5053
5	0.6031	-0.1886	0.1899	0.4191	0.0095	0.2314	-0.0279	-0.0318	0.0863	0.6374	0.0164	-0.1819	-0.7489	0.1618	-0.0132	-0.4867	-0.0451	0.0217	0.1012	-0.0185	0.1658	-11.8124	-17.1609	40.096
6	0.5019	0.153	-0.0517	1.4911	0.5351	0.9564	0.0419	-0.0905	0.0191	0.3966	0.0571	-0.1926	0.2054	0.014	0.0193	0.05	-0.0115	-0.0308	0.1027	0.0027	0.1205	-11.8775	-30.4035	44.0712
7	0.248	0.0168	-0.0999	0.8781	0.117	1.0798	-0.006	-0.022	0.0966	-0.176	-0.0377	-0.1541	-0.2074	0.0974	-0.0291	0.0754	-0.0175	-0.0099	0.0861	0.0018	0.1288	-17.6584	-10.1603	21.4695
8	1.1654	-0.2763	-0.1277	1.6296	-0.0303	1.4271	-0.0188	0.0556	0.0329	-0.3015	-0.0334	0.0461	0.0463	0.0825	-0.0005	0.1328	-0.0061	-0.023	0.0915	0.006	0.0985	-23.3595	-20.3391	11.6901
9	0.5228	-0.046	0.0289	1.0604	-0.0127	0.3301	-0.0067	-0.0142	0.0093	0.2253	0.051	0.099	-0.032	-0.1733	-0.0096	0.1135	0.0065	0.031	0.1347	0.0082	0.1091	-4.6951	-47.2964	73.4158
10	0.2029	-0.253	-0.3276	0.6839	0.0781	1.3093	0.0547	-0.1818	-0.0918	0.8281	0.004	-0.6346	-0.1707	0.4107	0.0084	0.5811	-0.0234	-0.1461	0.2852	-0.0144	0.056	8.4721	-38.5164	91.6716
11	0.3283	-0.0686	0.2389	0.8083	-0.0131	0.9164	-0.0406	-0.0579	0.1108	0.2991	0.0366	0.0548	-0.3561	-0.0421	0.0069	0.2858	0.014	0.0391	0.1601	-0.0039	0.1541	-2.2239	-33.3025	79.4942
12	0.5946	-0.3135	0.0338	0.6558	0.236	0.7477	-0.0303	0.014	-0.0786	0.099	0.0182	0.0903	0.1392	-0.143	-0.0057	0.0844	-0.0235	0.0226	0.1456	0.0222	0.141	-6.9135	-66.2384	67.447
13	0.6422	0.7145	0.0216	1.1078	-0.2179	0.4913	-0.0446	-0.0548	-0.05	-0.2413	-0.0259	-0.1828	0.0754	0.0247	-0.0263	0.1003	0.0141	0.0233	0.1313	-0.0095	0.1791	7.592	-61.0549	57.3471
14	0.5666	0.0589	0.2627	0.8218	0.1855	1.1793	0.0304	0.0466	0.0402	-0.1378	0.0043	-0.1762	0.0338	0.2062	-0.0415	0.0831	0.0089	0.0356	0.1428	0.0188	0.1243	10.9457	-49.2396	57.1668
15	0.7192	-0.2362	-0.3624	0.9441	-0.2798	0.874	-0.0113	0.0933	0.0057	-0.188	-0.0005	-0.0432	-0.0072	-0.0012	-0.0181	0.0698	0.0061	0.0148	0.1048	0.0276	0.1252	3.3307	-45.4839	53.7043
16	0.738	-0.0256	0.0483	0.8497	-0.0122	1.6003	-0.0574	-0.1402	-0.0907	0.2112	0.0061	-0.1725	0.299	0.2529	0.0213	0.2111	0.0124	-0.0143	0.1304	0.0053	0.1737	2.2293	-71.1065	74.4948
17	1.0045	-0.0466	-0.2878	1.7569	-0.045	1.6788	0.0378	-0.0947	-0.028	0.5824	0.0541	-0.0601	0.008	0.0001	-0.0128	0.2786	0.014	0.0485	0.1611	0.0145	0.0959	-3.5774	-62.7972	85.8906
18	0.4215	-0.1171	0.2113	0.7582	0.2236	0.4401	0.0285	0.0131	0.0305	-0.0002	-0.073	0.0628	-0.0574	-0.0815	0.0549	0.2063	0.0112	0.0025	0.112	0.0058	0.0981	-28.0386	-29.8559	-21.5567
19	0.2685	-0.2346	-0.1463	0.5956	0.238	1.1737	-0.0513	-0.0049	0.094	0.1338	0.111	-0.3651	0.1469	0.2485	-0.0088	0.192	-0.0034	-0.02	0.2049	-0.0123	0.2173	-10.4664	-21.0586	-10.7472
20	0.5398	0.0616	0.4141	0.9088	0.4811	0.7668	0.0019	0.0255	0.1231	-0.1575	-0.04	0.0144	-0.1946	-0.0267	0.0223	0.2653	0.0322	0.0104	0.1098	0.0073	0.1489	-24.5574	-16.5338	-20.6521
21	0.3264	0.0093	0.0005	0.7063	-0.0493	0.9082	0.0285	0.0538	-0.0501	-0.1583	-0.0261	0.0782	0.1903	-0.0721	0.024	0.234	0.0279	-0.0278	0.1464	-0.0166	0.143	-27.7113	-49.7385	-30.3272
22	0.4995	-0.2413	-0.31	0.7899	0.2295	1.1059	0.1535	0.2192	0.0297	-0.2585	-0.0802	-0.0459	-0.0694	0.0458	-0.0223	0.3091	0.0659	0.0155	0.2061	0.0142	0.116	-19.6553	-34.6607	-43.0155
23	0.7431	0.0522	-0.0085	0.8213	-0.039	1.1465	0.0221	0.0502	-0.0446	0.048	-0.0217	-0.0413	0.1186	0.0634	0.0245	0.25	0.011	-0.0097	0.0968	-0.0062	0.1353	-21.9738	-54.7261	-19.7926
24	1.3207	0.2198	0.1598	1.8175	0.0902	1.4282	-0.0253	0.0169	-0.0342	0.2676	-0.0129	0.0085	-0.0514	0.0598	0.0291	0.2299	0.012	0.0057	0.1105	0.006	0.0989	-25.5547	-44.4321	-9.1432
25	0.5	-0.16	-0.1072	1.3686	0.1954	0.7987	-0.1109	0.0631	-0.0181	-0.0682	-0.0144	0.2239	0.1554	-0.0925	0.0405	0.2289	-0.044	-0.0263	0.18	-0.0019	0.1515	-9.4869	-17.2906	-71.5966
26	0.2319	-0.2275	-0.1639	1.8711	0.6561	1.3222	-0.0116	0.0431	-0.0161	-0.2297	0.0147	0.092	0.0595	0.0036	0.0207	0.2056	-0.0371	-0.0177	0.1849	0.0019	0.1669	-5.0618	-18.2822	-77.1205
27	0.3161	-0.1759	-0.0565	1.5303	0.1585	1.1217	-0.0915	-0.1208	-0.0021	0.4444	0.2009	-0.1073	0.0603	0.1332	-0.084	0.2582	0.0243	-0.0524	0.1961	-0.03	0.1599	-2.0026	-8.432	-54.1064
28	0.3463	0.0683	-0.0914	1.1567	0.2431	1.4933	0.0995	0.156	0.1319	-0.9167	0.1025	-0.334	-0.3181	-0.0809	0.0002	0.5911	-0.0159	0.0368	0.1893	0.0288	0.1469	-4.6496	1.4978	-80.8156

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 123 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 124 through 185 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 186 through 278 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 279 through 322 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 323 through 396 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 397 through 435 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 436 through 477 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 81 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 82 through 123 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 124 through 185 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 186 through 278 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 279 through 322 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 323 through 360 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 361 through 396 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 397 through 435 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 436 through 477 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 2 through 88 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 89 through 123 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 124 through 185 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 186 through 322 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 323 through 396 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 397 through 435 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 436 through 477 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 2 through 81 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 82 through 245 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 246 through 405 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 406 through 477 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
糖 , 3種, 7分子

-
非ポリマー , 2種, 1008分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-糖 , 3種, 7分子

-非ポリマー , 2種, 1008分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
糖 , 3種, 7分子

-
非ポリマー , 2種, 1008分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)