PDB-9ii1: GH57 family Amylopullulanase mutant E256L from Aquifex aeolicus i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ii1

タイトル

GH57 family Amylopullulanase mutant E256L from Aquifex aeolicus in complex with maltohexaose

要素

Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Amylopullulanase mutant E256L / Aquifex aeolicus / maltohexaose

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.501 Å

データ登録者

Zhu, Z.M. / Wang, W.W. / Yu, F.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: The crystal structure of GH57 family amylopullulanase reveals its dual binding pockets sharing the same catalytic dyad.
著者: Zhu, Z. / Wang, W. / Li, M. / Xu, Q. / Zhou, H. / Huang, L. / Wang, Q. / Yu, F.

履歴

登録	2024年6月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ii1.cif.gz	422 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ii1.ent.gz	346.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ii1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ii1_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ii1_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	9ii1_validation.xml.gz	48.3 KB	表示
CIF形式データ	9ii1_validation.cif.gz	65.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/9ii1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/9ii1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8zyiC 9ihtC 9ihuC 9ihvC 9ihwC 9ihxC 9ii0C 9k7cC 9k7dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

B: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
59.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
58.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.831, 39.638, 193.778
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.76, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein 分子量: 57237.281 Da / 分子数: 2 / 変異: E256L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア) 遺伝子: aq_720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66934

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltopentaose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotetraose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-maltotriose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 554分子

#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.42 %
結晶化	温度: 338 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium citrate, pH 4.2, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→96.4 Å / Num. obs: 147906 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.131 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.142 / Χ²: 0.79 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 922301
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 1.645 / Num. measured all: 124942 / Num. unique obs: 21482 / CC_1/2: 0.45 / R_pim(I) all: 0.73 / R_rim(I) all: 1.804 / Χ²: 0.61 / Net I/σ(I) obs: 1.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.501→56.158 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2001	7221	4.89 %
R_work	0.171	-	-
obs	0.1724	147732	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.501→56.158 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8086	0	221	549	8856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8541
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.081	11571
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.246	5083
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	1255
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1422

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5013-1.5184	0.3456	236	0.3312	4632	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5184-1.5362	0.3155	237	0.3178	4554	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5362-1.555	0.3231	261	0.3036	4556	X-RAY DIFFRACTION	99
1.555-1.5746	0.3188	264	0.2844	4671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5746-1.5954	0.2848	232	0.2777	4653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5954-1.6172	0.3135	216	0.2625	4612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6172-1.6403	0.2901	240	0.2521	4665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6403-1.6648	0.2785	239	0.2421	4640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6648-1.6908	0.2556	249	0.232	4681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6908-1.7186	0.2551	261	0.2218	4638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7186-1.7482	0.2555	229	0.2115	4621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7482-1.78	0.2335	217	0.2104	4701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.8142	0.2662	248	0.2105	4705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8142-1.8513	0.2402	283	0.1973	4595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8513-1.8915	0.2388	249	0.1821	4654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8915-1.9355	0.1958	230	0.1635	4652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9355-1.9839	0.2078	229	0.1619	4698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9839-2.0376	0.1932	267	0.157	4655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0376-2.0975	0.1974	216	0.1583	4747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0975-2.1652	0.2042	213	0.1636	4666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1652-2.2426	0.1835	234	0.1647	4687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2426-2.3324	0.1912	241	0.1542	4753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3324-2.4386	0.1985	246	0.1568	4651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4386-2.5671	0.1811	236	0.1573	4710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5671-2.728	0.1782	231	0.154	4708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.728-2.9386	0.1929	237	0.1525	4742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9386-3.2343	0.1746	236	0.1505	4742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2343-3.7022	0.1474	284	0.1372	4721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7022-4.664	0.1509	224	0.1246	4817	X-RAY DIFFRACTION	100
4.664-56.158	0.1808	236	0.1599	4984	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.051	-0.1068	0.1836	0.6588	-0.1558	1.923	0.0605	-0.0473	-0.0974	-0.0519	-0.0041	0.0355	0.1198	0.0102	-0.05	0.0848	-0.0005	0.0047	0.0194	-0.0048	0.1159	15.7853	12.9211	70.1298
2	0.8888	-0.597	-1.0167	1.1033	0.8223	3.2769	-0.0035	-0.2408	-0.0394	0.1278	0.0322	0.0238	0.039	0.057	-0.0393	0.1257	-0.0005	-0.0249	0.2392	0.0098	0.1295	9.674	18.8584	91.1137
3	2.1829	-0.4547	-0.8971	1.1465	-0.1764	3.389	0.1097	-0.1897	0.2508	0.1118	-0.0037	0.1011	-0.5035	-0.4033	-0.0455	0.1401	0.0362	0.0303	0.1788	-0.0164	0.1857	0.0967	26.1926	82.5718
4	1.9872	-1.3107	-2.0634	2.0814	2.7541	5.149	-0.1176	-0.0839	-0.3091	0.0665	-0.0863	0.1604	0.4318	-0.322	0.219	0.1366	-0.03	-0.0122	0.0944	0.0257	0.1589	4.3364	8.5734	74.7209
5	2.1205	0.4205	0.9289	1.3201	0.1774	1.6467	0.0548	-0.0311	-0.082	0.0121	-0.0121	-0.1559	0.1135	0.2456	-0.0532	0.0984	0.0354	0.0182	0.124	-0.02	0.1129	34.8586	10.6956	69.5039
6	1.6754	-0.8176	-0.0141	1.1893	0.0802	1.3451	0.1004	0.1735	0.1083	-0.1745	-0.0724	-0.1172	-0.0453	0.1738	-0.0224	0.1253	-0.0105	0.0255	0.0775	-0.0075	0.1289	25.651	20.3193	56.0575
7	3.0234	-0.3971	-1.1168	1.6378	0.2383	3.1698	0.1298	0.3606	-0.1204	-0.3475	-0.0871	0.1113	-0.0703	-0.039	-0.0378	0.1551	0.0118	-0.031	0.0674	-0.0073	0.1163	12.9876	18.087	51.6893
8	1.2886	-0.1247	0.5535	1.6856	0.1693	3.6424	-0.0235	-0.0618	0.1481	0.0299	-0.0209	-0.1771	-0.2727	0.3303	0.0242	0.0369	-0.024	0.0236	0.1588	-0.0184	0.1831	38.8537	20.3058	72.071
9	5.0563	-0.9126	0.1582	3.8967	-0.2203	4.8124	-0.0224	-0.2867	0.0465	0.1625	0.0214	-0.0081	-0.0806	0.0772	-0.0198	0.0413	-0.0159	-0.016	0.149	-0.0143	0.0745	30.5979	15.8678	84.2937
10	1.3755	-0.0146	-0.3121	0.6333	-0.1724	2.4848	-0.0261	0.1868	-0.1062	0.0393	0.0001	-0.0421	0.0416	-0.0043	0.0167	0.0801	0.0204	-0.0137	0.0862	-0.0256	0.1128	0.1113	-4.9197	27.8908
11	1.7695	0.2703	-0.9963	0.7377	-0.4529	2.4965	0.0418	0.2295	0.136	-0.0376	-0.0363	-0.0733	-0.1199	0.2983	0.0215	0.1097	0.0137	-0.0149	0.2471	-0.001	0.1566	12.5362	0.4576	16.3598
12	1.4364	0.165	0.4571	0.4193	0.0016	1.593	0.0009	0.013	-0.0358	0.1129	0.0533	0.0675	-0.0679	-0.2391	-0.0316	0.1484	0.0552	0.0005	0.1289	-0.0128	0.1275	-14.4143	-2.3139	33.789
13	1.6385	0.1072	0.7016	0.5475	0.0132	2.0153	-0.0376	0.1959	0.0104	0.037	0.0343	0.0542	-0.1024	-0.1504	0.0002	0.0994	0.0277	-0.0013	0.1399	-0.0224	0.1298	-11.8102	-1.1605	24.3969

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 68 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 69 through 102 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 103 through 158 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 159 through 185 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 186 through 245 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 246 through 360 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 361 through 396 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 397 through 435 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 436 through 477 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 2 through 57 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 58 through 185 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 186 through 360 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 361 through 477 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
糖 , 3種, 4分子

-
非ポリマー , 2種, 554分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-糖 , 3種, 4分子

-非ポリマー , 2種, 554分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
糖 , 3種, 4分子

-
非ポリマー , 2種, 554分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)