[日本語] English
万見
- PDB-9k6i: Structure of full-length human LINE-1 ORF2p with endogenous DNA a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k6i
タイトルStructure of full-length human LINE-1 ORF2p with endogenous DNA and RNA/cDNA hybrid
要素
  • Complementary DNA
  • Genomic DNA (bottom strand)
  • Genomic DNA (top strand)
  • LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein
  • Template RNA
キーワードGENE REGULATION / Endonuclease / Reverse transcriptase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid metabolic process / retrotransposition / type II site-specific deoxyribonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / DNA recombination / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Jin, W. / Yu, C. / Xu, R.M.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32330021 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92153302 中国
Chinese Academy of SciencesXDB3701010 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Mechanism of DNA targeting by human LINE-1.
著者: Wenxing Jin / Cong Yu / Yan Zhang / Changchang Cao / Tianfan Xia / Ge Song / Zhaokui Cai / Yuanchao Xue / Bing Zhu / Rui-Ming Xu /
要旨: Long interspersed nuclear element-1 (LINE-1 or L1), the only autonomously active retrotransposon in humans today, constitutes a large proportion of the genome and continues to evolve the genome and ...Long interspersed nuclear element-1 (LINE-1 or L1), the only autonomously active retrotransposon in humans today, constitutes a large proportion of the genome and continues to evolve the genome and impact fundamental biological processes. L1 retrotransposition critically depends on its endonuclease and reverse transcriptase subunit open reading frame 2 protein (ORF2p), which targets genomic loci and nicks DNA using an evolutionarily distinct yet not fully understood mechanism. Our structural and biochemical analyses revealed that ORF2p is a structure-dependent endonuclease. It binds a double-stranded DNA region upstream of the nicking site and recognizes a downstream forked or flap structure for efficient DNA nicking. This discovery suggests that L1 mobilization piggybacks on chromosomal processes with noncanonical DNA structure intermediates.
履歴
登録2024年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein
B: Genomic DNA (top strand)
C: Genomic DNA (bottom strand)
D: Complementary DNA
F: Template RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,5676
ポリマ－165,5025
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
DNA鎖 , 3種, 3分子 BCD

#2: DNA鎖 Genomic DNA (top strand)


分子量: 6026.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: DNA鎖 Genomic DNA (bottom strand)


分子量: 3605.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#4: DNA鎖 Complementary DNA


分子量: 3087.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
タンパク質 / RNA鎖 / 非ポリマー , 3種, 3分子 AF

#1: タンパク質 LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein / ORF2p


分子量: 149153.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: O00370, RNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#5: RNA鎖 Template RNA


分子量: 3629.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Full-length human LINE-1 ORF2p in complex with endogenous dsDNA and RNA/cDNA hybridCOMPLEX#1-#50RECOMBINANT
2Full-length human LINE-1 ORF2pCOMPLEX#11RECOMBINANT
3dsDNA and RNA/cDNA hybridCOMPLEX#2-#51NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.0, 500 mM NaCl, 1 mM DTT
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS TALOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 433458 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00311917
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54716292
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.5032015
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041828
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031848

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る