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万見
- EMDB-62127: Structure of human LINE-1 ORF2p with endogenous DNA and RNA/cDNA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62127
タイトルStructure of human LINE-1 ORF2p with endogenous DNA and RNA/cDNA hybrid bound to dNTP and Mn2+
マップデータ
試料
  • 複合体: Human LINE-1 ORF2p with endogenous DNA and RNA/cDNA hybrid bound to dNTP and Mn2+
    • 複合体: Human LINE-1 ORF2p
      • タンパク質・ペプチド: LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein
    • 複合体: endogenous DNA and RNA/cDNA hybrid
      • DNA: Genomic DNA (top strand)
      • DNA: Genomic DNA (bottom strand)
      • DNA: Complementary DNA
      • RNA: Template RNA
  • リガンド: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
キーワードEndonuclease / Reverse transcriptase / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid metabolic process / retrotransposition / type II site-specific deoxyribonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / DNA recombination / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Jin W / Yu C / Xu RM
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32330021 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92153302 中国
Chinese Academy of SciencesXDB3701010 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Mechanism of DNA targeting by human LINE-1.
著者: Wenxing Jin / Cong Yu / Yan Zhang / Changchang Cao / Tianfan Xia / Ge Song / Zhaokui Cai / Yuanchao Xue / Bing Zhu / Rui-Ming Xu /
要旨: Long interspersed nuclear element-1 (LINE-1 or L1), the only autonomously active retrotransposon in humans today, constitutes a large proportion of the genome and continues to evolve the genome and ...Long interspersed nuclear element-1 (LINE-1 or L1), the only autonomously active retrotransposon in humans today, constitutes a large proportion of the genome and continues to evolve the genome and impact fundamental biological processes. L1 retrotransposition critically depends on its endonuclease and reverse transcriptase subunit open reading frame 2 protein (ORF2p), which targets genomic loci and nicks DNA using an evolutionarily distinct yet not fully understood mechanism. Our structural and biochemical analyses revealed that ORF2p is a structure-dependent endonuclease. It binds a double-stranded DNA region upstream of the nicking site and recognizes a downstream forked or flap structure for efficient DNA nicking. This discovery suggests that L1 mobilization piggybacks on chromosomal processes with noncanonical DNA structure intermediates.
履歴
登録2024年10月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62127.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62127.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 384 pix.
= 384. Å		1 Å/pix.
x 384 pix.
= 384. Å		1 Å/pix.
x 384 pix.
= 384. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.22
最小 - 最大-2.3638625 - 2.978786
平均 (標準偏差)0.00006814531 (±0.041592512)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 384.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62127_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_62127_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62127_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62127_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human LINE-1 ORF2p with endogenous DNA and RNA/cDNA hybrid bound ...

全体名称: Human LINE-1 ORF2p with endogenous DNA and RNA/cDNA hybrid bound to dNTP and Mn2+
要素
  • 複合体: Human LINE-1 ORF2p with endogenous DNA and RNA/cDNA hybrid bound to dNTP and Mn2+
    • 複合体: Human LINE-1 ORF2p
      • タンパク質・ペプチド: LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein
    • 複合体: endogenous DNA and RNA/cDNA hybrid
      • DNA: Genomic DNA (top strand)
      • DNA: Genomic DNA (bottom strand)
      • DNA: Complementary DNA
      • RNA: Template RNA
  • リガンド: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

+
超分子 #1: Human LINE-1 ORF2p with endogenous DNA and RNA/cDNA hybrid bound ...

超分子名称: Human LINE-1 ORF2p with endogenous DNA and RNA/cDNA hybrid bound to dNTP and Mn2+
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2, #4, #3, #5

+
超分子 #2: Human LINE-1 ORF2p

超分子名称: Human LINE-1 ORF2p / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: endogenous DNA and RNA/cDNA hybrid

超分子名称: endogenous DNA and RNA/cDNA hybrid / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#5
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #1: LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein

分子名称: LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 149.153141 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: TGSTSHITIL TLNINGLNSA IKRHRLASWI KSQDPSVCCI QETHLTCRDT HRLKIKGWRK IYQANGKQKK AGVAILVSDK TDFKPTKIK RDKEGHYIMV KGSIQQEELT ILNIYAPNTG APRFIKQVLS DLQRDLDSHT LIMGDFNTPL STLDRSTRQK V NKDTQELN ...文字列:
TGSTSHITIL TLNINGLNSA IKRHRLASWI KSQDPSVCCI QETHLTCRDT HRLKIKGWRK IYQANGKQKK AGVAILVSDK TDFKPTKIK RDKEGHYIMV KGSIQQEELT ILNIYAPNTG APRFIKQVLS DLQRDLDSHT LIMGDFNTPL STLDRSTRQK V NKDTQELN SALHQADLID IYRTLHPKST EYTFFSAPHH TYSKIDHIVG SKALLSKCKR TEIITNYLSD HSAIKLELRI KN LTQSRST TWKLNNLLLN DYWVHNEMKA EIKMFFETNE NKDTTYQNLW DAFKAVCRGK FIALNAYKRK QERSKIDTLT SQL KELEKQ EQTHSKASRR QEITKIRAEL KEIETQKTLQ KINESRSWFF ERINKIDRPL ARLIKKKREK NQIDTIKNDK GDIT TDPTE IQTTIREYYK HLYANKLENL EEMDTFLDTY TLPRLNQEEV ESLNRPITGS EIVAIINSLP TKKSPGPDGF TAEFY QRYK EELVPFLLKL FQSIEKEGIL PNSFYEASII LIPKPGRDTT KKENFRPISL MNIDAKILNK ILANRIQQHI KKLIHH DQV GFIPGMQGWF NIRKSINVIQ HINRAKDKNH MIISIDAEKA FDKIQQPFML KTLNKLGIDG TYFKIIRAIY DKPTANI IL NGQKLEAFPL KTGTRQGCPL SPLLFNIVLE VLARAIRQEK EIKGIQLGKE EVKLSLFADD MIVYLENPIV SAQNLLKL I SNFSKVSGYK INVQKSQAFL YTNNRQTESQ IMGELPFTIA SKRIKYLGIQ LTRDVKDLFK ENYKPLLKEI KEETNKWKN IPCSWVGRIN IVKMAILPKV IYRFNAIPIK LPMTFFTELE KTTLKFIWNQ KRARIAKSIL SQKNKAGGIT LPDFKLYYKA TVTKTAWYW YQNRDIDQWN RTEPSEIMPH IYNYLIFDKP EKNKQWGKDS LFNKWCWENW LAICRKLKLD PFLTPYTKIN S RWIKDLNV KPKTIKTLEE NLGITIQDIG VGKDFMSKTP KAMATKDKID KWDLIKLKSF CTAKETTIRV NRQPTTWEKI FA TYSSDKG LISRIYNELK QIYKKKTNNP IKKWAKDMNR HFSKEDIYAA KKHMKKCSSS LAIREMQIKT TMRYHLTPVR MAI IKKSGN NRCWRGCGEI GTLLHCWWDC KLVQPLWKSV WRFLRDLELE IPFDPAIPLL GIYPNEYKSC CYKDTCTRMF IAAL FTIAK TWNQPKCPTM IDWIKKMWHI YTMEYYAAIK NDEFISFVGT WMKLETIILS KLSQEQKTKH RIFSLIGGN

UniProtKB: LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein

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分子 #2: Genomic DNA (top strand)

分子名称: Genomic DNA (top strand) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 6.026977 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)

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分子 #3: Genomic DNA (bottom strand)

分子名称: Genomic DNA (bottom strand) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 3.605356 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)

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分子 #4: Complementary DNA

分子名称: Complementary DNA / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 3.08711 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)

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分子 #5: Template RNA

分子名称: Template RNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 3.629032 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU UU

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分子 #6: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: DTP
分子量理論値: 491.182 Da
Chemical component information

ChemComp-DTP:
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE

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分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #8: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.0, 500 mM NaCl, 1 mM DTT
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 268644
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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